Vicky Lioy (@vslioy.bsky.social)

FOCUS PLATEFORME : Une expertise unique sur Paris-Saclay : Le tri de micro-organismes pathogènes par cytométrie en flux Aujourd’hui, focus sur un nouvel équipement, et une expertise unique sur le territoire Paris-Saclay : Le tri de micro-organismes pathogènes par cytométrie en flux ! Pour rappel, cette technique permet de mesurer, évènement par évènement, des caractéristiques morphologiques (taille, complexité/granularité) et de fluorescence sur une population de cellules ou d’organites en suspension. Le tri par cytométrie en flux rend également possible la séparation physique et donc la purification de ces évènements suivant un ou plusieurs critères définis (morphologie, fluorescence) et à partir de populations hétérogènes. Nouvel équipement et expertise unique sur Paris-Saclay ? L’écoute et l’anticipation des besoins utilisateurs (dialogue, mais aussi via enquêtes de satisfaction et de besoins) sur la plateforme de cytométrie de l’I2BC (I2BC / Plateforme de cytométrie (I2BC - plateformes IMAGERIE-GIF, Gif-sur-Yvette, CNRS/Institut Joliot CEA/UPSaclay) ont souligné une nécessité de réaliser des approches en cytométrie en flux dans des espaces L2. L'accès à l'expertise et aux équipements pour réaliser de telles expériences est restreint dans le périmètre de l'Université Paris-Saclay, et un réel besoin de prestations en environnement L2 a été identifié. C’est pour répondre à ce besoin d’un accès « facile » à un cytomètre de tri « user-friendly » permettant à l’utilisateur d’être autonome et la nécessité de travailler en L2 pour les projets de tri de micro-organismes pathogènes que la plateforme de cytométrie s’est équipée d’un CytoFLEX SRT (Beckman) en espace L2 dans l’I2BC. Ce nouveau trieur « de paillasse », financé en partie par l’ERM Paris-Saclay, est installé sous PSM de type II dans un environnement L2 de l’I2BC, et dédié aux micro-organismes pathogènes. Sa configuration a été discutée pour assurer sa complémentarité et sa compatibilité avec l’analyseur existant. L’appareil est équipé de 2 lasers (488 nm et 561 nm), de 7 détecteurs de fluorescence (525/40 nm, 585/42 nm, 610/20 nm, 675/30 nm, 690/50 nm, 710/50 nm et 780/60 nm) et 2 détecteurs de taille/granularité. Cette configuration permettra de lire un grand nombre de fluorochromes endogènes (GFP, mCherry, dTomato…) et exogènes (nombreux AlexaFluor, nombreux marqueurs d’acides nucléiques, …) pour mieux identifier les cellules d’intérêt, même si elles sont rares. Une fois les cellules d’intérêt identifiées, elles pourront être triées dans des tubes (le trieur bénéficie de 4 voies de tri en sortie) ou sur des plaques de 6 à 96 puits. Les bactéries triées pourront être remises en culture ou utilisées pour des expériences de biologie moléculaire (RNAseQ, ChIPseQ, Hi-C, par exemple). Le CytoFLEX SRT permet de préparer une configuration de tri facile et automatisée, avec une mesure de contrôle qualité assurée par des billes de fluorescence. Tous ces paramètres en font un trieur facile à utiliser en autonomie. L’équipement sera donc en accès autonome après formation par les ingénieurs de la plateforme (Karine Madiona et Mickael Bourge). N’hésitez pas à contacter la plateforme pour mettre au point vos expériences de tri qui pourront débuter au cours du 1er trimestre 2025. -> Contact : Mickael Bourge et Karine Madiona ([email protected]) Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI La plateforme communique régulièrement via des FOCUS PLATEFORME. Envie de les relire ? FOCUS PLATEFORME : Une expertise rare sur Paris-Saclay : La purification de cellules et d’organites par la technique de tri par cytométrie en flux ; FOCUS PLATEFORME : Le tri cellulaire et le séquençage de cellule unique, une synergie pour mieux explorer la diversité cellulaire ! ; FOCUS PLATEFORME : La puissance statistique de la cytométrie au service de l’étude de flux ioniques intracellulaires en temps réel I2BC / Plateforme de cytométrie (I2BC - plateformes IMAGERIE-GIF). La plateforme réalise environ 300 prestations par an pour divers groupes de recherche appartenant à différents organismes de tutelles ou de sociétés privées. Les publications du service traduisent les nombreuses collaborations développées avec les différents instituts de la communauté Paris-Saclay ainsi qu’avec d’autres partenaires tels que l’INRAe, l’INSERM, l’IRD, le CIRAD, des universités françaises et étrangères. Son expérience polyvalente et son expertise en sondes fluorescentes permettent d’adapter la cytométrie à des projets très divers issus de laboratoires publics et privés. Son partenariat avec SPS (Labex Saclay Plant Sciences) contribue à une activité importante dans le domaine de la biologie végétale. La plateforme de cytométrie en flux propose la mesure de fluorescence d'un ou plusieurs (> 10) fluorochromes simultanément, cellule par cellule. Cette technologie permet d'étudier: i) le dosage de la quantité d’ADN nucléaire en vue de l’étude de cycles cellulaires et d’endoréplication, ii) le dosage d’ADN à des fins de recherche en écologie et systématique, et d’amélioration des variétés (analyse de ploïdies), iii) le suivi de l’activité génique par l’expression d’un ou plusieurs gènes rapporteurs (tels que celui de la "Green Fluorescent Protein"-GFP et autres protéines fluorescentes), iv) des mesures d’activités métaboliques de la cellule (biosenseurs): dosage de calcium, pH, potentiel membranaire, poussées oxydatives, glutathion..., v) des analyses immunologiques, vi) le tri de cellules animales, de levures, de bactéries, de protoplastes et d’organites cellulaires. A propos de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC - UMR 9198). L’I2BC est une Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay), accueillant une soixantaine d’équipes de recherche et hébergeant 17 plateformes technologiques, réparties en 6 pôles. 2025 est aussi une année clé pour l’I2BC : cette unité fête ses 10 ans cette année. https://sco.lt/74TEbw