Valentin Loux
@vloux.bsky.social
đ€ 226
đ„ 330
đ 31
Bioinformatics at
@inrae-france.bsky.social
Head of
@inrae-migale.bsky.social
DĂ©part vendredi 6h. Pas de montĂ©e au Puy de DĂŽme Ă cause des conditions mĂ©tĂ©o (đ„¶đ§ïžâïž). EspĂ©rons le voir tout de mĂȘme Ă travers les nuages !
16 days ago
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Valentin Loux
EMBL-EBI
17 days ago
Do you work with genetic resources collected elsewhere đ§Ź ? Are you confident that youâre using them fairly and legally? New step-by-step guide to the Nagoya Protocol helps researchers navigate this complex framework.
www.ebi.ac.uk/about/news/p...
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Valentin Loux
Bérénice Batut
17 days ago
For more information and to pre-register:
training.galaxyproject.org/training-mat...
@galaxyproject.bsky.social
@galaxytraining.bsky.social
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Galaxy Beyond Basics: Mastering Workflows, Automation, and Scalability
Join us for an **intensive, week-long, in-person training** designed to elevate your Galaxy expertise to new heights. This workshop is tailored for **data scientists, advanced Galaxy users, and team l...
https://training.galaxyproject.org/training-material/events/2026-10-12-Advanced-Galaxy-Training.html#overview
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Valentin Loux
Bérénice Batut
17 days ago
I'm thrilled to co-organize and teach at the first-ever training event focused on advanced Galaxy features: workflows, API, and more! Registration is now open until June 5, so donât miss your chance to dive deep into these powerful tools.
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Valentin Loux
Bearstech
19 days ago
Le BSI, l'autoritĂ© allemande de cybersĂ©curitĂ©, s'inquiĂšte de la capacitĂ© de Mythos d'Anthropic, Ă accĂ©lĂ©rer massivement la dĂ©couverte de failles logicielles. đ
www.latribune.fr/art...
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Valentin Loux
Torsten Seemann
19 days ago
Excited to discover that two of my software tools (Shovill & Snippy) were used to assemble the genome of the
#Hantavirus
Andes Chile-9717869 strain.
#bioinforbioinformatics
#genomics
#microbiology
www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT95...
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Valentin Loux
BK. Titanji
26 days ago
đ§” THREAD: Hantavirus on a cruise ship What we know, What investigators are doing, and Why you don't need to panic
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Valentin Loux
Société Française de BioInformatique
about 1 month ago
đ FĂ©licitations Ă Sophie Schbath, nommĂ©e
#ISCB
#Fellow
2026 ! đ PrĂ©sidente de la SFBI (2011-2015), Sophie a contribuĂ© Ă notre communautĂ© par son dynamisme scientifique et humain. Merci Ă
@iscb.bsky.social
pour cette distinction qui honore un membre de notre si belle communauté !
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April 21, 2026: ISCB Announces the 2026 Class of Fellows!
ISCB - International Society for Computational Biology
https://www.iscb.org/about-iscb/society-communications/announcements/april-21-2026-iscb-announces-the-2026-class-of-fellows
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Congrats Sophie ! Well deserved , so proud for you !
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A great meeting with a warm welcome from our spanish colleagues !
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Valentin Loux
bioRxiv Bioinfo
about 2 months ago
End-to-end evaluation of pipelines for metagenome-assembled genomes reveals hidden performance gaps
https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.04.06.712906v1
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Valentin Loux
Bearstech
about 2 months ago
La DINUM annonce le Socle InterministĂ©riel d'IA GĂ©nĂ©rative, une offre mutualisĂ©e pour dĂ©ployer lâIA gĂ©nĂ©rative dans les administrations françaises. đ
alliance.numerique.g...
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Valentin Loux
George Bouras
about 2 months ago
Whenever I presented Phold, I was frequently asked "can you do the same beyond phages?" We (
@oschwengers.bsky.social
@linsalrob.bsky.social
@binomicalabs.org
et al) finally did it with Baktfold
github.com/gbouras13/ba...
www.biorxiv.org/content/10.6...
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GitHub - gbouras13/baktfold: Rapid & standardized genome annotation using protein structural information
Rapid & standardized genome annotation using protein structural information - gbouras13/baktfold
https://github.com/gbouras13/baktfold
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Valentin Loux
Société Française de BioInformatique
about 2 months ago
đ§ Baisse du nombre d'offres d'emploi (post-doctorants, ingĂ©nieurs, permanents ou temporaires) en 2025. đ«” Besoin de vous pour comprendre les raisons de cette diminution via ce sondage :
grist.numerique.gouv.fr/o/docs/forms...
đ Bilan plus dĂ©taillĂ© :
www.sfbi.fr/blog/article...
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Valentin Loux
IFB/ELIXIR-Fr
2 months ago
[đą
#Workshop
] Vous souhaitez en savoir plus sur la mise en conformitĂ© FAIR des donnĂ©es de mĂ©tabarcoding ? đïž Rendez-vous le 10 avril 2026 de 13h30 Ă 17h, pour un workshop en visio, organisĂ© par le projet MUDIS4LS (
www.ifb-elixir.fr/rd-innovatio...
).
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Valentin Loux
Hubert Guillaud
2 months ago
A lire, cet excellente histoire des rapports de l'Ătat avec le logiciel libre et du projet La suite numĂ©rique :
framablog.org/2026/03/19/l...
merci
@framasoft.org
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La Suite numĂ©rique de lâĂtat : critique des critiques
Framasoft prend rarement position sur la politique numĂ©rique de lâĂtat. La derniĂšre fois oĂč nous l'avions fait, c'Ă©tait il y a 10 ans, en 2016, dans un article intitulĂ© « Pourquoi Framasoft n'ira plus...
https://framablog.org/2026/03/19/la-suite-numerique-de-letat-critique-des-critiques/
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Valentin Loux
Galaxy Project
3 months ago
âš GCC2026 | Clermont-Ferrand, France đ«đ· The Galaxy Community Conference brings together researchers, developers, trainers, and users to share their work and ideas. đŁ Submit your abstract by April 6.
galaxyproject.org/events/gcc20...
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2026 Galaxy Community Conference (GCC2026)
The annual gathering of the Galaxy Community with opportunities to hear latest developments, get training, and meet everyone involved.
https://galaxyproject.org/events/gcc2026/
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Valentin Loux
Galaxy Project
3 months ago
Check this out đ âTen Common Misconceptions About Galaxy (And Why They Are Wrong!)â is now published in PLOS Computational Biology! The paper takes on 10 persistent myths about Galaxy and responds with evidence and real-world examples from the community.
galaxyproject.org/news/2026-02...
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Ten Common Misconceptions About Galaxy (And Why They're Wrong!)
We are thrilled to announce that 'Ten Common Misconceptions About Galaxy (And Why They Are Wrong!)' has just been published in PLOS Computational Biology! This paper is the result of passionate discus
https://galaxyproject.org/news/2026-02-19-misconception-paper/
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Valentin Loux
BioinfOmics INRAE
3 months ago
We are pleased to announce the publication of panREPET, a pipeline that identifies TE insertions shared by groups of individuals. By Saidi, Blaison, del Pilar RodrĂguez-Ordóñez,
@johannconfais.bsky.social
,
@hquesneville.bsky.social
đ
doi.org/10.1186/s130...
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A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology
Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...
https://doi.org/10.1186/s13059-026-03984-5
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Valentin Loux
Galaxy Project
3 months ago
đ Time to celebrate! The Galaxy Training Network just passed 500 tutorials! Free. Open. Community-built. Reproducible. Powered by 500+ contributors worldwide, making data analysis accessible to everyone. Be sure to check out this amazing team and the GTN, here:
training.galaxyproject.org
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Valentin Loux
INRAE Migale
3 months ago
Vous codez en R et souhaitez adopter le package
#Tidyverse
pour manipuler vos donnĂ©es de façon plus poussĂ©e ? đ Notre cycle de formation vous propose ce module de 2 jours Ă Jouy-en-Josas (78) đ 30-31 mars 2026. đ Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Valentin Loux
INRAE Migale
3 months ago
Vous avez besoin de vous former Ă
#Linux
? đ Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module dâ1 jour Ă Jouy-en-Josas đ 1er avril 2026 đ Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Valentin Loux
Société Française de BioInformatique
3 months ago
đ EnquĂȘte MERIT-SFBI sur les conditions de travail des bioinformaticien·ne·s dans les instituts de recherche, universitĂ©s, Ă©tablissements dâenseignement et recherche, secteur associatif ou privĂ© đ
framaforms.org/enquete-meri...
âł temps estimĂ© : 20 minutes đ date limite de rĂ©ponse : 31/03/2026
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Valentin Loux
IFB/ELIXIR-Fr
3 months ago
[LAST CALL] đąđšâïž Ăcole thĂ©matique dâassemblage et annotation de gĂ©nomes et mĂ©tagĂ©nomes, organisĂ©e par l'
@ifb-elixir-fr.bsky.social
@inserm.fr
@inrae-france.bsky.social
PrĂ©-inscriptions ouvertes jusquâau 20 fĂ©vrier !
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Valentin Loux
Johann Confais
3 months ago
đšđąđ Article in press in Genome Biology
doi.org/10.1186/s130...
We introduce panREPET, a reference-free pipeline to detect shared transposable element (TE) insertions across pangenomes and retrace their evolutionary dynamics
#TEsky
đ§”đ
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A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology
Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...
https://doi.org/10.1186/s13059-026-03984-5
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Toujours le mĂȘme constat et aucune action : « Le 2 fĂ©vrier, 6 040 personnes qui Ă©taient parvenues Ă joindre le 115 ont Ă©tĂ© laissĂ©es sans solution dâhĂ©bergement, soit 10 % de plus quâĂ la mĂȘme date en 2024. Parmi elles, 1 793 Ă©taient des enfants â dont 390 ĂągĂ©s de moins de trois ans »
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Valentin Loux
Société Française de BioInformatique
4 months ago
đ
#JOBIM2026
- Strasbourg (
jobim2026.sfbi.fr
) đ Appel Ă soumission jusquâau 15/03. Infos :
premc.org/doc/JOBIM202...
đ Prix meilleures talk et posters. Participation Ă la soumission de votre rĂ©sumĂ© đđ¶ 10 bourses de voyage ; demande du 30/04 au 21/05 + bourses garde d'enfant. Infos :
www.sfbi.fr
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Valentin Loux
INRAE Migale
4 months ago
Vous utilisez dĂ©jĂ Galaxy et souhaitez vous familiariser avec les mĂ©thodes et outils dâanalyse bioinfo de donnĂ©es NGS ?
#mapping
#assemblage
đNotre cycle de formation vous propose ce module dâ1 jour Ă Jouy-en-Josas (26 mars). đ Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Valentin Loux
INRAE Migale
4 months ago
Vous souhaitez vous initier aux bonnes pratiques pour la reproductibilitĂ© de vos analyses ? đ Nous vous proposons ce module dâun jour Ă Jouy-en-Josas (24 mars 2026). đ Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Valentin Loux
INRAE Migale
4 months ago
Vous pratiquez R et souhaitez créer votre 1e application web interactive à partir de scripts R ?
#Shiny
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module dâ1 jour Ă Jouy-en-Josas (23 mars 2026). đ Inscription et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Valentin Loux
Libération
4 months ago
Marie Curie, Paulette Libermann, Sophie Germain⊠Les noms dâĂ©minentes scientifiques seront gravĂ©s en lettres dâor, dâici 2027, sur la tour Eiffel. L'astrophysicienne Isabelle Vauglin : «On travaille Ă pas de fourmis contre lâinvisibilisation des femmes»
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72 chercheuses inscrites sur la tour Eiffel : «Plus on creusait, plus on trouvait des femmes brillantes aux parcours hallucinants»
Marie Curie, Paulette Libermann, Sophie Germain⊠Les noms d'Ă©minentes scientifiques seront gravĂ©s en lettres d'or comme lâont Ă©tĂ© ceux de leurs homologues masculins. Un remĂšde Ă leur invisibilisation, mĂȘme si la route est encore longue.
https://www.liberation.fr/sciences/histoire/72-chercheuses-honorees-sur-la-tour-eiffel-plus-on-creusait-plus-on-trouvait-des-femmes-brillantes-aux-parcours-hallucinants-20260126_4P7T54PGLJD3BEFGKUNXEXOSQE/?utm_medium=Social&at_medium=Social+Media&at_campaign=Bluesky&utm_source=Bluesky&at_platform=Bluesky#Echobox=1769455701-1
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Valentin Loux
INRAE Migale
5 months ago
Besoin de vous former au langage R ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module introductif Ă Jouy-en-Josas sur 2 jours (10 et 11 mars 2026). đ Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Valentin Loux
INRAE Migale
5 months ago
Vous pratiquez R mais souhaitez faire des graphiques sophistiqués avec le package
#ggplot2
? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module dâun jour Ă Jouy-en-Josas (12 mars 2026). đ Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Valentin Loux
INRAE Migale
4 months ago
Besoin de manipuler vous-mĂȘme votre jeu de donnĂ©es
#RNAseq
, depuis les Ă©tapes de bioinformatique Ă lâanalyse diffĂ©rentielle, sans passer par la ligne de commande unix ? Ce module de 3 jours Ă Jouy (16-18 mars) est pour vous ! đ Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Valentin Loux
INRAE Migale
4 months ago
Vous souhaitez apprendre Ă annoter et comparer vous-mĂȘme vos gĂ©nomes bactĂ©riens ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours Ă Jouy-en-Josas (19-20 mars 2026). đ Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Connexion directe de Galaxy Ă Recherche Data Gouv
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Valentin Loux
Torsten Seemann
4 months ago
đïžâĄ If you use gzip/gunzip a lot in your pipelines, switch to the faster"libdeflate" versions instead! They use modern CPU capabilities to achieve a 2-3x speedup. libdeflate is in conda, and "libdeflate-gzip" and "libdeflate-gunzip" are drop-in replacements.
#unix
github.com/ebiggers/lib...
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GitHub - ebiggers/libdeflate: Heavily optimized library for DEFLATE/zlib/gzip compression and decompression
Heavily optimized library for DEFLATE/zlib/gzip compression and decompression - ebiggers/libdeflate
https://github.com/ebiggers/libdeflate
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Valentin Loux
INRAE Migale
5 months ago
Notre cycle 2026 de formation "Bioinformatique par la pratique" est ouvert đ. 16 modules proposĂ©s de mars Ă juin, ouverts Ă tous ! đ Planning et inscriptions :
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Valentin Loux
Florian Trigodet
5 months ago
Now published in Nature Biotechnology:
go.nature.com/44P7nSm
If you missed it, the TL;DR is in my April thread below
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Valentin Loux
Croix-Rouge française
5 months ago
Face au froid, lâinaction nâest pas une option. đ Un rĂ©flexe citoyen si vous voyez une personne en dĂ©tresse : appelez le 115.
#GrandFroid
#CroixRouge
#Solidarité
#UrgenceSociale
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« Ne prendre en charge les femmes enceintes que si elles sont dans leur huitiĂšme mois de grossesse et ne prendre en charge que les familles avec des enfants [de]moins de trois mois » Face a la pĂ©nurie lâindigence des critĂšres dâattribution de places au 115.
www.franceinfo.fr/societe/pauv...
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Face Ă l'Ă©pisode de froid, "il est de l'intĂ©rĂȘt des enfants que le plan grand froid soit dĂ©clenchĂ©" Ă Paris, rĂ©clame la DĂ©fenseure des enfants de la Ville
Quelque 23 départements ont déjà activé ce plan qui permet de mettre en place davantage de dispositifs d'urgence pour les personnes les plus vulnérables à la rue.
https://www.franceinfo.fr/societe/pauvrete/face-a-l-episode-de-froid-il-est-de-l-interet-des-enfants-que-le-plan-grand-froid-soit-declenche-a-paris-reclame-la-defenseure-des-enfants-de-la-ville_7702120.html#xtor=CS2-765-%5Bautres%5D-
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Valentin Loux
GTN
5 months ago
Save the date: The Galaxy Training Academy 2026 will happen from May 18th to May 22th Read more at
https://training.galaxyproject.org/training-material/news/2025/11/13/gta-date-2026.html
@galaxyproject.bsky.social
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Valentin Loux
Le Monde
5 months ago
A Paris, le nombre de sans-abri dans les campements au plus haut depuis six ans
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A Paris, le nombre de sans-abri dans les campements au plus haut depuis six ans
Les maraudes de France terre dâasile ont recensĂ©, fin novembre, 663 tentes dans les principales zones de campements de la capitale, ce qui reprĂ©senterait 985 à 1 723 personnes. En cause, la baisse des places dâhĂ©bergements et les restrictions dans lâaccĂšs au sĂ©jour.
https://www.lemonde.fr/societe/article/2025/12/17/a-paris-le-nombre-de-sans-abri-dans-les-campements-au-plus-haut-depuis-six-ans_6658291_3224.html
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« Les salariĂ©s du 115 ont le sentiment dâĂȘtre en premiĂšre ligne face Ă un systĂšme grippĂ© de lâintĂ©rieur » En Seine Saint-Denis comme ailleurs. Tellement de demandes, si peu de places âŠ.
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Valentin Loux
Cameron Thrash
6 months ago
Gempipe: a tool for drafting, curating, and analyzing pan and multi-strain genome-scale metabolic models
journals.asm.org/doi/full/10....
#jcampubs
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Torsten Seemann
6 months ago
đŸ Prokka 1.15.6 is released! This is the last major release of Prokka. But don't be sad, because
@oschwengers.bsky.social
already has an excellent replacement called Bakta you can migrate to.
#bioinformatics
#microbiology
#genomics
github.com/tseemann/pro...
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Release Heading into the sunset · tseemann/prokka
The future This is probably the last release of Prokka. I won't be making any code changes except bug fixes. I will update the databases occasionally. I strongly recommend you use Bakta by @oschwen...
https://github.com/tseemann/prokka/releases/tag/v1.15.6
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Unité INRAE MaIAGE
6 months ago
Nous y Ă©tions et avons participĂ© activement aux FROGSDays 2025 âš, un rendez-vous marquĂ© par le partage đ€, lâinnovation đŹ et les Ă©changes autour du mĂ©tabarcoding microbien. Plus d'information :
lnkd.in/d3A7qN4n
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Trois jours dâĂ©changes riches sur la structuration de la bioinformatique en France et les nombreux dĂ©fis stratĂ©gique : IA, ouverture des donnĂ©es, accompagnement des communautĂ©s , gestion des donnes sensibles âŠ
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6 months ago
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Valentin Loux
IFB/ELIXIR-Fr
6 months ago
đŁđâšToutes nos Ă©quipes et plateformes sont rĂ©unies depuis hier pour cette nouvelle Ă©dition du All-Hands IFB/ELIXIR-FR 2025 !
#ElixirFR25
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Valentin Loux
INRAE Migale
6 months ago
Migale est partie prenante des
#FROGS
Days (1-3/12/25), pour cĂ©lĂ©brer les 10 ans de lâoutils
#FROGS
pour lâanalyse de donnĂ©es de metabarcoding.
@cmidoux.bsky.social
@mahendram.bsky.social
et Olivier RuĂ© y prĂ©sentent certaines de nos contributions. đ
frogsdays.symposium.inrae.fr
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