Happy to share that the paper describing Autocycler is now 100% up: doi.org/10.1093/bioi... (1/3)

📍Pour en savoir plus sur les stratégies numériques pour les CRB : outils, défis et perspectives d'avenir > consulter le programme du séminaire RARe 2025 avec les résumés et la présentation des intervenants. Participation en visioconférence sur inscription 👉 www.agrobrc-rare.org

✨ Résolument engagée dans la #scienceouverte, l' @univparissaclay.bsky.social lance, en 2026, ses presses universitaires en accès libre et gratuit. 📢L' #appel à candidature est ouvert pour son comité d'expertise scientifique. 🗓️ Date limite : 01/10/2025 En savoir plus : tinyurl.com/ms568zkn

New blog post – A quick look at Roche's SBX lh3.github.io/2025/09/11/a...

New blog post: In Google's new paper, "An AI system to help scientists write expert-level empirical software" an AI supposedly "invents" new methods in bioinformatics and infectious disease modeling & forecasting. doi.org/10.59350/ymj... 🧬🖥️🧪

🚨PLEASE SHARE! France Génomique and the National network GREEN-omics are pleased to inform you of their upcoming Symposium on Environmental and Agronomical Genomics! 📍Paris, France, Feb 18 to 20, 2026. ➡️ eags2026.sciencesconf.org ➡️ Registration and call for abstracts are now open!

One year after our initial preprint, we're excited to post a major update to Logan. At its heart, Logan is the assembly of 27 million samples (50 Pbp) using a 6-day cloud-compute peaking at 2.2M vCPUs. This compresses the SRA 140x compared to raw FASTQs. github.com/IndexThePlan...

Dégustation de boissons fermentées en Pologne. Classique Komboucha et plus local buza (boulgour, raisin). Les deux produits localement. #fermentsdufutur

3 August 1911 | A Frenchman, Jean Berthout, was born in Limoges. In #Auschwitz from 8 July 1942. No. 45230 He perished in the camp on 13 August 1942.

Visite du mémorial d’Auschwitz-Birkenau. Un moment d’émotions et de recueillement mémoriel vécu en famille, accompagné par une guide d’une exceptionnelle justesse.

Congratulations to Rayan Chiki, (Institut Pasteur) head of the “Sequence Bioinformatics” unit, for securing the ERC Proof of Concept 2025 for his project ENZYMINER! 👏 ‪@rayan.chiki.bsky.social #Bioinformatics

On a accueilli @ketrus.bsky.social et Marid du Chimérarium pour parler de leur projet de Jdr Papier Néo-Lutèce. Mais surtout on y a joué ! Un super moment pour un super projet, n'hésitez pas à regarder la vidéo mais aussi sur leur Gamefound (lien dans le message suivant) youtu.be/OKXWvg7Oono

Mer de Glace depuis le Signal Forbes 😰 1890 | 2013 | 2021 Et c'est bien pire maintenant (2025), car depuis 2021 on a connu les deux pires années de fonte de l'histoire (2022 et 2023) qui a elles seules ont fait fondre 10% de l'ensemble de la glace alpine... en 2 ans! 🔥🥵

Reportage dans le massif du Mont-Blanc : ceci était la Mer de Glace C'est la une de Libération ce vendredi

Distribution Patterns of rRNA Copy Number Repeats in Prokaryotic Genomes www.biorxiv.org/content/10.1... #jcampubs

👏 Ca y est, #JOBIM2025 est officiellement fini ! Au nom de toute l'équipe, merci pour votre participation, et pour toutes ces discussions scientifiques intenses et stimulantes. Merci aussi pour votre enthousiasme, votre bienveillance et tous ces rires échangés pendant la conférence. 1/2 ⤵️

Venez me voir au poster 2, pour découvrir l'URGI, une plateforme bio-informatique @urgi-inrae.bsky.social @jobim2025.bsky.social #JOBIM2025 #URGI #INRAE

Venez découvrir #REPET, un outil de détection, de classification et d'annotation d'éléments transposables en live avec Etienne Bardet en amphi E @jobim2025.bsky.social @urgi-inrae.bsky.social #JOBIM2025 #URGI #INRAE

Meet Erwan Le Floch on July 9th at #JOBIM2025 at the poster session to talk about Data stewardship strategy of the Ferments du Futur grand challenge #fermentsdufutur @vloux.bsky.social @sophieschbath.bsky.social @inrae-migale.bsky.social

Meet Agnès Barnabé on July 9th at #JOBIM2025 at the poster session to talk about SIDURI: from an integrative information system to a user-friendly portal for data analysis #fermentsdufutur @vloux.bsky.social @sophieschbath.bsky.social @inrae-migale.bsky.social

L'unité MaIAGE via la plateforme #bioinformatique @inrae-migale.bsky.social participera au #JobFair de #JOBIM2025 Pensez à vous #inscrire via forms.gle/rFPD8aGKRSrW... pour participer aux #echanges❗

‼️ La #SFBI et @jebif.bsky.social organisent les 1ers #JobFair durant la conférence @jobim2025.bsky.social Venez #rencontrer et #discuter avec des #professionnelles❗ 📍 #inscriptions via forms.gle/rFPD8aGKRSrW... pour les #etudiants et forms.gle/fzVZAy6AN8VE... pour les #professionnels

🎉 Vendredi dernier, l'unité #maiage était en #fete‼️ #barbecue, #tournoi de #tennisdetable, #cupcakechallenge, #animations en tous genres pour fêter les #10ans de notre unité🎂 Un beau moment de #partage‼️

‼️ Le programme détaillé des #JOBIM2025 est en ligne ‼️ 📍Rendez-vous sur jobim2025.labri.fr/detailed_pro...

📣J-1✨ Rendez-vous à @jobim2025.bsky.social du 8 au 11 juillet à @univbordeaux.bsky.social ‬ pour retrouver les équipes de l’IFB ! 🎉

@jobim2025.bsky.social - Épisode 12/13 🚀 Venez découvrir notre présentation « The Microbiology Galaxy Lab: A community-driven hub for reproducible and FAIR microbial data analysis », par Engy Nasr, MicroGalaxy Community, Paul Zierep et @bebatut.bsky.social

@jobim2025.bsky.social - Épisode 7/13 🚀 Venez découvrir notre poster « Data modeling in agroecology, a first schema to characterize plant holobiont and environmental data », qui sera présenté par Alice Montaigne, Marie Lahaye, Fabrice Legeai , Olivier Dameron , Olivier Rué et @vloux.bsky.social !

Qques mots forts que j'ai prononcés avec émotion @franceinfo.fr C'est un mensonge de laisser croire que l'on s'adaptera sans casse irréversible dans une France à 4°C. On ne s'adapte pas a un effondrement de la biodiversité; on meurt avec! Les régressions actuelles sont irresponsables & suicidaires.

New preprint! Deacon is a versatile tool for filtering FASTA/FASTQ files and streams at hundreds of megabases per second using minimizers, built with rapid metagenomic host depletion in mind, but equally useful for search. github.com/bede/deacon

📣✨ Retrouvez les équipes de l’IFB à JOBIM Bordeaux du 8 au 11 juillet 2025 ! 🎉

Dusty Mont Blanc tonight! 🤩

« L’administration Trump efface et met en péril des données dont le monde dépend »

Roche Gives SBX Updates - and a Name! 🧬🖥️ omicsomics.blogspot.com/2025/06/roch...

NIH funding supporting the HMMER and Infernal software projects has been terminated. NIH states that our work, as well as all other federally funded research at Harvard, is of no benefit to the US.

This is terrible news, HMMER & Infernal are at the heart of DBs like Pfam, Rfam & Dfam. And vital pipelines such as AlphaFold.

Moving forward, there are already other - and better and, hey, transparent - initiatives as it comes to sharing critical data: NCBI, of course, which should be used by _all_ tax-payer funded research, but also @pathoplexus.org, which should become the replacement for GISAID - and I'm sure it will.

Another reason to deposit data on open trusted repositories such as @ebi.embl.org ENA or NCBI

Vous codez en R et souhaitez adopter le package Tidyverse pour manipuler vos données de façon plus poussée ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy (16-17 juin). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous avez les bases mais souhaitez aller plus loin dans la programmation #Python ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module avancé à Jouy-en-Josas sur 2 jours (15 et 16 sept). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

New preprint! Autocycler is a tool for long-read consensus assembly of bacterial genomes. It's like Trycycler but can be run fully automated (without any human intervention). www.biorxiv.org/content/10.1... (1/6)

🌻NOUVEAU CROWDFUNDING 🏡 Découvrez NÉORURAUX par @kekzanorg.bsky.social ! Kek et Julie, parisiens endurcis, quittent la grande ville pour s'installer à la campagne. Suivez leur découverte de la vie au grand air ! Pour participer : www.exemplaire-editions.fr/exemplaire/p...

Now published in Peer Community Journal, #Microbiology section: The cutting type of vegetables influences the spontaneous fermentation rate

Autocycler: long-read consensus assembly for bacterial genomes https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.12.653612v1

Anyone who has been to the Mt Blanc massif can tell you how much air and noise pollution is caused by heli! ⛔🚁🤬 In 2024, there were 1,566-1,973 heli/plane flights above MBM (385 t. CO2)! Excluding rescue (301) and hut resupply (110) In summer, ~15 heli flights/d.! 🤮 reporterre.net/Au-dessus-du...

Datavzrd: Rapid programming- and maintenance-free interactive visualization and communication of tabular data www.biorxiv.org/content/10.1... 🧬🖥️🧪

Will be presenting Le French Gut project tomorrow and the day after ! See you there !

Happy to be in Barcelona for the @elixir-europe.org Microbiome meeting, as co-lead and a representative of @ifb-elixir-fr.bsky.social french Microbiome community

MACAW: a method for semi-automatic detection of errors in genome-scale metabolic models genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.... #jcampubs

Do you (like me) create a bunch of conda environments, then later forget what they're for, when they were last updated, or which tools are in them? If so, you might this little project: github.com/rrwick/conda...