Check this out 👀 “Ten Common Misconceptions About Galaxy (And Why They Are Wrong!)” is now published in PLOS Computational Biology! The paper takes on 10 persistent myths about Galaxy and responds with evidence and real-world examples from the community. galaxyproject.org/news/2026-02...

We are pleased to announce the publication of panREPET, a pipeline that identifies TE insertions shared by groups of individuals. By Saidi, Blaison, del Pilar Rodríguez-Ordóñez, @johannconfais.bsky.social, @hquesneville.bsky.social 📖 doi.org/10.1186/s130...

🎉 Time to celebrate! The Galaxy Training Network just passed 500 tutorials! Free. Open. Community-built. Reproducible. Powered by 500+ contributors worldwide, making data analysis accessible to everyone. Be sure to check out this amazing team and the GTN, here: training.galaxyproject.org

Vous codez en R et souhaitez adopter le package #Tidyverse pour manipuler vos données de façon plus poussée ? 👉 Notre cycle de formation vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (78) 📅 30-31 mars 2026. 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous avez besoin de vous former à #Linux ? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas 📅 1er avril 2026 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

📌 Enquête MERIT-SFBI sur les conditions de travail des bioinformaticien·ne·s dans les instituts de recherche, universités, établissements d’enseignement et recherche, secteur associatif ou privé 📎 framaforms.org/enquete-meri... ⏳ temps estimé : 20 minutes 📅 date limite de réponse : 31/03/2026

[LAST CALL] 📢🚨✍️ École thématique d’assemblage et annotation de génomes et métagénomes, organisée par l' @ifb-elixir-fr.bsky.social @inserm.fr @inrae-france.bsky.social Pré-inscriptions ouvertes jusqu’au 20 février !

🚨📢📄 Article in press in Genome Biology doi.org/10.1186/s130... We introduce panREPET, a reference-free pipeline to detect shared transposable element (TE) insertions across pangenomes and retrace their evolutionary dynamics #TEsky 🧵👇

Toujours le même constat et aucune action : « Le 2 février, 6 040 personnes qui étaient parvenues à joindre le 115 ont été laissées sans solution d’hébergement, soit 10 % de plus qu’à la même date en 2024. Parmi elles, 1 793 étaient des enfants – dont 390 âgés de moins de trois ans »

📌 #JOBIM2026 - Strasbourg (jobim2026.sfbi.fr) 📝 Appel à soumission jusqu’au 15/03. Infos : premc.org/doc/JOBIM202... 🏆 Prix meilleures talk et posters. Participation à la soumission de votre résumé 🚆👶 10 bourses de voyage ; demande du 30/04 au 21/05 + bourses garde d'enfant. Infos : www.sfbi.fr

Vous utilisez déjà Galaxy et souhaitez vous familiariser avec les méthodes et outils d’analyse bioinfo de données NGS ? #mapping #assemblage 👉Notre cycle de formation vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas (26 mars). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous souhaitez vous initier aux bonnes pratiques pour la reproductibilité de vos analyses ? 👉 Nous vous proposons ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (24 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous pratiquez R et souhaitez créer votre 1e application web interactive à partir de scripts R ? #Shiny Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas (23 mars 2026). 📝 Inscription et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Marie Curie, Paulette Libermann, Sophie Germain… Les noms d’éminentes scientifiques seront gravés en lettres d’or, d’ici 2027, sur la tour Eiffel. L'astrophysicienne Isabelle Vauglin : «On travaille à pas de fourmis contre l’invisibilisation des femmes»

Besoin de vous former au langage R ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module introductif à Jouy-en-Josas sur 2 jours (10 et 11 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous pratiquez R mais souhaitez faire des graphiques sophistiqués avec le package #ggplot2 ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (12 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Besoin de manipuler vous-même votre jeu de données #RNAseq, depuis les étapes de bioinformatique à l’analyse différentielle, sans passer par la ligne de commande unix ? Ce module de 3 jours à Jouy (16-18 mars) est pour vous ! 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Vous souhaitez apprendre à annoter et comparer vous-même vos génomes bactériens ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (19-20 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Connexion directe de Galaxy à Recherche Data Gouv

🗜️⚡ If you use gzip/gunzip a lot in your pipelines, switch to the faster"libdeflate" versions instead! They use modern CPU capabilities to achieve a 2-3x speedup. libdeflate is in conda, and "libdeflate-gzip" and "libdeflate-gunzip" are drop-in replacements. #unix github.com/ebiggers/lib...

Notre cycle 2026 de formation "Bioinformatique par la pratique" est ouvert 🎉. 16 modules proposés de mars à juin, ouverts à tous ! 👉 Planning et inscriptions : documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Now published in Nature Biotechnology: go.nature.com/44P7nSm If you missed it, the TL;DR is in my April thread below

Face au froid, l’inaction n’est pas une option. 📞 Un réflexe citoyen si vous voyez une personne en détresse : appelez le 115. #GrandFroid #CroixRouge #Solidarité #UrgenceSociale

« Ne prendre en charge les femmes enceintes que si elles sont dans leur huitième mois de grossesse et ne prendre en charge que les familles avec des enfants [de]moins de trois mois » Face a la pénurie l’indigence des critères d’attribution de places au 115. www.franceinfo.fr/societe/pauv...

Save the date: The Galaxy Training Academy 2026 will happen from May 18th to May 22th Read more at https://training.galaxyproject.org/training-material/news/2025/11/13/gta-date-2026.html @galaxyproject.bsky.social

A Paris, le nombre de sans-abri dans les campements au plus haut depuis six ans

« Les salariés du 115 ont le sentiment d’être en première ligne face à un système grippé de l’intérieur » En Seine Saint-Denis comme ailleurs. Tellement de demandes, si peu de places ….

Gempipe: a tool for drafting, curating, and analyzing pan and multi-strain genome-scale metabolic models journals.asm.org/doi/full/10.... #jcampubs

💾 Prokka 1.15.6 is released! This is the last major release of Prokka. But don't be sad, because @oschwengers.bsky.social already has an excellent replacement called Bakta you can migrate to. #bioinformatics #microbiology #genomics github.com/tseemann/pro...

Nous y étions et avons participé activement aux FROGSDays 2025 ✨, un rendez-vous marqué par le partage 🤝, l’innovation 🔬 et les échanges autour du métabarcoding microbien. Plus d'information : lnkd.in/d3A7qN4n

Trois jours d’échanges riches sur la structuration de la bioinformatique en France et les nombreux défis stratégique : IA, ouverture des données, accompagnement des communautés , gestion des donnes sensibles …

📣🚀✨Toutes nos équipes et plateformes sont réunies depuis hier pour cette nouvelle édition du All-Hands IFB/ELIXIR-FR 2025 ! #ElixirFR25

Migale est partie prenante des #FROGS Days (1-3/12/25), pour célébrer les 10 ans de l’outils #FROGS pour l’analyse de données de metabarcoding. @cmidoux.bsky.social @mahendram.bsky.social et Olivier Rué y présentent certaines de nos contributions. 👉 frogsdays.symposium.inrae.fr

We're excited to release metaTraits.embl.de! 🦠 Interactively explore 140+ 𝗺𝗶𝗰𝗿𝗼𝗯𝗶𝗮𝗹 𝗽𝗵𝗲𝗻𝗼𝘁𝘆𝗽𝗶𝗰 𝘁𝗿𝗮𝗶𝘁𝘀, harmonized & integrated from culture-derived collections 🔬 & genome-based predictions 🧬 for >2M MAGs & genomes. Publication at NAR: doi.org/10.1093/nar/... @narjournal.bsky.social #microsky 🧵 1/8

📢 Registration for the Nanopore Users Day 2026 is now OPEN! Registration is free but mandatory 🗓️ 10 March 2026 📍Institut Pasteur Paris Make sure to secure your spot, see you there! 👉 www.eventbrite.com/e/billets-na... @chcrestani.bsky.social @pasteur.fr @nanoporetech.com @nebiolabs.bsky.social

Le calendrier de l'Avent de SadServers. Advent of Sysadmin 2025, la version sysadmin de l'Advent of Code, avec des serveurs tristes. (P+Lu) 👉 sadservers.com/advent

📢🚀💻Le nouveau site internet de l’IFB/ELIXIR-FR est en ligne !!! Lancé début 2025, le projet de refonte/création du nouveau site internet de l’IFB/ELIXIR-FR atteint aujourd’hui l’une de ses étapes cruciales : sa publication ! www.ifb-elixir.fr

Campagne de dons 2026 de Framasoft, un objectif de 250 000 € pour soutenir l'usage numérique éthique de 2 millions de bénéficiaires. ❤️ Pour soutenir l'association 👉 soutenir.framasoft.o...

🎉 À VOS AGENDAS ! 📅 Du 30 juin au 3 juillet 2026 📍 à Strasbourg, France JOBIM 2026 revient pour sa 26ᵉ édition ! JOBIM est l’événement annuel qui réunit toute la communauté bioinformatique française, sous l’égide de la SFBI, en partenariat avec l’IFB et le GDR BIMMM.

Avec une com dans Nature des chercheurs ayant identifié les failles www.nature.com/articles/s41... La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.

Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...

Rosalind Franklin, la véritable pionnière de ces travaux sur la découverte de la structure en double hélice de l'ADN, est morte en 1958 sans avoir jamais été reconnue comme la scientifique à l'origine des résultats qui ont valu le Nobel à Watson. 💪

"nos projections sur les impacts environnementaux à venir sont avant toutes coincées dans le présent" " […]d’une IA qui se substitue à tous les usages numériques actuels, ne permettent pas d’imaginer ce que notre consommation d’énergie va devenir" danslesalgorithmes.net/2025/06/16/i...

It was a really nice week working on building MiCoReCa, a catalogue of resources (tools, workflows, etc) for microbiome research, and more importantly networking with the large @elixir-europe.org community. Thank you all! See next year!

✏ Les Crayons Solidaires reviennent le mercredi 3 décembre à Paris, au Ground Control de 18h à 22h. Le principe est simple : vous venez sur place, vous payez pour qu'on vous tire le portrait, et tout l'argent va aux Restos du Coeur. Il y a aussi plein d'originaux et de tirages à acheter. À bientôt !

📢👩‍💻✍️ Inscription - Ecole thématique en bioinformatique intégrative (ETBII) du 29/03 au 3/04/2026, organisée par l’IFB ! 🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques

@vloux.bsky.social présentait aujourd'hui l'entrepôt de données #Siduri devant le SAB et le COS du Grand Défi #Ferments_du_Futur 👏

Plus de 900 sans-abri sont morts en 2024 : «Une augmentation exponentielle année après année» Il s’agit majoritairement d’hommes (dans 82 % des cas), mais aussi, et de plus en plus, de femmes (13 %) et d’enfants.

🧠🥼🧬🧪🔬 Last year at @sfn.org I ran a workshop on "Opening the File Drawer" with Ben Kolber, Stacey Winham, Paul Sternberg, & Alex Freeman (@alexandrafreeman.bsky.social). We've shared the resources that we compiled for that workshop in this new paper. ❤️ @comm4rigor.bsky.social @ummni.bsky.social

Our MARTi @nanoporetech.com paper is now out in @genomeresearch.bsky.social after several years of development (particularly Ned Peel and Sam Martin). We'd love to hear from users about how you're using it, or suggestions for new features. @earlhaminst.bsky.social genome.cshlp.org/content/earl...