INRAE Migale
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Migale is a French Bioinformatics Facilty from
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pinned post!
We're alive ! Migale is a core bionformatics facility from
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, part of
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Follow us for information on microbial bioinformatics, computing infrastructure, bioinformatics tutorials, details of our training courses and much more.
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Vous souhaitez apprendre à modéliser la structure 3D de votre protéine d’intérêt ? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas 📅 28-29 mai 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
3 months ago
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📣 Afin de contribuer au développement de l'entrepôt de données
#Siduri
du Grand Défi
#Ferments_du_Futur
, nous recrutons un-e ingénieur-e développement front-end de SI (contrat 6 ans). 📖 L'offre d'emploi est visible sur
jobs.inrae.fr/ot-28762
đź“… Date limite de candidature : 27 mars 2026
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Ingénieur-e développement front-end de systèmes d’information
Votre mission, les objectifs qui vous serons fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du Grand Défi Ferments du Futur, un programme de recherche-innovation ambitieux de la stratégie nationale d’accélération « alimentation durable et favorable à la santé » de France 2030 (https://www.fermentsdufutur.eu). Co-piloté par INRAE et doté de financements publics à hauteur de 48,3 millions d’euros, ce consortium public-privé de 41 membres réunit des établissements d’enseignement supérieur et de recherche et des partenaires industriels dans le domaine des ferments et des aliments fermentés.Sous le pilotage fonctionnel du responsable du projet Ferments du Futur, vous serez rattaché(e) administrativement à l’unité de recherche MaIAGE (https://maiage.inrae.fr/) dans laquelle vous exercerez vos missions au sein de la plateforme bioinformatique Migale (https://migale.inrae.fr/). Migale opère l’infrastructure informatique du projet Ferments du Futur et coordonne le développement informatique de Siduri, un portail web centralisant toutes les informations sur les micro-organismes et les consortia microbiens pouvant intervenir dans la fermentation des aliments. Ces données sont de nature variée --- omiques, phénotypiques, capacités métaboliques, etc. --- et alimenteront les approches prédictives développées dans le projet pour la conception de nouveaux aliments fermentés. L’interface conviviale de Siduri permettra une intégration simple des données, une exploration fine des données par les biologistes et un requêtage efficace pour les algorithmes d’apprentissage. Une première version opérationnelle de Siduri a été déployée fin 2025 (https://siduri.migale.inrae.fr).Sous la responsabilité scientifique du responsable opérationnel de la plateforme Migale, vous serez en charge du développement informatique de l’interface (front-end) du portail web Siduri. Vous travaillerez en étroite collaboration avec une ingénieure de développement actuellement en poste dans l’équipe en charge du développement back-end et avec l’équipe de développement d’OpenSILEX, la solution technique INRAE sur laquelle se base Siduri. Vous travaillerez également avec l’ingénieur-e en bioinformatique en charge de développer des pipelines pour la production de données secondaires et l’ingénieur-e en gestion de données qui assure l’alimentation et la curation des données dans Siduri.Vos principales activités seront : Participer au recueil des besoins utilisateurs et à la mise à jour du cahier des charges.Modéliser, concevoir et implémenter les nouvelles fonctionnalités de l’interface de Siduri.Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.Élaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou techniques.Assurer la maintenance évolutive et curative des développements réalisés.Créer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en production.Réaliser le déploiement.Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les développements en assurant le suivi des versions.Assurer une assistance fonctionnelle et technique aux utilisateurs.Participer à la conception et à la conduite des actions de formation.
https://jobs.inrae.fr/ot-28762
3 months ago
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Vous avez des données métagénomiques à analyser et vous maîtrisez linux ? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas 📅 20-21 mai 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
3 months ago
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INRAE Migale
Sandra Dérozier
3 months ago
📢 Vous avez une formation en
#IA
, en
#NLP
et/ou apprentissage automatique, rejoignez l'équipe Bibliome de l'unité de recherche MaIAGE ! 📎 Plus d'infos sur
jobs.inrae.fr/concours/con...
. ⏳Clôture des inscriptions : 19 mars 2026
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INRAE Migale
Sophie Schbath
3 months ago
⏳ Il ne reste plus que quelques jours pour s'inscrire (clôture des inscriptions le 25/02)
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Vous avez des bases en R et souhaitez vous-même analyser statistiquement vos données RNAseq ? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas 📅 18-19 mai 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous avez besoin de vous former Ă
#Linux
? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas 📅 1er avril 2026 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous codez en R et souhaitez adopter le package
#Tidyverse
pour manipuler vos données de façon plus poussée ? 👉 Notre cycle de formation vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (78) 📅 30-31 mars 2026. 📝 Inscriptions et programme sur
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Vous utilisez déjà Galaxy et souhaitez vous familiariser avec les méthodes et outils d’analyse bioinfo de données NGS ?
#mapping
#assemblage
👉Notre cycle de formation vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas (26 mars). 📝 Inscriptions et programme sur
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Besoin de vous former à l’environnement
#Galaxy
pour lancer vos analyses bioinformatiques sans utiliser la ligne de commande ? 👉Notre cycle de formation vous propose ce module introductif à Jouy (78) d’1 jour (25 mars 2026). 📝 Inscription et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous souhaitez vous initier aux bonnes pratiques pour la reproductibilité de vos analyses ? 👉 Nous vous proposons ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (24 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur
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Vous pratiquez R et souhaitez créer votre 1e application web interactive à partir de scripts R ?
#Shiny
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas (23 mars 2026). 📝 Inscription et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous souhaitez apprendre à annoter et comparer vous-même vos génomes bactériens ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (19-20 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Besoin de manipuler vous-même votre jeu de données
#RNAseq
, depuis les étapes de bioinformatique à l’analyse différentielle, sans passer par la ligne de commande unix ? Ce module de 3 jours à Jouy (16-18 mars) est pour vous ! 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous pratiquez R mais souhaitez faire des graphiques sophistiqués avec le package
#ggplot2
? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (12 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Besoin de vous former au langage R ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module introductif à Jouy-en-Josas sur 2 jours (10 et 11 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Notre cycle 2026 de formation "Bioinformatique par la pratique" est ouvert 🎉. 16 modules proposés de mars à juin, ouverts à tous ! 👉 Planning et inscriptions :
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📣 Plus que deux jours pour remplir notre questionnaire de satisfaction (certification ISO 9001) si vous avez utilisé la plateforme Migale en 2025. 👉 Lien de l'enquête dans notre newsletter de décembre :
documents.migale.inrae.fr/posts/news/n...
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Dans les coulisses de Migale #15 – Migale documents
https://documents.migale.inrae.fr/posts/news/news-15.html
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Nous sommes bien lĂ ;)
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Migale est partie prenante des
#FROGS
Days (1-3/12/25), pour célébrer les 10 ans de l’outils
#FROGS
pour l’analyse de données de metabarcoding.
@cmidoux.bsky.social
@mahendram.bsky.social
et Olivier Rué y présentent certaines de nos contributions. 👉
frogsdays.symposium.inrae.fr
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@vloux.bsky.social
présentait aujourd'hui l'entrepôt de données
#Siduri
devant le SAB et le COS du Grand Défi
#Ferments_du_Futur
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INRAE Migale
Roland Faure
8 months ago
Our preprint on our new metagenomic HiFi assembler Alice is out 🥳 Based on a *new sketching method* (🧵1/6) 👉 Preprint
www.biorxiv.org/content/10.1...
👉 Github
github.com/rolandfaure/...
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Alice: fast and haplotype-aware assembly of high-fidelity reads based on MSR sketching
We introduce Mapping-friendly Sequence Reduction (MSR) sketches, a sketching method for high-fidelity (HiFi) long reads, and Alice, an assembler that operates directly on these sketches. MSR produces ...
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.09.29.679204v1
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Bienvenue à Anthony dans l'équipe ! Il travaille dans le cadre du projet Galaxy Bioprod (PEPR B-BEST) qui cherche à créer une plateforme accessible et unifiée pouvant servir à diverses communautés dans les domaines de la biologie synthétique, de la biocatalyse et de la biotechnologie industrielle
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8 months ago
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Bienvenue à Edmond qui rejoint notre équipe pour contribuer au cas d'étude n°5 (agriculture) du projet MuDis4LS, en collaboration avec nos collègues de Rennes.
www.france-bioinformatique.fr/actualites/m...
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8 months ago
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Bienvenue à Emilie qui intègre notre équipe pour contribuer au développement de
#Siduri
, l'entrepôt de données du Grand Défi
#Ferments_du_Futur
🎉
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8 months ago
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📣 Les opérations annuelles de maintenance du centre de données INRAE-IdF étant terminées, l'infrastructure de la plateforme Migale est de nouveau opérationnelle et tous nos services sont de nouveau accessibles !
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poster #115. Venez discuter aliments fermentés ;) ou Galaxy, pipeline, entrepôt de données, ...
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INRAE Migale
Unité INRAE MaIAGE
11 months ago
L'unité MaIAGE via la plateforme
#bioinformatique
@inrae-migale.bsky.social
participera au
#JobFair
de
#JOBIM2025
Pensez Ă vous
#inscrire
via
forms.gle/rFPD8aGKRSrW...
pour participer aux
#echangesâť—
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Present at
#JOBIM2025
? Come and visit Agnès Barnabé’s poster (#115) “SIDURI: from an integrative information system to a user-friendly portal for data analysis and visualisation dedicated to fermentation”, a collaborative
#FermentsDuFutur
project led by Migale team. đź“… Wednesday 9/07 11:30-12:30
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INRAE Migale
BioinfOmics INRAE
12 months ago
Nous recrutons un-e administratreur-trice système
#DevOps
pour notre plateforme bioinformatique de Toulouse. 👉Plus d'info sur
jobs.inrae.fr/ot-25976
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Administrateur.trice système DevOps
Le profil s'inscrit dans le cadre du projet Equipex+MUDIS4LS (Mutualised Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences), porté par l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) afin de contribuer au partage et à la mutualisation entre les plateformes constitutives du NNCR (Réseau national de ressources informatiques) et à l'administration de l'infrastructure de calcul de Genotoul-Bioinfo.L'IFB est une infrastructure nationale qui regroupe 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR3601).Ces plateformes offrent un ensemble de services à destination des chercheurs en biologie et santé : expertise en analyse de données scientifiques, formations et infrastructures de calcul (clusters et clouds).La task-force mutualisée NNCR est en charge de la gestion de l'infrastructure de calcul de l'IFB.Elle est composée des administrateurs systèmes des plateformes IFB qui consacrent une part de leur temps pour aider à améliorer collectivement les services et infrastructures de l’IFB.Vous serez hébergé·e sur la plateforme Genotoul-Bioinfo (membre de l’IFB), dans l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT) d’INRAE Occitanie-Toulouse. Cette unité développe des recherches en mathématique, informatique et statistique, motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l'environnement.A hauteur de 80% de votre temps, vous inscrirez vos travaux dans le projet PIA3 MUDIS4LS et l’équipe de l'action IFB M1 - Calcul et stockage (NNCR), composée de 19 membres (6,2 ETP) répartis sur plusieurs plateformes et sites du réseau IFB et sur les deux types d’infrastructure (Cloud et Cluster).Le NNCR (National Network for Computing Resources) regroupe en effet 18 infrastructures Cloud ou Cluster pour les sciences de la vie offrant au total environ 16 000 CPU, 160 To de RAM et 18 Po de stockage. Pour assurer le déploiement et la gestion de cette infrastructure, les administrateurs se portent sur les principes DevOps / Infrastructure-as-Code (IaC) : Git, GitLab-CI et Ansible.Vos missions principales seront de travailler à la mise en place de solutions mutualisées et portables entre les infrastructures comme une solution de transfert de données à grande échelle (de type Globus), un mécanisme d’authentification unifié des utilisateurs au travers du NNCR ou encore un système de déploiement d’outils de bioinformatique et de banques de données mutualisé.A hauteur de 20% de votre temps, vous travaillerez pour l’infrastructure de la plateforme Genotoul-Bioinfo, composée d’un cluster de calcul (+5000 cœurs, plusieurs Péta-octets de stockage), d’une centaine de serveurs et de machines virtuelles (sous Linux). Elle propose également plusieurs centaines de logiciels et de banques de données scientifiques accessibles en ligne de commande ainsi que différentes interfaces web proposant un accès simplifié à ces ressources.Cette infrastructure de production est dédiée et adaptée au traitement de données en bioinformatique et s’adresse à la communauté académique (éducation et recherche) en science du vivant (+1100 utilisateurs). Sur la plateforme Genotoul-Bioinfo, votre première mission sera de déployer et maintenir en condition opérationnelle le service Open OnDemand (OOD) par l’intégration d’applications existantes ou de nouvelles pour répondre aux besoins des utilisateurs.Votre lieu de travail sera situé à INRAE, Auzeville-Tolosane (31).Vous serez formé-e à votre arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique.
https://jobs.inrae.fr/ot-25976
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Vous avez les bases mais souhaitez aller plus loin dans la programmation
#Python
? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module avancé à Jouy-en-Josas sur 2 jours (15 et 16 sept). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous codez en R et souhaitez adopter le package Tidyverse pour manipuler vos données de façon plus poussée ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy (16-17 juin). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Un poste de contractuel (jusqu'à 7 ans possible) en développement de système d'information est ouvert au sein de notre équipe, dans le cadre du Grand Défi Ferments du Futur. 📅Candidature jusqu'au 20/06 Plus d'infos sur
jobs.inrae.fr/ot-25893
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Ingénieur-e en développement de systèmes d’information
Votre mission, les objectifs qui vous serons fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du projet Grand Défi Ferments du Futur, dont la durée prévisionnelle est ...
https://jobs.inrae.fr/ot-25893
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@inrae-migale.bsky.social
from ELIXIR-France is part of this MALDIBANK’s EU project.
#MALDIBANK
’s main goal is to conceptualize a global, cloud-based, open MALDI spectra databank for this revolutionary research in order to promote identification of microorganisms.
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Vous avez des bases en R et souhaitez vous-même analyser statistiquement vos données RNAseq ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (12-13 mai). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous avez des données métagénomiques à analyser et vous maîtrisez linux ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (6-7 mai). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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📣 Dernier jour pour candidater sur le poste permanent d’IE en bioinformatique ouvert sur la plateforme. 📣
jobs.inrae.fr/concours/con...
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Le Challenge de ménage numérique sur l'infrastructure la plateforme Migale est lancé ! Plus d'infos sur
migale.inrae.fr/node/18587
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INRAE Migale
📣 Un poste permanent d’IE en bioinformatique est ouvert sur la plateforme Migale. 👉 Description du profil sur
jobs.inrae.fr/concours/con...
📝 Candidature jusqu’au 20 mars Contactez-nous !
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Vous utilisez déjà Galaxy et souhaitez vous familiariser avec les méthodes&outils d’analyse de données NGS ?
#mapping
#assemblage
👉Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module d’1 jour (21/03). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous souhaitez vous initier aux bonnes pratiques pour la reproductibilité de vos analyses ? 💡 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (4 avril). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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📣 Un poste permanent d’IE en bioinformatique est ouvert sur la plateforme Migale. 👉 Description du profil sur
jobs.inrae.fr/concours/con...
📝 Candidature jusqu’au 20 mars Contactez-nous !
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Besoin de manipuler vous-même votre jeu de données
#RNAseq
, depuis les étapes de bioinfo à l’analyse différentielle ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 3 jours (17-19 mars). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous pratiquez R et souhaitez créer votre 1e application web interactive à partir de scripts R ?
#Shiny
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (14 mars). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous pratiquez R mais souhaitez faire des graphiques sophistiqués avec le package
#ggplot2
? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (13 mars). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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📣 Prochaine rencontre en ligne "Migale&vous" pour échanger sur nos activités et notre offre de service en bioinfo. Invitée : Nuria Mach (ENVT) nous présentera ses travaux "Symphonie du Microbiome" 📆 27 mars 14h-15h 📝 plus d'infos sur
migale.inrae.fr/node/18585
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Besoin de vous former Ă
#Python
? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module introductif à Jouy-en-Josas sur 2 jours (31 mars, 1er avril). 📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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We're alive ! Migale is a core bionformatics facility from
@inrae-france.bsky.social
, part of
@ifb-elixir-fr.bsky.social
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