Quand on lit l'article, on découvre que ce n'est pas seulement menacé, c'est déjà enterré !! J'ai pris plusieurs fois le Paris-Vienne et je l'aime beaucoup. Il est TRÈS utilisé, plein sur chacun de ses trajets. www.lemonde.fr/economie/art...

A new ggCaller version is out! v1.4 includes tweaks to improve efficiency, outputs Panaroo-friendly GFFs, and enables iterative gene calling; if you have already called a gene set, you can now add more genomes either one by one or in batches github.com/bacpop/ggCal...

Vous pouvez soutenir ma proposition à la Cour des Comptes d'examiner les marchés publics de voyagistes, notamment dans l'ESR : participationcitoyenne.ccomptes.fr/processes/co...

youtu.be/gqtRq0VROLM?... De circonstance

To think we've waited for 18 years

[Affaire Sarkozy-Kadhafi]  "Personne n’y comprend rien" : c’est le film documentaire de Mediapart, réalisé par Yannick Kergoat, sur l’affaire Sarkozy-Kadhafi, sorti au cinéma le 8 janvier dernier. Le film est toujours disponible en VOD sur Mediapart 👉 https://l.mediapart.fr/9E1

C'est une immense tristesse d'apprendre une nouvelle attaque contre un collègue enseignant. Les politiciens qui attaquent l'Ecole et les professeurs au quotidien ont une immense responsabilité dans ce délitement. D'ordinaire, on a droit à leurs cris de charognards. www.lemonde.fr/societe/arti...

🚂 The T2T train keeps rolling: "The formation and propagation of human Robertsonian chromosomes" with Gerton and Garrison labs is out! What's a Robertsonian chromosome? Let Jen tell you herself in this great video, or read our paper: [1/3] 📺 youtu.be/JmlY5omxQVc 📄 www.nature.com/articles/s41...

I had 18 samples (33 million+ reads) of SARS-CoV-2 amplicon-based sequencing that would not create a decent consensus fasta after aligning with `bbmap` and trimming/consensus generation with `ivar`, but would if I tweaked the pipeline a bit. /

New blog post! metaMDBG (@gaetanbenoit.bsky.social) and Myloasm (@jimshaw.bsky.social) have had recent releases, so I updated the benchmarks from the Autocycler paper: rrwick.github.io/2025/09/23/a... Both tools improved considerably! Time to update your conda environments 😄

Delighted to finally announce a preprint describing the Q100 project! “A complete diploid human genome benchmark for personalized genomics” For which we finished HG002 to near-perfect accuracy: www.biorxiv.org/content/10.1... 🧵[1/14]

“Too often people go to university to ‘explore research and knowledge’. “I want people to go to university… to start businesses in our country.” This brainless "elite" spits the same nonsense everywhere. I'd be too bad if people actually had knowledge about anything.

L'abandon du #SNU -Service national universel- confirmé par le gouvernement:

« Personne ne fera taire l’Humanité grâce à vous. » Je confirme, et relaie l’appel à l’abonnement @humanite.fr pour suivre (notamment) nos vérités qui dérangent tant M. #Stérin. r.diffusion.humanite.fr/mk/mr/sh/1t6...

Today is a national day of action in France. In the world of research and academia, attacks on the autonomy of researchers and teachers are one of the reasons for this mobilisation. The material conditions necessary to work ethically are becoming less and less guaranteed. #ESR

J'ai rarement envie d'un punching ball mais ça arrive quand les collègues administratifs "en soutien" envoient des mails qui te font vraiment te dire que c'est toi qu'es à leur service, à eux et à leurs règles désignées pour entraver la recherche.

Translates to : "A government never declares it is fascist. It rather announces that antifascists are criminals."

#VeilleESR #ESR Reçu à l'instant, le billet de rentrée de Rogue. Avec des conseils précieux pour la grève de demain, à faire circuler. rogueesr.fr/grever-est-u...

Ce sujet doit être au cœur de la discussion budgétaire cette année et les suivantes. Il faut investir, massivement dans l'école publique: Elise Huillery, économiste : « Nous n’investissons pas assez dans l’éducation, et nous le faisons de manière injuste » www.lemonde.fr/idees/articl...

🐜 Une nouvelle étude révèle un phénomène inédit dans le règne animal : certaines reines donnent naissance à des mâles d’une autre espèce. Ce mécanisme appelé « xénoparité » permet à leurs colonies de survivre. Explications avec des GIF de fourmis ⬇️

Heads up: ignore samtools dot org, similarly minimap2 dot com and likely others. It's owned by a known phishing site and while the binaries they offer look valid currently (but note they may be serving us different binaries to others), that could change. Ie: it's not us (Samtools team)! Be warned

Mutatis mutandis en recherche scientifique

Voici LE mème du jour.

What is happening in France is insane: the gov made a statement to express sadness about Kirk, one of the main radio anchors, supposedly from the left, used his column to sing Kirk's praises, and a supposedly feminist novelist (who wrote about her work in a brothel) wrote abt how much she liked him

[Merci de PARTAGER] Surveiller toute la population au prétexte qu'une infime fraction de celle-ci est dangereuse, voilà un projet qui n'est certainement pas conforme à nos Constitutions. Mais qui devrait faire réfléchir élu·e·s et citoyen·ne·s.

Je suis allé voir. Je confirme. Knafo (Reconquête) veut même lui attribuer le Prix Sakharov pour la liberté de la presse. Rappel : Kirk était un suprémaciste raciste pro-armes et anti-avortement. L’extrême-droite n’est absolument pas "respectable", elle pue la haine, le racisme, le nazisme.

Ce soir sur France 3 Bretagne, Hauts-de-France et Occitanie, et déjà disponible en ligne… www.france.tv/documentaire... … Un remarquable documentaire sur les mouvements sociaux du début du XXe siècle relatés à travers la profusion de cartes postales. www.telerama.fr/television/b...

Philippe Askenazy propose une vaste opération de science participative pour analyser l’utilisation des aides publiques par les entreprises. 🕵️ www.lemonde.fr/idees/articl...

Si le maintien dont il est en vérité question est celui de l'ordre social, politique et économique et que la question de la légitimité et de la justice de cet ordre n'est pas posée, et qu'il s'agit précisément que cette question ne soit pas posée, alors c'est une réussite plutôt qu'un échec.

Sometimes you meet absolutely incredible bioinfo-magicians. It was a huge privilege when @shenwei356.bsky.social joined our group for a year on an @embl.org sabbatical. While here, he developed a new way of aligning to millions of bacteria, called LexicMap 1/n www.nature.com/articles/s41...

Le poste est déjà pris. Mince encore raté.

10 SEPTEMBRE 💥 Fil à dérouler tout à long de la journée pour suivre les blocages partout en France avec les journalistes de @politis.fr Si vous participez à des rassemblements ou à des actions à côté de chez vous, vous pouvez nous partager un petit texte et quelques photos à [email protected]

L’effet Matilda n’est pas une fiction. Il est inscrit dans l’histoire scientifique. Il a éclipsé des femmes comme Marthe Gautier, née il y a cent ans, pionnière oubliée de la trisomie 21. ➡️ https://l.franceculture.fr/1LI

Zstandard's --long range mode works wonders for assemblies, but needs uninterrupted single line sequences. *AllTheBacteria 661k, multiline fasta* gzip (pigz): 751GB zstandard --long: 641GB (30% original size) *Single line fasta* gzip (pigz): 700GB zstandard --long: 232GB (10% original size)

Lore Depuydt from Ghent continues with Bioinformatics with a well-named method #SPIRE2025

Yohan Hernandez-Courbevoie chaired by Maxime Crochemore just before presenting REINDEER2 at #SPIRE2025 in London

Je ne vois pas beaucoup de reprise dans les médias. Rediffusez si vous le voulez bien.

Last day to submit your abstract!

Today is the day! We eagerly await your abstracts.

Enfin, pendant ce temps-là, sur toutes les antennes de France 3 et de France Bleu (je n'utilise pas la marque "Ici"), c'est le triomphe des MCF en droit public de nos régions appelés pour commenter la censure.

Bye bye you won't be missed

Du coup Pau de départ ?

Preprint out for myloasm, our new nanopore / HiFi metagenome assembler! Nanopore's getting accurate, but 1. Can this lead to better metagenome assemblies? 2. How, algorithmically, to leverage them? with co-author Max Marin @mgmarin.bsky.social, supervised by Heng Li @lh3lh3.bsky.social 1 / N

High-resolution metagenome assembly for modern long reads with myloasm https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.09.05.674543v1

Academic authors, here's a peek into the black box of journal publishing from an journal editor if you can bear it:

Witnessed the same today in Ghent, quite impressive

Also stop and give a read to Logan's preprint

Achievement unlocked: defend your habilitation thesis on the same day than your partner. That was quite a science + celebration day, thanks to all involved 💙✨

Ah yes, never.