I've done a lot of work in Python this fall, and it hasn't endeared me to the language at all. Why does stuff have to be so complicated when you're doing it in Python? blog.genesmindsmachines.com/p/python-is-...

On est le 12 novembre j'habite à Lille et j'ai mangé dehors sous un grand soleil à midi 😎

Avec une com dans Nature des chercheurs ayant identifié les failles www.nature.com/articles/s41... La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.

Le colloque est maintenu. Il se déplace hors des murs du Collège de France. En outre, le colloque sera diffusé en direct et intégralement enregistré. Bravo aux organisateurs et intervenants ! carep-paris.org/annonce/comm...

Metagenomics colleagues! I'm looking for studies where both Illumina and ONT sequencing were performed on the same samples from soil, human, ruminent, and other sample types for comparison. Bonus if those studies include PacBio data. Please help and share!

Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...

Je voudrais m'acheter une tablette tactile pour : 1) regarder des flims dans le train 2) lire des PDF 3) prendre des notes manuscrites (typiquement pour le boulot)

When I was in graduate school my life and carreer were completely transformed by a seminar I attended at Stanford by Dr. Hamilton Smith. In the talk he discussed how TIGR was sequencing whole genomes of organisms. Here is a scan of P1 of my notes. 1/n

Je suis d'accord avec France Universités : « l’annulation du colloque scientifique porte atteinte à la liberté académique ». Franchement ça me fait tout bizarre d'être d'accord avec France Universités. C'est dire si les pressions de notre ministre (et la décision du CDF) sont inquiétantes.

[ #VeilleESR #CancelCulture ] Suite à des pressions politiques, dont un message du Ministre sur X (le réseau de désinformation du suprémaciste Elon Musk), le Collège de France a été contraint d'annuler un colloque sur la Palestine.

Third day of Genome Informatics #GI2025 began with an exciting session on “AI, ML and Integrative Genomics” chaired by Irene Kaplow & Thomas Pierrot. The first talk, by Irene Kaplow, focused on Challenges in Predicting Enhancer Activity Differences Between Species doi.org/10.1186/s12864-022-08450-7

I wrote a review of James Watson's obituary by CSHL: liorpachter.wordpress.com/2025/11/08/r...

Watson did untold and irreparable damage to science, to its practice, & to people (including talented and brilliant people) along the way whom he disfavored. He was undeniably racist and sexist. He was vehemently anti-Irish. He hurt many people & science's reputation. Yet, the below is still true 👇

Yes, some people's legacies are complicated. For example, Watson. After all, though he was racist, don't forget his other traits. For example, he was also sexist. And also anti-semitic. And a data / idea thief. So let's not forget all the different facets.

When people celebrate the individual genius of folks in science, they should also mourn the collective loss of genius of folks who were actively discouraged or disadvantaged from a career in science because of the same person(s)

C'est une mise au grand jour éclatante de l'idéologie insensée de nos dirigeants, choisissant entre : - mettre une taxe-plancher indolore de 2% sur la fortune de 1 800 ultra-riches, et - détruire le pouvoir d'achat et la confiance de 5,7 millions d'agents publics qui rendent des services vitaux.

Les collègues avaient trouvé une super idée pour un prix à une conférence : avoir son travail illustré par quelqu'un dont c'est le métier. Je mets ça là au cas où :D

Yana Safonova (Penn State) delivered the keynote "Enabling biomedical discoveries through immunogenomics approaches" Mammalian Immune Luci: doi.org/10.1093/molbev/msaf152 PatchWorkPlot: doi.org/10.1093/bioinformatics/btaf504

Really excited to see our new work in scaling Mumemto to any size pangenome published in Genome Research this morning. And right on cue with the great opportunity to present this work at #GI2025 this week.

Hey folks, as news of Watson's demise spreads, please don't set aside his weighty legacy of misogyny and racism. He was truly among the worst of us. www.vox.com/2019/1/15/18...

Third day covered! Thank you Sina #GI2025

On commence à voir apparaitre des motions en lien avec la disparition de postes décidée unilatéralement par la Direction Général après les jurys d'admission

Mme la Présidente,il est regrettable qu’une réaction «à chaud» amène à une mauvaise interprétation de la #laïcité. Les personnes du public sont des usagers donc pas soumis à la neutralité ni à la loi de 2004 qui ne concerne que les élèves du public (sauf si c’est 1 sortie scolaire). MÊME SI… THREAD

Harun Mustafa presents "Efficient, accurate, SRA-scale indexing and query" at #GI2025 MetaGraph is a highly compressed representation of all public biological sequences! nature.com/articles/s41586-025-09603-w Try it online: metagraph.ethz.ch/search

Thread on #GI2025 's second day! 👇🏻

This is pure bullshit. You don’t need to run 200 LLM agents for >8 hours to do DE, GSEA and generate a couple of heatmaps. And if you do, just spend 2 weeks learning bioinformatics and you won’t need to give money to a company selling snake oil. arxiv.org/pdf/2511.02824

#RésultatScientifique 🔎 Une étude publiée dans Nature révèle que chez les fourmis moissonneuses Messor ibericus, les femelles peuvent produire des individus de deux espèces différentes pour assurer leur survie. ➡️ www.inee.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/...

Et aussi une cata environementale, pour une demande inexistante et créée de toute pièce. Je hais ces trucs.

En juin, une étude de @transportenvironment.org démontrait que les voitures sont de plus en plus dangereuses pour les enfants. En cause : l’explosion des SUV, désormais majoritaires sur le marché et leurs capots qui ont pris +7 cm en Europe depuis 2010. Résultat ? Un danger mortel accru.

Mdr et c’est quoi la principale source de méthane Emmanuel ? :)

A thread on #GI2025 's first session 👇🏻

Nicole Brown gave a fantastic talk on Identifying introgressions across pangenomes with Panagram It uses k-mer conservation to annotate genomic variation across hundreds of genomes, followed by normalization of k-mer profiles to identify introgression events github.com/kjenike/pana... #GI2025

Jacqueline Toussaint gave the talk on "Constructing pan-genome gene graphs with hundreds of thousands of bacterial genomes" The pipeline reveals bacterial variations using PopPUNK to cluster isolates, followed by finding genes and graphing with ggCaller/Panaroo, on the great AlltheBacteria! #GI2025

Fantastic talk by @vikramshivakumar.bsky.social Mumemto—Scalable multi-MUM finding for pangenomes Papers biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.20.654611 & doi.org/10.1186/s13059-025-03644-0 Code: github.com/vikshiv/mume... Very efficient pangenome visualization tool, revealing synteny and variations!

Ben Langmead @benlangmead.bsky.social delivers the official opening for this year's Genome Informatics Conference #GI2025 at Cold Spring Harbor Laboratory. List of talks and posters: meetings.cshl.edu/abstracts.as...

"a true 'commons' for journal-agnostic preprint peer review" www.embo.org/features/pub...

#GI2025 is about to start. I hope you'll enjoy this edition!

As new human assemblies become available on beta.ensembl.org - which human reference genome will you choose? This article explores the question with insights from Ensembl’s own Fergal Martin - www.nature.com/articles/s41... #HumanGenomics #Pangenomes #ReferenceGenomes

[La fin de Ballast] Le 4 novembre 2014 était publié, en ligne, notre premier article. Ce 4 novembre 2025, après la parution cet été de notre douzième et dernier numéro papier, nous clôturons la revue Ballast. 🧵 [1/5]

Une demande zrr vient de me revenir parce qu'il faut "détailler plus le projet de recherche". C'est un stage de 3 mois je ne sais pas quoi vous dire.

On the train all week. I love trains 🥹

As our beloved Genome Informatics 2025 (#gi2025) approaches, I'm moved to share some photos from past years at CSHL. A couple more photos coming in a reply below...

Have fun with me: @gro-tsen.bsky.social proposes the Quantum Immortality Sort: check if the array is sorted, if not, commit suicide. If you could apply this sorting algorithm, since you are in the mutliverse zone where you are alive, the array was sorted. (also check the outcome below 😀)

Happy halloween

Cambridge and my son ☺️

Mais il y a quand même 2 gros points presque partout 1) Il manque des postes permanents, ce qui met la pression sur tout le reste, détruit la vie des précaires, et crée une compétition contre productive. 2) Les admins et techniciens sont sous payé-es donc le turn over et la démotivation sont maximum

Cet article est critiqué dans les cités car il décrit l'extrême-droite eugéniste comme "nouvelle" alors que Q. Slobodian retranscrit bien l'histoire des idées: si l'alt-right n'apparaît pas avec Trump, elle émerge d'un *néo* fusionisme entre fondamentalistes et libertariens (censés être opposés).

C'est le visage des gens heureux de faire, et faire faire des choses de ses petites mains 🫶🏻

Les recherches visant à fabriquer des molécules et des cellules dites miroir, dans des conformations qui n’existent pas dans la nature, s’accélèrent. Mais devant les inconnues et les risques potentiels de cette forme de vie inédite, des spécialistes appellent à un moratoire. Par Lise Barnéoud

Des ERC mais en deux mois je ne peux pas avoir un badge d'accès pour un chercheur international qui a obtenu une chaire. "C'est compliqué". Quand je vais à Cambridge comme invitée, ils savent que j'arrive et j'ai un badge en une demi seconde. Fin de la blague.