Les éditions L’Atalante et Au diable vauvert ont la tristesse de faire part du décès brutal de Pierre Bordage, dû à un arrêt cardiaque survenu le 26 décembre 2025 dans sa 71e année.

A nice opinion paper (doi.org/10.1016/j.pb... ) from @anneroulin.bsky.social that highlights the need for caution when generalizing about the importance of TEs in local plant adaptation. #TEsky #transposon

à l'heure où les USA sanctionnent Thierry Breton.. pardonnez l'autopromo, mais si vous ne l'avez pas lue, lisez ma tribune d'il y a deux mois www.lemonde.fr/idees/articl...

🌍💻Rencontre des réseaux ouest-africains et français autour de la bioinformatique et de l’administration de systèmes

📍 Du 15 au 17 décembre 2025, une délégation de la #SFBI, de l’ #IFB (ELIXIR-FR) et de l’Université de Montpellier a été invitée au lancement du Réseau ouest Africain des Bioinformaticiens et Administrateurs de Systèmes (#RABIAS), organisé par #WAVE et l’ #IRD ℹ️ www.sfbi.fr/blog/article...

🔓🔬 Le dernier #IRDenBref de l'année : ce mois-ci, la #scienceouverte est à l'honneur ! r.communication.ird.fr/mk/mr/sh/1t6... 🔔 N'oubliez pas de vous abonner pour ne pas rater nos futurs numéros !

Anne résume admirablement bien les 30 dernières années.

Announcing ERGA Community #Genomes on GoaT Guidelines: zenodo.org/records/1582... @ergabiodiv.bsky.social #biodiversity #genomics The European Reference #Genome Atlas

Ravie d'avoir signé hier un accord de partenariat entre l’@ird-fr.bsky.social & le NASAC , avec son président Mahouton Norbert HOUNKONNOU🤝 Une étape qui illustre notre engagement à promouvoir l’excellence scientifique & académique, avec le réseau des académies scientifiques africaines🌍

@rohitsingh8080.bsky.social USHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution Shifts Aditya Pratapa, Purushothama Rao Tata, Rohit Singh bioRxiv 2025.11.20.689462; doi: doi.org/10.1101/2025...

We all know Clarke's "sufficiently advanced technology is indistinguishable from magic" Well we have corollary:

Ravie d’avoir signé hier, un accord-cadre entre l’ @ird-fr.bsky.social & le CAMES 3 axes majeurs : science ouverte, formation et innovation Une étape importante afin de renforcer nos collaborations institutionnelle, académique et scientifique !🌍

Mise à jour du guide « Partager les données liées aux publications scientifiques – Guide pour les chercheurs » du comité pour la #scienceouverte : www.ouvrirlascience.fr/partager-les... #donneesrecherche #entrepotdedonnées

À quoi sert la #bioinformatique? 🔴 @sib.swiss nous organisons les données des sciences de la vie, les conservons dans des bases de données et les transformons en connaissances Découvrez la vidéo ⏩ www.youtube.com/watch?v=BG-h...

Ravie d'avoir signé hier avec Bruno Sportisse le renouvellement du partenariat entre l'INRIA et @ird-fr.bsky.social Pour une science des données & un numérique frugal, éthique, soutien à l'ESR et qui éclaire les décisions publiques. Ensemble pour un numérique au service des transitions durables🌿

😁 The EAGS2026 (International Environmental and Agronomical Genomics symposium) program is finally online HERE: eags2026.sciencesconf.org/resource/pag... ⏱️ Registration closes on 14 January!

PCI Statistics and Machine Learning (@pcistatml.bsky.social) is now open for submissions!! statml.peercommunityin.org For an updated list of all the thematic PCIs, visit peercommunityin.org/current-pcis/

IMO it’s weird and probably irresponsible to teach bioinformatics without some nod to the group dynamics that shaped (otherwise inexplicable) things like the GFF file format or the Gene Ontology. Not to mention why tools back then had names like BLAST and FASTA,but now are named after cuddly animals

Connecting Swiss bioinformatics to the EU www.swisscore.org/connecting-s... a briefing from @swissmissioneu.bsky.social highlighting @sib.swiss participation in Horizon Europe projects @biogeneurope.bsky.social & UNCAN-Connect

L’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’années

Now published in Peer Community Journal, #animalscience section: GrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graph

Does obligate asexuality necessarily lead to genomic decay? We found that ancient asexual lineages of oribatid mites have static genomes, frozen in time, whereas genomes of sexual lineages seem to be expanding.

We are pleased to release today GraTools, an user firendly tools to manipulate the #pangenome variation #graph in GFA format. @ird-fr.bsky.social @cirad.bsky.social @inrae-france.bsky.social

GraTools, an user-friendly tool for exploring and manipulating pangenome variation graphs https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2025.12.01.691558v1

Vous avez déjà certainement utilisé des services bourrés de pubs pour découper un PDF, convertir une image ou supprimer l'arrière-plan d'une image. Framatoolbox vous propose une énorme boîte à outils gratuite et sans pub framatoolbox.org/abc/fr/

Application open source du mois : WinBoat, l’outil qui enterre les galères de Wine sous Linux goodtech.info/winboat-0-9-...

Computer scientists believe that soon every home will be able to have their own artificial intelligence machine on their own desktops (Source.)

La complexité de l'affaire rend aujourd'hui extrêmement difficile de lancer un service « Framamail », bien que nous savons toute l'importance de l'adresse e-mail lorsqu'il s'agit de se dégoogliser. (Désolé, ami·es corses)

"La condition pour qu’une technologie soit un outil d’émancipation est qu’elle demeure sous contrôle démocratique, à défaut de quoi, immanquablement, elle sera une arme de domination"🗣️ Ma réponse à l'annonce de l'omnibus numérique par la Commission européenne : www.liberation.fr/idees-et-deb...

🗓️ Framadate fait peau neuve ! Notre service, sorti en 2011, avait bien besoin de se rafraîchir. Cette nouvelle version, basée sur un tout nouveau logiciel, propose un nouveau design accessible et adapté aux mobiles ! 📱 Faites un tour des nouveautés sur le Framablog : framablog.org/2025/11/25/f...

With many colleagues, we tried to gather the future prospects and challenges for #Pangenomics and #Pangenome research in agronomy, that can however be adopted more largely hal.science/hal-05357866/ @ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social #FAIR #OpenScience #vizu

Analysis of read mapping accuracy and efficiency, missing data, heterozygosity, and inferred phylogenies to evaluate the impact of reference #genome and read-mapping method onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...

Real conservation action, guided by genomes! @ergabiodiv.bsky.social @biogeneurope.bsky.social Why go beyond the reference genome? Because population genomics reveals hidden risks — low diversity, genetic drift, and declining gene flow. 🌍 Wetlands are disappearing… and so is genetic diversity.

Good Friday Evening news: we updated back_to_sequences (find the origin of kmers) - Faster - Can consider multiline fasta files - Much easier installation: see github.com/pierrepeterl...

Ce matin, à Port Louis discours du PR & inauguration du site de l'ambassade FR. Un partenariat entre la France et Maurice, bâti sur la confiance, l'amitié & une coopération nourrie des recherches menées par l’@ird-fr.bsky.social sur la préservation de l'Océan, sur la santé One Health & en botanique

L'effet Matilda ou l'invisibilisation des femmes dans les découvertes scientifiques www.radiofrance.fr/franceinter/...

📌 Appel à propositions pour les mini-#symposia à #JOBIM2026 📅 #JOBIM aura lieu à Strasbourg du 30/06 au 3/07/26 ℹ️ Sessions thématiques afin de favoriser les échanges autour de sujets émergents, interdisciplinaires ou particulièrement dynamiques en #bioinformatique et #biologie #computationnelle

Un poste d’IE en bioinformatique est actuellement ouvert au CEFE à Montpellier pour travailler dans le cadre de l'ERC RegEvol. Détails ici: emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U... Début 01/01/2026 pour 18 mois potentiellement renouvelable. candidature jusqu'au 29/11 N’hésitez pas à diffuser largement

I have been elected as member of the Scientific Council of INRAE! @inrae-france.bsky.social I am looking forward contributing to the success of agricultural research in France 🇫🇷 🇪🇺 🌾🚜🧬🔬 www.inrae.fr/nous-connait...

Je déclare ouverte ma liste personnelle de one-panel-comics préférés. Pour marquer sa subjectivité elle commencera par la Joconde des one-panel, à savoir "Cow Tools", par Gary Larson.

Un classique parmi les classique: Duty calls, par @xkcd.com

#IARACU ⛴️ Interviewée par M6 à bord de la caravane fluviale scientifique Avec @IARACU, nous avons réuni +100 scientifiques de différentes nationalités pour relier science, société & décideurs. À revoir ici :: www.m6.fr/le-1245-p_10...

Renforcer la confiance dans la science : participez à la conférence internationale organisée par l’ANR et Science Europe | 11 décembre 2025

Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...

Les collègues avaient trouvé une super idée pour un prix à une conférence : avoir son travail illustré par quelqu'un dont c'est le métier. Je mets ça là au cas où :D

Voici une image du soleil obtenue en 2014 par la sonde Solar Dynamics Observatory. Et oui, le soleil aussi aime se préparer pour Halloween !

Yesterday, Nina Marthe, our wonderful PhD student with Matthias Zytnicky, resubmit our tool GrAnnoT, for pangenome variation graph annotation! @ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social @peercommunityin.bsky.social #pangenomics 💻 www.biorxiv.org/content/10.1...

A few days ago, we updated our analysis on the cosmopolitan green algae Bathycoccus prasinos and its genomic resources. My former PhD student, Dr Louis Dennu, performed a huge work to reframe the paper! @ird-fr.bsky.social @cnrs.fr www.biorxiv.org/content/10.1...