Les collègues avaient trouvé une super idée pour un prix à une conférence : avoir son travail illustré par quelqu'un dont c'est le métier. Je mets ça là au cas où :D

Voici une image du soleil obtenue en 2014 par la sonde Solar Dynamics Observatory. Et oui, le soleil aussi aime se préparer pour Halloween !

Yesterday, Nina Marthe, our wonderful PhD student with Matthias Zytnicky, resubmit our tool GrAnnoT, for pangenome variation graph annotation! @ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social @peercommunityin.bsky.social #pangenomics 💻 www.biorxiv.org/content/10.1...

A few days ago, we updated our analysis on the cosmopolitan green algae Bathycoccus prasinos and its genomic resources. My former PhD student, Dr Louis Dennu, performed a huge work to reframe the paper! @ird-fr.bsky.social @cnrs.fr www.biorxiv.org/content/10.1...

1/2 Want to become up to date with pangenomes and genome graphs and their history? Check out this fantastic review by @zbao.bsky.social! Complexity welcome: Pangenome graphs for comprehensive population genomics #pangenomes #plantscience #genomegraphs www.cambridge.org/core/journal...

LLMs4All: A Review of Large Language Models Across Academic Disciplines www.preprints.org/frontend/man...

🖥️ There is still time to register and join this year's BioHackathon Europe! Learn more about participating ERGA members and the projects they will develop: www.erga-biodiversity.eu/post/erga-at... #BioHackEU25 #biohackathon #bioinformartics #community @elixir-europe.org @biogeneurope.bsky.social

Ca n'est pas si souvent, un article publié dans Nature met ma communauté à l'honneur (la bioinformatique des séquences). Je vous raconte ? www.nature.com/articles/d41...

Hier journée interCoSav 💡 Retour sur la mobilisation des #CoSav lors des grands moments internationaux Riches échanges sur les perspectives de renforcement, le besoin d’appui, le dialogue sciences-politiques-société, pour nourrir les réflexions sur leur évolution & sur les sciences de la durabilité

✨Très belle expo "Éclaireuses" d' @ird-fr.bsky.social avec #photoclimat #ONUFemmesFrance @agencerecherche.bsky.social @paris.fr Portraits de femmes scientifiques de l'IRD et de ses partenaires👩‍🔬 L'IRD soutient une recherche inclusive & la formation des citoyen(ne)s de demain 👉12/10/25-Quais de Seine

Avec plusieurs collègues du Collègue Logiciels de la recherche du Comité pour la Science Ouverte, nous avons produit un document de stratégie d'établissement pour al diffusion et la pérennité dans l'ESR. On revient sur les #opensoftware #openscience @ird-fr.bsky.social dx.doi.org/10.52949/82

Ravie d'avoir rencontré Clarisse Angelier, déléguée générale de l'ANRT: l'occasion d’aborder la collaboration de recherche public-privé, le dispositif CIFRE, son potentiel à l’international et de l'opportunité d'accroitre ce dispositif à l'@ird-fr.bsky.social

Et je pense que pour un paquet d'entre nous, sa version du Faucheur nous aide à apaiser l'idée de la fin, celles des gens qu'on aime comme la nôtre.

Hi! We are looking for a PhD to work on the cross talk between transposable elements, insects and intracellular bacteria on the bioinformatics side. The PhD would be supervised by @mariefablet.bsky.social and myself along with @nicolasparisot.bsky.social Deadline December 2025! Please share! #tesky

Deep genome sequencing reveals extensive genetic heterogeneity in early human placentas. #HumanPlacenta #PlacentaGenetics @natcomms.nature.com 🧬 www.nature.com/articles/s41...

🧬🌱 Excited to share our new preprint. Large effort by Fede, Manuel, Enzo, and other 112 plant biologists. In short, LLMs perform better on well-established knowledge from highly cited sources but struggle with cutting-edge research www.biorxiv.org/content/10.1... #plantscience

Microsoft Word to begin saving people's documents in the cloud *by default* Reminder that LibreOffice is free and a good drop-in replacement for Microsoft Office software: www.libreoffice.org www.theverge.com/news/767522/...

🌎👩‍🔬 For 15+ years biology has accumulated petabytes (million gigabytes) of🧬DNA sequencing data🧬 from the far reaches of our planet.🦠🍄🌵 Logan now democratizes efficient access to the world’s most comprehensive genetics dataset. Free and open. doi.org/10.1101/2024...

How diverse are the individual strains within your species? How broad is their Pangenome? How will you choose representatives from the whole collection? Look no further! PanGene-O-Meter is here for you! From @haimashkenazy.bsky.social @plantevolution.bsky.social www.biorxiv.org/content/10.1...

Logan: Planetary-Scale Genome Assembly Surveys Life's Diversity doi.org/10.1101/2024...

Anyone can be the best: Impact of diverse methodologies on the evaluation of structural variant callers www.biorxiv.org/content/10.1... 🧬🖥️🧪 github.com/ldenti/svben...

Thrilled to share our latest work focusing on graph-based pangenome analysis highlighting structural and functional consequences of allopolyploidization www.biorxiv.org/content/10.1...

Genetic diversity matters because it determines species' capacity to adapt, persist, & recover onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/... #biodiversity #genomics

Très peu de personnes savent encore aujourd'hui qu'en avril 2025 a été inauguré l'Agence Spatiale Africaine destinée à "promouvoir la coopération et la coordination au sein de l'Union Africaine". Très intéressant reportage de Galactic Chloé sur le sujet : www.youtube.com/watch?v=pmpU...

⚡ Looking for an opportunity to share your work on #BiodiversityGenomics? Submit an abstract for the Genomics for #Biodiversity Conference! (Oct 29–31 | fully online & free) 🧬 🔗 www.erga-biodiversity.eu/post/genomic... @ebpgenome.bsky.social #genomics #conservation #bioeconomy #standarts

For those interested: 🚀 BayPass v3.1 released! 🔹 Improved MCMC adaptive phase 🔹 Computation reduced >6X with default (recommended) options, while keeping similar accuracy 🔹 Plus other minor edits 📖 Details in the manual / changelog 🔗 Repo: forge.inrae.fr/mathieu.gaut...

Rosalind Franklin : la scientifique derrière la découverte de la structure de l’ADN, bien trop longtemps invisibilisée

Some experiments with Observable Notebooks 2.0 🥳 Actually it's really great. You can work offline. Notebooks can be hosted and deployed wherever you want. Here with Github pages. neocarto.github.io/observable-n... cc @observablehq.com @ocks.org

Heureuse de cette nouvelle rencontre avec Jeremie Katidjo Monnier, en charge de la #transitionécologique & du Parc Naturel de la Mer de Corail pour le gouv de la Nouvelle-Calédonie avec qui nous menons des projets ambitieux autour du #PNMC, de la préservation de l’ #océan & des grands fonds marins🪸

Last call for #bioinformatics #hackathon @bcmhgsc.bsky.social Aug 27-29. : fritzsedlazeck.github.io/blog/2025/ha... Projects range from TR, SV to pangenomcs, metagenomics etc. will be published in F1000. With from support: @dnanexus.bsky.social @smahtnetwrk.bsky.social @gregor-research.bsky.social

Finally made the switch from chrome to Firefox and my God what a better browser this is. UBO actually works.

Rappelons à toutes fins utiles à l'ESR français (qui parfois utilise WeTransfer pour du professionnel) qu'il a filesender.renater.fr francetransfert.numerique.gouv.fr/upload et sans doute d'autres services dans les organismes.

👏 Ca y est, #JOBIM2025 est officiellement fini ! Au nom de toute l'équipe, merci pour votre participation, et pour toutes ces discussions scientifiques intenses et stimulantes. Merci aussi pour votre enthousiasme, votre bienveillance et tous ces rires échangés pendant la conférence. 1/2 ⤵️

‼️ Le programme détaillé de #JOBIM2025 inclue des informations sur le déroulé de la conférence ; les présentations orales, démos, posters, évènements sociaux... Ne le ratez pas ➡️ jobim2025.labri.fr/detailed_pro...

@jobim2025.bsky.social let's get starteeeed 📢📢📢 #JOBIM2025

#RA2024 | Le rapport d’activité #IRD 2024 est en ligne ! 🎉 🧭 À parcourir : les événements clés, innovations, portraits d’équipes engagées, et interviews inspirantes. 📥 À lire ici 👉 www.ird.fr/lird-publie-... @enseignementsup-recherche.gouv.fr @valerieverdier.bsky.social

‼️ Le programme détaillé des #JOBIM2025 est en ligne ‼️ 📍Rendez-vous sur jobim2025.labri.fr/detailed_pro...

🚀 Lors des #JIRD2025 j’ai lancé PlanèteIRD+ : une plateforme internationale pour structurer notre réseau d'alumni, renforcer nos collaborations, soutenir les chercheur·e·s & acteur·rice·s de la recherche, et créer une communauté engagée pour l’IRD 🌍 👉🏻 Rejoignez l’aventure: planeteirdplus.ird.fr/fr/

🗣️ Heureuse d’ouvrir à Marseille la 6e édition des #JIRD2025 à l’ #IMVT Deux jours pour renforcer nos liens, partager nos stratégies et réfléchir collectivement à nos priorités scientifiques et géographiques. #IRD

🌍 L’IRD lance Planète IRD+, le réseau des alumni & partenaires de la recherche pour le développement ! 🔗 Annuaire, mentorat, opportunités, événements… 📲 Rejoignez-nous : planeteirdplus.ird.fr #PlaneteIRDplus #AlumniIRD #Science4Action @enseignementsup-recherche.gouv.fr @valerieverdier.bsky.social

Ethical scientific journals and where to find them....here is DAFNEE, a #database of non-profit journals in #Ecology and #Evolution #EvoBio, to choose an ethical place where to publish your next articles! (1/2) dafnee.isem-evolution.fr 🧪 #science

For the next @jobim2025.bsky.social we will have posters and presentations from our various resources to work with #pangenome #graphs: annotation, manipulation, indexing, diversity and so on... Indeed we have plenty of them, and they are all gathered in one suite: the GraSuite !

AlphaGenome deepmind.google/discover/blo... 🧬🖥️🧪 API: github.com/google-deepm... Docs: www.alphagenomedocs.com Community: www.alphagenomecommunity.com

La bibliothèque d'Alexandrie du machine learning et Python : #python #ia #ml

Si vous vous posez des questions sur la consommation d'eau des data centers, voici un document plutôt écrit grand public sur ce sujet, par les collègues d'EcoInfo (et je ne dis pas cela parce que je connais 3 des 4 auteur(e)s): hal.science/hal-04698568...

I learnt about Malva yesterday thanks to a fantastic talk by @danilexn.bsky.social (malva.mdc-berlin.de/faq): early access is available if you want to test a user-experience based, v large scale sc and spatial RNA-seq index to explore patterns.

Valsci: an open-source, self-hostable literature review utility for automated large-batch scientific claim verification using LLMs bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.... 🧬🖥️🧪 github.com/bricee98/Val...

🧬 Online course: Structural Variant Detection and Comparison with @sedlazeck.bsky.social & Luis Paulin 🗓 1–3 Dec | Learn to detect, filter & compare SVs from short/long reads @nanoporetech.com @pacbio.bsky.social www.physalia-courses.org/courses-work...

REINDEER's successor is ready