OpenFold3-preview (OF3p) is out: a sneak peek of our AF3-based structure prediction model. Our aim for OF3 is full AF3-parity for every modality. We now believe we have a clear path towards this goal and are releasing OF3p to enable building in the OF3 ecosystem. More👇

Our new preprint is out. Our group performed a comprehensive protein–protein complex prediction within 2,437 biosynthetic gene clusters. We predicted a total of 487,828 complexes for known BGCs, identifying 15,438 heteromeric interactions with an ipTM ≥ 0.6. (2/3) www.biorxiv.org/content/10.1...

Now DSSP 4.5.6 and its python module are available on Homebrew. `brew install brewsci/bio/dssp`.

Dutch courage? Effects of acute alcohol consumption on self-ratings and observer ratings of foreign language skills journals.sagepub.com/doi/10.1177/...

「科学者はもはやTwitterが仕事の役に立たないと感じ、Blueskyに切り替えた」という新しい研究結果。 過去10年、Twitterは科学者の拠点だったが、マスクの買収によって疑似科学、陰謀論、嫌がらせが蔓延し、多くの科学者がTwitter(X)を見限って、Blueskyに移動。 この現象について改めて研究が行われ、実際「科学者はかつてTwitterから得ていた専門的な利益を、今はBlueskyでより効果的に得ている」というデータが示されている。 科学が弾圧される今、科学者フレンドリーなSNSとしてブルスカの成長に期待 academic.oup.com/icb/advance-...

Boltz-1の開発グループはDiffdockと同じグループなんだけど、なんでかDiffdockと性能比較していないね　あとよく言われるAutodockとも。 するまでもなく性能良くなっているんだろうけれど、論文の査読者的には「なぜ比較していない？」って言うのかな

Unexpectedly, @jurgjn.bsky.social found that running Alphafold3 predictions for protein interactions can yield ipTM scores that are more predictive of true interactions when run in pools of proteins instead of pairwise predictions. Presumably, this reflects some sort of "competition effect".

DeepMind will fund CASP for a year. Very nice to hear. (not paying Stat $30 a month, but you can read the first bit). www.statnews.com/2025/07/21/c...

The Terada group, in collaboration with Dr. Leow, has developed ColabReaction — a cloud-based tool for accelerated transition state searches using Direct MaxFlux (DMF) and the ML potential (UMA) available at: colabreaction.net Preprint: chemrxiv.org/engage/chemr...

> Since version 4.5.2 it is possible to build a Python module to directly work with DSSP info inside your Python scripts. github.com/PDB-REDO/dssp It can be installed using `brew install brewsci/bio/dssp`. I hope it will also be available on PyPI.

うーん、足の指を骨折してしまったかもしれん。ただの捻挫かと思ってたけど、すごく紫色に腫れてて痛い 外回りが増えてるから安静にできないのは困るな

The CoVFit paper is now published @natcomms.nature.com !! Exciting work led by Jumpei Ito really showing the potential of pLMs for genotype-2-phenotype predictions!! www.nature.com/articles/s41...

大学に長年いると、数は少ないながらも実家暮らしの学生の中には、学部の選択、研究室、就職先の企業・業種に至るまで、親の意向に抗えず言いなりの人生を歩んでる子の話をそこそこ聞くことがある 大学入試かつ医学部ならまだ聞く話だが、それ以外でもあるのか、みたいな

Our latest work has been published! Our additional implementation for Boltz-1 largely improves the stereochemical accuracy of predicted ligand molecule without retraining the model. We also developed a notebook on Google Colaboratory, colab.research.google.com/github/cddla... .

なんか、引き受けるかどうか熟考を要するような無報酬の仕事依頼メールが1日に何個かくるようになって、本業が進みにくくなっているのを感じる

最近の選挙で、投票所の記名台近くで一人で投票券3枚持った写真が存在するのおかしくね？みたいな騒動あったけど、投票券を偽造して複数枚持ち込むって、そんなに難しいことではないように思えるから（本人確認もないし）、すでに組織的にやられてるんでは？と思った

・常に2秒で判断 ・ホワイトボードの前に立つ ・難しい問題をシンプルに説明 ができる学生は確かに前職に何人かいました。皆パワポ資料が徹底的に作り込まれていて舌を巻くレベルだった。今はそういうのが持て囃されている時代なので、それはそれでいいんですけれど、肝心の話の中身は全くもって薄っぺらいのも特徴でした。ちょっと疑問に思ったことを質問すると、その学生は詰まらずさらっと答えているように見せかけて、全然質問の答えになっていない回答になっていることに気付いていないとか。

Xの方で話題に上がっているような「文化格差」というのは──その範囲の話は、若いうちにそういうのを感じることはあっても色んな経験を積めばどうでも良くなってきた。 ただ現在の仕事をしていて思うのは、この業界は（職人系の業界はみんなそうなのかもしれないが）教授/師匠の力量がめちゃくちゃ効いてくるなということ。師の研究テーマの選び方センスから始まり、論文や申請書の通し方、最先端の研究を追えているかどうか、はたまた資金力や政治力、コネがあるかどうかの門下生に与える影響は陰に陽に大きく、これこそ文化格差〜〜って思う。

Learn how to predict mono-, multi-mers and conformations with the ColabFold-AlphaFold2 protocol now out in @NatureProtocols. Right in time for the Nobel Prize! It covers workflows for beginners and advanced concepts. 🚀https://rdcu.be/dWViQ 📄https://www.nature.com/articles/s41596-024-01060-5 🧬🧶

昨日のHopfieldとHintonの機械学習の発展でのノーベル物理学賞の受賞を受けて、Xで「受賞が理解できない、こんなことは許されない、機械学習が物理学？なんで？」と1時間くらいブチギレツイートしているComputer Science系出身の人がいたのだけれど、しばらくして「なんてことだ……昔から物理学の中に機械学習カテゴリが存在しているじゃあないか（英語の学問体系の分類表を画像で示しながら）」「なぜ俺はこれまでの人生でこれに気づかなかったんだ……そうか機械学習は物理学だったのか　うあぁぁぁぁ」とツイートをはじめ、

特に「教育の受益者は学生」ってのはホント頭にきますわね

授業料値上げの件は、まぁ前職場のことだしってことであまり強く言うつもり無かったけれど、いかがなものかと思いましたね（クソでかため息） 少なくとも数年は先送りしてくれるかと思っていましたが

昨日Xで見たこの画像、あまりにとんでもねぇ発想すぎて知的財産権とっておくべきかと思った x.com/all_ggggg/st...

あと、「選挙は個人の意志で行ってるはずなので、組織票だろうとそれが民意」という意見もあるけれど、実のところ「会社の上司に各家庭で◯◯に投票しろとお達しが出たのでそうした」とか「あれって馬券みたいに当選者を予想して当てるゲームだと思ってたんですけど」とか少なからずあるし、それ意識していた上でその意見を言ってるんかなとも思う

ISHIMARU候補の安芸高田市生まれ→祇園北という経歴は広島の中でも自分の育ちと割と地理的に近いところ出身なので、個人的に気になっていたけれど、思想的には全然支持できないタイプやなーと思っていた あと調べてる過程で、候補が在学していたあの大学の経済学部の時期が「そこの学部の大学教員がな〜んも学問をしていない時代の在学生やな」と言われてて「えぇそんなんだったのか……」と驚いた

みんな五月祭いっとる　行っていないのはワシだけ

最近ワシのカズヤミシマの0％撃墜コンボの精度が高まってきた　VIP対戦中で決まると「Foooo⤴︎ 気持ちえぇぇぇ〜！」ってなる

有休を3日取って学会期間にも関わらず引きこもって仕事していたおかげでようやく全部のタスクがいったん片づいた。すばらしい。 やはり良い仕事をするには良い休暇が必要やな！ワークライフバランス最高！

Q. ぬわーんつかれたもーん A. ❌。いつも疲れているから。

投稿先まちがえました

ふえぇ❣️😳💦もうすぐバレンティン🍫❤なのに恋人💏💑💕いないってマジw⁉️⁉️😱💦💦😢⤵️私はいるよ？爆笑😂😂 勝利👑😤の女神❇️👩❇️が微笑む😊😊 スタンド🏟️揺るがす😲😲❗一振り💫 アーチ🌈🚀⚾を描け💃💃💃 Go❗😤バレンティン🐧❗

Jax 0.4.24 has a lot of changes, deprecations, and removals. github.com/google/jax/b... LocalColabFold is affected by this change and should be fixed to the 0.4.23 version.

Twitterは今やインターネットの下水というインフラを担ってるのでそれはそれで無くなると困る

Direct Coupling Analysis and The Attention Mechanism https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.06.579080v1

急にみんな移住してきてる

ForceGen: End-to-end de novo protein generation based on nonlinear mechanical unfolding responses using a language diffusion model www.science.org/doi/full/10....

アーカード

今気付いたけどブルスカって通知OFFがアプリ内設定にないのか　いずれ実装されそうではあるが

Tris緩衝液のTrisを分解するbacteriaの発見？プラスミド業界が興味を示しそう

いちばん労力かけて作ったやつ忘れとった いろんな機能のBlueskyクライアント比較表です www.notion.so/dolciss/c03e...

にゃーん（ひよこ）

Skyshare: blueskyとTwitterへの同時投稿サービスを正式公開しました！ skyshare.uk サービス名・ドメインが変更され、betaが消えました(beta版で過去投稿されたURLは新URLにリダイレクトされます) 投稿画面のUIをbetaから大きく改善しました。PWA対応もしており、ホーム画面に追加できます。

Now many of my friends are moving to Bluesky. 多くの知り合いがBlueskyに移行してきている

Learn how to predict mono-, multi-mers and conformations with our ColabFold/AlphaFold2 protocol. It covers workflows for beginners as well as advanced concepts. Great work by Gyuri Kim, Sewon Lee, Eli Levy Karin, Hyunbin Kim @agsmith.bsky.social @sokrypton.org @milot.bsky.social

First post in Bluesky!