口頭発表用のパワポ資料を見直していたけど、１２分でおさまりそうにないのでスライドの一部を削るか...

2~3年くらい前やった計算を再度やろうとしたら、その間で一部にOSアップデートされてたらしく、ライブラリ不整合で過去のスクリプトがそのままだと動作しない・・・

最近の論文の統計解析関連について、ぼんやり思うけど、pseudoreplicate が統計的に問題ということが広く展開された結果として、pseudoreplicateが発生する、repeated measurementの実験デザインを避けるような風潮になってる気がする。 repeated measurement は適切にサンプルデザインを設計して統計モデルを立てれば、pseudoreplicationは解析で除外できるし、計測誤差などを定量化できるので、要因の分析で理解が深まると思うのだが・・・

うーん。Population Ecologyに採択された論文、オープンアクセスにする費用をがんばれば、何とか捻出できそうな気がするけど、その代わり年度末までの学会出張はすべて自腹になる？

投稿中だったメダカの繁殖生態論文のアクセプト通知きたー

インフルAに感染して発熱がひどい。39度台まで体温あがって頭痛がする

投稿した論文の査読結果が返ってきたから進めないといけないが、今回もなぜか初回の査読から査読者３名でコメントが来ているので、1つずつていねいに対応していくしかなさそう

論文の再投稿するための原稿確認と作業をすませたので、今日はもう休む

昨年度あまり学会発表しなかった関係で、ほぼ３年ぶり？に口頭発表するためのパワーポイントを作っているけど、資料作成に時間とられるのう・・・ パワポのスライドを切り替えながら、全体の表示の整合性を整えていく作業が地味に目の疲労になる

参考までにと少し触っている配列データ解析、生データが20GBで、中間生成ファイルをまるごと残したら、200GBくらいにまで膨らんでしまった・・・ 作業用の一時的バックアップとして、USB外付けのハードディスクにコピーしないといけないから時間かかるなあ。

Mifish pipeline をちょっと触ってみようかと思ったのだけど、東大のMitoFishデータベース、webサイトが落ちてるかも？

査読案件1にゴールが見えてきたが、次の査読案件2がすでに着弾しているので、そっちから手を付けて先に片付けるか、自分の発表資料の作成にとりあえず手を付けるかなやましい

動物行動学会、大会参加費そのものは安くてよいが、飛行機を乗り継ぐ形になるので旅費の飛行機代の値段が・・・

北海道とか青森でそろそろ夜は氷点下に近くなってるみたいたけど、沖縄はまだ昼の気温29℃とかなんよな

解析に出していた外注のシーケンスデータがもう戻って来てしまった。 その前の月にシーケンスした結果もまだ解析を処理しきれてないので、生データがHDD内に積み上がり始めている・・・

解析作図系のスクリプト、アドホックな建て増しを繰り返していく結果としてスパゲッティーコードになりがちなので、メンテナンスしてると絶望しか感じなくなるときが多い・・・

共同研究案件で、海水サンプルにMiFish解析を試しているけど、環境DNA学会のプロトコルに即しつつ、ユニークデュアルインデックスを使って2nd PCRをしたけど、これ増幅がいまいちな気が・・・

アウトプットをまとめず、継ぎ足しながら仕事するのは研究データでもプログラムでも何でもスパゲッティコードの温床になってよくない

統計量の作図したら信頼区間が広くて、誤解をまねきやすい見た目になってしまったので、そのままの状態で論文に入れるべきか悩ましい

メダカ野生集団の全ゲノム解析論文をサブミットした

明日は英文校正に出してた原稿が戻ってくるはずなので、なるはやで投稿まで持っていきたいところ

ハプロタイプ構造を仮定して淘汰の痕跡を検出する手法、iHSとかXP-EHHとかあるけど、それらを適用する場合には遺伝子型の欠損が許容されない。全ゲノムリシーケンス解析の集団データを作るときに、個体ごとのシーケンスのカバレッジを×10とかそれなりに深く取らないと良いデータセットにならなさそう。 ハプロタイプ推定とimputationをかませて欠損の補完もできなくはないけど、淘汰の検出にもハプロタイプ情報を使ってる性質上、imputationに由来する検出の偽陽性が無視できない気がする

雑誌『生物の科学　遺伝』の連載特集に和文記事を寄稿しました。 「メダカの生活史の多様性と原因遺伝子の探索」というタイトルで、野生メダカの研究について紹介してます。 www.nts-book.co.jp/item/detail/...

シーケンス外注に出してたメダカ野生集団の全ゲノム解析のライブラリQCが帰ってきたけど無事パスした模様。 問題なくシーケンスまで進むと良いが。

学科参加用として残している研究費の出張予算、気を抜くと野外調査の費用として消化してしまいそう

久しぶりに波も風も穏やかだったので、勝連の方で潜ってきた

サケのスニーカーなど代替繁殖戦術の進化は、適応度が複数の表現型間で釣り合いが取れているときに、集団中に表現型変異に関する遺伝的多型が維持されることがある。体サイズや繁殖力など適応度と深く関連するにもかかわらず、集団中に遺伝的多型がみられる形質では、こうした形式の淘汰が、遺伝的多型の維持に寄与している可能性は高いだろう。 ただし、遺伝的多型の代替仮説として、栄養状態など環境応答だけで表現型を可塑的に変えるケースもよくあるので(＝同じ遺伝子型でも違う表現型になる)、これらを識別しようとするには表現型の遺伝基盤の特定が必要になってくる。

進化学会には要旨提出が間に合わなかったので、今年の参加は見送り。 秋の動物行動学会には参加したい

「生物の科学　遺伝」の特集記事で寄稿していた和文で書いたメダカの生活史進化の解説、出版用の完成版のPDFファイルが送られてきた。8/26頃には紙媒体の雑誌も店頭にならぶらしい

論文の学術出版は、データ公開費用、英文校正、採択されたらAPCと完全に手数料ビジネスになってしまった感ある

ショートリードシーケンス用にマルチプレックスするときのインデックス配列の仕様確認をしてたけど、 NexteraとTruSeqでアダプター配列の系統が違ってるせいで、キットも全部別扱いの商品になる。 2種まとめてシーケンスすることはできるらしいが、インデックスの重複確認とか仕様のすり合わせ作業が発生するので、地味にめんどくさい事がわかった...

7月にぼちぼち進めたメダカの全ゲノムリシーケンス解析のライブラリ、シーケンス外注に出すところまで来た。 Novaseq X plusを外注すると、科研費の年間予算つきるので、年度後半は分子実験を止めてデータ解析と論文作成かな。昨年分と合わせて140検体くらいのデータ規模なので、次の論文を書くネタには困らなさそう

メダカ野生集団について繁殖特性中心に生活史変異をまとめた論文を投稿 doi.org/10.22541/au....

共同研究者からリファレンスゲノム構築について相談されることが増えてるんだけど、結局あれこれ外注を組み合わせた実験系が必須になるから予算縛りでやれること決まるんよな

研究スタート支援の申請書にコメントした人から採択報告あって、めでたいめでたい

データ解析で後発の事例は先行研究を参照して改善できる立場にある。 ただ、遺伝解析の研究は、頻度論的な統計解析の枠組みにもとづいて考えたり、解釈することがしばしばあるので、結果を見て後付けでデータセットや検定方法を変えるのは、筋が悪いと思うんよな。

フィールド出ると溜まってしまう事務手続、査読と原稿改定などポチポチ進めてるが、複数案件の並走は頭の切り替えで、負担かかるなあ

全ゲノムで集団ゲノム解析しても、表現型自体が多数遺伝子による高次元パラメーターの産物なので、個体レベルの量的形質の表現型と遺伝子型の対応関係は、たいてい未知のまま残るんだよね。 表現型にかかるselectionを定量化しようとしたときの最短ルートは、古典的でも表現型と適応度を計測して選択勾配を計算することにつきるのでは...

最近、論文探すためにGoogle scolar 開いてツラツラ見てると、Bot扱いされてアクセスできなくなることがしばしば

今週末、学内助成金の締切だから申請書を準備しないといけないなあ

キタノメダカの雌雄、下側のオスが婚姻色出して求愛しているけどメスは頭をあげて拒否してる。

QTLマッピングやGWASなど、遺伝子型と表現型の関連についての知見をマニュアルでキュレーションしたデータベース。引用文献を探したりするのに便利そう www.gephebase.org

地方国立大のシステム、研究費を回して間接経費を取ることで、ぎりぎり維持してきた運営制度が、いよいよ完全に崩壊してきた印象あるなぁ

個体群生態学の分野で、現生集団の有効集団サイズ推定を遺伝子マーカーでやってる話があるのだけど、アリル頻度スペクトラムや合祖理論にもとづく集団遺伝解析の理論と原理的なところが違うのか、よく分かってない

ここ数日、作っていたさどくのれぽーとを提出した

コーヒーの飲み過ぎのせいか、風邪気味のせいか、胃の調子がよくない気がする

共著者に論文の1st ドラフトを共有。 メダカの調査シーズン始まる6月までには投稿まで持って行きたい