魚類の核ゲノムで交雑シナリオの分析をする発表、かなり多くなってるようなのでシナリオ探索する流れとかステップごとの解釈上の注意点とか整理した日本語記事をまとめると需要あるかも？

ハーバーマス死去か… www.47news.jp/13997755.html

院生のときにときどき行ってた天ぷら屋さんにお昼食べに行ったら前所属の秘書さんとばったり会った。ご挨拶できてよかった。

生態学会いろいろ楽しい…！来てよかった

形態自由集会ではランドマークと輪郭の解析が紹介されたけど、最近のAIの画像判別モデルを使用すると、判別の過程で512次元の埋め込みベクトル(512個の数値リスト)が得られる。これを使用して、2つの画像間の距離が計算できるので、それを形態的距離として利用可能になっている。この方法は、相同ランドマークを指定する必要もなく、輪郭分析の開始点も不要なので、形態解析において有望な新手法だと思っている。これを群集に適用すると、形態的多様性が算出できる。これをメタバーコーディングから得られる系統的多様性と比較することで、系統的多様性から期待される形態的多様性と比べて、実測値が高いか低いかわかるはず。

生態学会、最近聞いた話だと思ったらこれと被ってる発表がいくつかあるのか。

ひゃー www.kyoto-np.co.jp/articles/-/1...

【注目プレスリリース】家畜化に伴う形態変化の分子メカニズム ――カイコの尾角が小さくなった原因を遺伝子レベルで解明―― / 東京大学 https://research-er.jp/articles/view/153877

もしかして生態学会期間の京都まあまあ寒い…？

>RTs 机の地層から発掘したホルダーに入れたけれど，確かに厚紙でよかったかも。

名札は印刷したのを厚紙に貼って厚紙に穴開けて紐通せばええやろ。

生態学会、名札を事前印刷というのは記載あったけどネームホルダーも配布ないなら記載しておいてほしかったなあ 仕方ないから学会行くまでにコンビニかどっかで探して買うか

学会の高校生ポスター発表に出てくるような研究って論文化しておくべきものが体感7割はあると思うんですけど、その辺どうなっているんでしょう。各種学会誌はほとんど拾えてない気がします。魚類だったらIchthyとか魚雑、甲殻類だったらCancerに掲載できるか。ものによってはニッチェライフとかボテジャコとか。えびだと昔の地方の中学の先生が無数の学生との研究成果をまとめたえび研究本とかがスーパー重要文献なんですけど、今の高校の先生にそのような余力は…ないよなあ…。

生態学会高校生ポスター発表、12万個体近い仔魚をカウンターで数えた発表あってビビっている。色々上手に楽するのも大事だけど，こういう気合いを忘れてしまってはいけないな…。

【注目プレスリリース】落ちる実がつなぐ、果実をゆりかごにする昆虫との助け合い 幼虫は成長を終え、植物は負担を減らす新たな共生維持メカニズムを解明 / 神戸大学 https://research-er.jp/articles/view/153739

【注目プレスリリース】攻撃的に戦うか防御しながら戦うかを決める 闘争戦略のメカニズムを解明 / 東京農工大学 https://research-er.jp/articles/view/153708

非常におもしろかったです。ゴースト系統とのgene flow検出の話とか，ロングリードを使ったトランスクリプトーム解析の話とか，野生ショウジョウバエ集団での繁殖休眠形質の遺伝基盤の話とか，染色体融合/分裂と種分化の話とか，植物における自殖の進化の話とか，交雑と種分化についての理論研究とか…。Population genetics/genomicsってほんといろんな話が含まれる楽しい分野ですね。

樹木医さんからの情報として事務から所内の桜開花情報が回ってくる。「寒桜系統が咲きだしておりますが、以下特に、みそんじないように、とのことでございます。」こないだ投稿した修善寺紅寒桜もリストされていた。おもろいなあ。

楽しい研究会が開催されている。 Population genetics in the era of population genomics www.nig.ac.jp/nig/ja/resea...

>RT SeqKitには大変お世話になってます。まさにインフラ。

Can't wait to release a 10-year-old birthday version for SeqKit! - 10 years - 2 papers, 3500 citations - 20 contributors - 40 subcommands - 880 commits - 500 issues - 685.5K Bioconda total downloads Thank you all, dear contributors and users! I'll keep maintaining it. github.com/shenwei356/s...

（分担とかじゃないけど）申請書にコメントしてた科研費も通ったらしいし，今日はよい日です。

accepted! よかった！

【注目プレスリリース】まっすぐな体の軸はどう作られるのか？ ──糖鎖修飾が支える背骨形成の新しいしくみ / 国立遺伝学研究所 https://research-er.jp/articles/view/153427

弊所の河津桜も咲いていた

【注目プレスリリース】都市夜間光が沿岸生態系に与える影響―東京湾のフナムシは都市に適応している？― / 千葉大学 https://research-er.jp/articles/view/153315

先日，河津桜をみてきた。雨が降ったり日がさしたりの日だったけれど，春はもうすぐそこだなと思いました。

雨が完全に春の雨だ

「父の遺品で古い市販品のような貝類標本があります。学術的価値は低いと思いますが寄贈できますか」という問い合わせを受けて、まあ昔の観光地で売ってた類いかなと思いつつもひとまず写真をお送りください、とお伝えして見てみたらびっくり、大正時代の平瀬貝類博物館の販売標本でした。とても状態がよく、殻の向きもきれいに揃っていて、ほぼ購入時の状態そのままではないかと思います。紙の外箱があるものは初めて見ました。今日ありがたく拝受しましたので、資料として活用させて頂きます。昨年の貝に沼る展の時だったら、間違いなく展示していたでしょう。

【注目プレスリリース】社会的圧力が赤ちゃんクマノミの白い縦帯模様に影響 魚の模様がなぜ、どうやって生まれるのか？生き物が環境に応じて姿を変えるようになった進化のルーツに迫る / 沖縄科学技術大学院大学 https://research-er.jp/articles/view/153198

S2Oモデルの現状と課題に関する記事。S2Oモデルはゲーム理論で考えることができそう。多くの図書館が雑誌を購読してOAになっていれば，自機関の図書館が購読しなくてもフリーライドできる。するとどの機関も購読をやめたくなり，どこかで破綻する。S2Oモデルをうまく成立させるにはゲームを安定化させる必要があるけれど，どうやったらうまくいくのか…。 current.ndl.go.jp/e2801

昨日投稿したS2Oモデル，ロイソだけでなくBioOneもやっているらしい。日本の学会誌だとZoological Science，Mammal Study，Current Herpetology，Ornithological Scienceが入っている。 bioonepublishing.org/our-work/sub...

グラフを描くとき、配色にはいつも悩まされる。特に色分けすべき対象のカテゴリ数が多いときに困ったことになる。100とかのレベルになってくると、色相環を適当な間隔で切り出す感じの処理をするしかない。50程度なら、ggsciのpal_igv() rdrr.io/cran/ggsci/m... がギリギリカバーできる。

2026年はロイソの雑誌がAPCなしのOAになるらしい。おもしろい取り組み。 In 2026, researchers can publish open access in the Royal Society’s eight subscription journals without having to pay an article processing charge (APC). royalsociety.org/journals/aut...

【注目プレスリリース】観賞用メダカがどこから来て多様な体の色や形を育んできたのか、 世界初の大規模ゲノムDNA解析によって明らかに ―関西・瀬戸内由来であることやヒトの不随意運動症との関連を発見― / 広島大学,基礎生物学研究所,長浜バイオ大学,国立遺伝学研究所 https://research-er.jp/articles/view/153129

【注目プレスリリース】常識を覆す新発見：水陸両生植物が水没に応答して表皮細胞に葉緑体を分化させる 未知の現象を発見— 水中光合成を支える新たな環境応答機構を解明 — / 京都産業大学,東京理科大学,帝京大学,東京大学 https://research-er.jp/articles/view/153098

すごく使い心地がよく，バグ報告への対応も迅速かつ丁寧。課金した。

I don't usually like mentioning this - but it is not a promotion!!! Have you or anyone in your department used our textbook? If so, I'd love to hear from you and how you think it could be improved for a future edition: global.oup.com/academic/pro...

おはようございます。 2月12日、今日は #ダーウィンの日 。現代の生物学の土台を築いた「進化論」の提唱者として知られるイギリスの生物学者、チャールズ・ロバート・ダーウィン（Charles Robert Darwin）の誕生日にちなみ、科学全般を促進させるための日として制定されました。 ▪ International Darwin Day darwinday.org

再査読（3回目）も完了。なかなか一度で直しきってくれない…。がんばってくれ〜。

某システム上で入力すべきフォームが現れず困っていたのだが，事務員さんに相談したら，ぼくの単純なミスが原因であることをすぐに突き止めてくれて助かった。いつもありがとうございます…。

das_Kinoさんのbrms解説 das-kino.hatenablog.com/entry/2026/0...

【注目プレスリリース】動物の複雑な行動を解析するAIツール『YORU』を発表～プログラム不要で集団内の個体の行動識別や操作が可能に～ / 名古屋大学 https://research-er.jp/articles/view/152918

resubmitted!

【注目プレスリリース】黒スケ・白スケだけじゃない! ８地点のスケーリーフットで解き明かす、深海熱水域をつなぐ「海流」と隔てる「断層」 ―集団ゲノム解析によるインド洋熱水域群集の分散史解明と保全優先域への示唆― / 海洋研究開発機構 https://research-er.jp/articles/view/152893

f3,f4統計量は、塩基配列間の距離としても定義できるので、全ゲノムリシーケンスのSNPs規模なら各集団につき1個体からでも計算できる点も強みである。 遺伝的に大きく離れた種間の組み合わせに適用するときの注意点は、枝間で進化速度の違いなどある場合は交絡要因となって、交雑の偽陽性になる場合がある。 また、SNPs特定するときのアライメントに使っている配列がOrthologに相当するのかどうかなども注意が必要となってくる。

SNPsデータで集団間交雑を検定するf3, f4といった統計量は、人類集団の交雑を解析する目的で構築されてきたが、その統計検定の枠組みは人間以外の集団/種間でも、原理的にはそのまま使用できる。 計算の中身は集団の組み合わせを指定して、1Mbブロックのアリル頻度の平均値と集団間の距離にもとづく期待値を計算している。集団間で交雑があると集団間の距離がゼロから逸脱するような統計量として定義されてるが、生物種に特異的な仮定は置かれていない。数理としては頻度データの分散分析とほぼ同様。

ひょんなことから昨年の東大の入試問題を見かけたのだが、国語にはマークテストとかの鏡像認知の話、生物には魚類の遺伝的多様性とか大規模野外操作実験の話が出ていた。大阪公立大と京大やんか、と思った。

メモ：全ゲノム配列からシングルコピーオルソログを用いた系統推定を行うCUSCOパイプライン。共著者の内藤さんによれば「爆速かつ正確、かつ倍数体も扱えるというスグレモノ」。 原著論文 esj-journals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/... GitHub github.com/seikot345/CU... 日本語解説Qiita qiita.com/seikot345/it...

NAF以外の圧縮フォーマット・ツールも含めて圧縮・解凍時間等をちゃんと調べたベンチマーク論文がありました。 doi.org/10.1093/giga... ただし肝心のベンチマークデータベースへのリンクが切れている。現在は以下にあるそう。 biokirr.com/Sequence-Com...