大貫渓介 Keisuke Onuki
@fwfonk.bsky.social
📤 59
📥 55
📝 251
国立遺伝学研究所 学振PD。淡水魚の進化生態学に興味があって研究しています。 Web:
https://sites.google.com/view/fwfonk
pinned post!
色々あって,Rでごく簡易な地図を描くための導入を書きました。もしよければ覗いてみてください。 Rを触ったことはあるくらいの初心者が日本の河川での採集調査地点図を作成することを想定しています。なるべくミニマル&実用的にするため,データは天下り・解像度固定・日本のみ・標高水深なし・陸地と湖沼と河川のみ,です。 間違いや追記すべきことなどありましたら大貫までお知らせください。
scrapbox.io/KO-EcoEvo/R%...
loading . . .
Rで地図描き(簡易版) - Keisuke Onuki のらくがき
2026-06-22 再現可能で,使い回せて,そのまま論文に使えるレベルの地図を,無料で描こう。 描画に優れたRを活用し,こんな感じの地図を自在に作れるようになるのが,本ページの目標です。 Rの取り扱いにある程度は慣れているくらいの初心者&日本の河川で行われる採集調査地点図の作成を想定し,ミニマムな地図作成のために必要なことしか入れていないつもりです。間違いや改善点,要望などあれば大貫までご連絡く
https://scrapbox.io/KO-EcoEvo/R%E3%81%A7%E5%9C%B0%E5%9B%B3%E6%8F%8F%E3%81%8D%EF%BC%88%E7%B0%A1%E6%98%93%E7%89%88%EF%BC%89
9 days ago
1
6
5
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
Mukai, T.
1 day ago
伊豆沼・内沼研究報告に共著論文が出ました. 濃尾平野のカワリヌマエビ属にはミナミヌマエビ近畿系統,ミナミヌマエビ九州系統,シナヌマエビA,シナヌマエビBの4系統がいましたよ,というものです. 「濃尾平野におけるカワリヌマエビ類のミトコンドリアDNAの系統とその分布」
www.jstage.jst.go.jp/article/izu/...
0
11
8
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
オワコマ
1 day ago
これはわたしではなくアクア・トトの職員さんから聞いた言葉で、ある生きものが気持ち悪いとか嫌いって言ってる人でも、その生きものの暮らしとか子育てとか人間との関わりなどを説明すると、好きにはならなくとも「いてもいいよ」くらいにはなってもらえると。またはなってもらえることを目指すのが水族館・動物園の役割のひとつでもある、と。
0
84
32
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
ウェザーニュース
3 days ago
梅雨前線や台風7号・台風8号の影響で、西日本や東日本で雨量がまとまりました。 多いところでは600mm以上の降水を観測し、平年6月の1か月分を超える雨が5日間で降りました。 大阪周辺では短時間の大雨の記録を更新した地点も目立ち、今日は千葉でも大雨となっています。
weathernews.jp/news/202606/...
0
50
36
三島、結構揺れました。この強さは新潟で経験した能登半島地震以来…。
4 days ago
1
4
0
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
炬茶@COMITIA東3の20b
4 days ago
戻れない子がいっぱいいますからね...... それはそれとして、今回のはかなりすごいです。
1
4
3
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
炬茶@COMITIA東3の20b
5 days ago
0
20
7
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
炬茶@COMITIA東3の20b
5 days ago
わあ
1
8
1
京都の鴨川がとんでもないことになっていて心配…。こんなとき魚はどこに行くのだろう。
4 days ago
0
9
2
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
日本の研究.com ニュース
5 days ago
【注目プレスリリース】環境変動は救いか脅威か? 進化の二面性 / 国立遺伝学研究所
https://research-er.jp/articles/view/157526
loading . . .
環境変動は救いか脅威か? 進化の二面性
2026.06.26 国立遺伝学研究所 プレスリリース The double-edged effect of environmental fluctuations on evolutionary rescueShota Shibasaki and Masato Y...
https://research-er.jp/articles/view/157526
0
0
1
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
日本の研究.com ニュース
5 days ago
【注目プレスリリース】“島流し”にあったノコギリクワガタは、 なぜ巨大な武器を手放したのか ~ゲノム解析で解き明かす、遺伝子の流動とオスの大アゴ進化の関係~ / 名古屋大学,東京都立大学,九州大学
https://research-er.jp/articles/view/157517
loading . . .
“島流し”にあったノコギリクワガタは、 なぜ巨大な武器を手放したのか ~ゲノム解析で解き明かす、遺伝子の流動とオスの大アゴ進化の関係~
2026.06.26 名古屋大学,東京都立大学,九州大学 プレスリリース 【本研究のポイント】ノコギリクワガタ類は、伊豆諸島において、本土から遠い島ほどオスの“武...
https://research-er.jp/articles/view/157517
0
15
5
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
Sophien Kamoun
7 days ago
I just published No mokusatsu in our genomics—Why we reannotated hundreds of plant genomes with Helixer and why you should care.
#biology
#bioinformatics
#genomics
kamounlab.medium.com/no-mokusatsu...
loading . . .
No mokusatsu in our genomics
Why we reannotated hundreds of plant genomes with Helixer and why you should care.
https://kamounlab.medium.com/no-mokusatsu-in-our-genomics-af50e8ccd7a5
0
14
6
今日もこれでした。漁協の方々、どうもありがとうございます。
add a skeleton here at some point
8 days ago
0
1
0
色々あって,Rでごく簡易な地図を描くための導入を書きました。もしよければ覗いてみてください。 Rを触ったことはあるくらいの初心者が日本の河川での採集調査地点図を作成することを想定しています。なるべくミニマル&実用的にするため,データは天下り・解像度固定・日本のみ・標高水深なし・陸地と湖沼と河川のみ,です。 間違いや追記すべきことなどありましたら大貫までお知らせください。
scrapbox.io/KO-EcoEvo/R%...
loading . . .
Rで地図描き(簡易版) - Keisuke Onuki のらくがき
2026-06-22 再現可能で,使い回せて,そのまま論文に使えるレベルの地図を,無料で描こう。 描画に優れたRを活用し,こんな感じの地図を自在に作れるようになるのが,本ページの目標です。 Rの取り扱いにある程度は慣れているくらいの初心者&日本の河川で行われる採集調査地点図の作成を想定し,ミニマムな地図作成のために必要なことしか入れていないつもりです。間違いや改善点,要望などあれば大貫までご連絡く
https://scrapbox.io/KO-EcoEvo/R%E3%81%A7%E5%9C%B0%E5%9B%B3%E6%8F%8F%E3%81%8D%EF%BC%88%E7%B0%A1%E6%98%93%E7%89%88%EF%BC%89
9 days ago
1
6
5
査読done。
9 days ago
0
2
0
西廣さんによる生物多様性をめぐる課題解決に向けた整理。課題解決には価値判断が関わることを明示した上で,安易な合意形成に陥らないための「判断の前に共有すべき問い」を提案しています。さすがの整理だなと思います。学部の頃に受けた西廣さんの講義は論理明快でありつつ好奇心をくすぐるものでした。講義がうまい先生は文章もうまいですね。見習っていきたいです。
note.com/jnishihiro/n...
loading . . .
生物多様性はなぜ分かりにくいのか:定義から「判断のための問い」へ|Jun Nishihiro / 西廣 淳
はじめに ネイチャーポジティブという言葉の普及とともに、いま改めて「生物多様性」について議論される機会が増えました。自然保護活動だけでなく、企業のサステナビリティ、自治体の政策、学校教育など、さまざまな場面でこの言葉が使われています。 しかし同時に、生物多様性は、脱炭素のように単一の指標や目標に集約しにくい環境課題でもあります。これまで企業のESGなどに関わってきた方からも「生物...
https://note.com/jnishihiro/n/n1ad3ee8c47a2
9 days ago
1
15
5
民間の研究助成に初めて採択されました!うれしい!
11 days ago
1
8
0
>RT 現状を踏まえればアユモドキ生息地へのコウノトリ誘鳥は失策と言わざるを得ませんが、もちろんコウノトリもアユモドキもどちらも、になるのが理想です。そもそも本来のアユモドキはコウノトリに食べられたところで誰もなんとも思わないくらい爆湧きするタイプの魚です。やたらと減ってしまった要因は我々ヒトの暮らし方にあります。そこを少し変えれば、本来の増殖力でアユモドキが再び爆湧きし、コウノトリもヒトもアユモドキを味わえる未来があり得ると信じています。
13 days ago
1
9
3
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
Daisuke Akaishi
13 days ago
コウノトリとアユモドキどちらも,というわけにはいかんのか。 アユモドキのせいで何もできんみたいな悪印象がついたら嫌やな。
add a skeleton here at some point
0
10
4
>RT まさに。ぼくは政治や行政に対してマイナスな勘繰りをつとめてしない主義ですが(そこで働く真面目で志ある同期・先輩・後輩・知り合いたちが大勢いるので)、こればかりは行政側を信頼できないと感じてしまいます。
13 days ago
0
0
0
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
windowmoon@bluesky
13 days ago
こうやってアユモドキのイメージ低下をこつこつと図っているんじゃないかな。いずれ増えてもいないのに守らなくてよくなるように。
0
8
4
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
苦渋とか言ってるの笑える。あまりにも当然の判断。どういう意思決定プロセスで一時的にではあれこんなお粗末な方針が打ち出されたのか…。
www.kyoto-np.co.jp/articles/-/1...
loading . . .
京都府亀岡市がコウノトリ「人工巣塔」建設計画を断念 苦渋の決断、背景にあの天然記念物の存在が|京都新聞デジタル 京都・滋賀のニュースサイト
京都府亀岡市は16日、国特別天然記念物コウノトリの人工巣塔をJR亀岡駅北側の市有地に建設する計画を断念したと明らかにした。市内の桂川(保津川)流域に生息する天然記念物が、コウノトリに
https://www.kyoto-np.co.jp/articles/-/1733570
13 days ago
0
9
8
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
日本の研究.com ニュース
14 days ago
【注目プレスリリース】知床半島のオショロコマに残る「過去の交雑」の痕跡を解明 ―小規模集団で同属異種由来のミトコンドリアDNAが残っている仕組みを解析― / 水産研究・教育機構,東京大学,北海道大学
https://research-er.jp/articles/view/157171
loading . . .
知床半島のオショロコマに残る「過去の交雑」の痕跡を解明 ―小規模集団で同属異種由来のミトコンドリアDNAが残っている仕組みを解析―
2026.06.16 水産研究・教育機構,東京大学,北海道大学 プレスリリース ポイント知床半島に生息するオショロコマにおいて、別種である「イワナ」に由来するミト...
https://research-er.jp/articles/view/157171
0
4
3
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
日本の研究.com ニュース
14 days ago
【注目プレスリリース】魚食の外来魚コクチバス 魚類の餌資源なしでも定着可能(世界初事例) / 富山大学
https://research-er.jp/articles/view/157175
loading . . .
魚食の外来魚コクチバス 魚類の餌資源なしでも定着可能(世界初事例)
2026.06.16 富山大学 プレスリリース ■ ポイント富山県桂湖に定着している外来魚コクチバスは魚をほとんど食べておらず、食性は主にスジエビと陸生昆虫。成長...
https://research-er.jp/articles/view/157175
0
2
1
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
炬茶@COMITIA東3の20b
16 days ago
0
13
4
その他祖母宅の庭と畑の収穫など手伝い。
16 days ago
1
5
0
これ、手伝いにきたのがぼくなのか祖母なのか一意に決まらない日本語だった…。修行が足りない。手伝いにきたのはぼくです。
add a skeleton here at some point
16 days ago
0
11
2
新潟の祖母が笹団子とちまきを作るのを手伝いにきました。
17 days ago
1
39
9
accepted! やったね!
add a skeleton here at some point
17 days ago
0
5
0
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
吉澤和徳
19 days ago
めも AppleがmacOS上で高速かつ軽量なLinux環境を提供できる「Container machine」を発表
gigazine.net/news/2026061...
loading . . .
AppleがmacOS上で高速かつ軽量なLinux環境を提供できる「Container machine」を発表
WWDC26で発表された、Mac上で軽量のLinux環境を提供できる新機能が「Container machine」です。Container machineは高速でありながら軽量かつ永続的で、標準的なOCIイメージに基づき構築・共有でき、ユーザーやホームディレクトリの自動共有などのホスト統合機能により、ターミナル内のどこからでもLinux環境に素早く簡単にアクセスすることが可能となります。
https://gigazine.net/news/20260611-apple-container-machines/?utm_source=facebook&utm_medium=sns&utm_campaign=facebook_post&utm_content=20260611-apple-container-machines
0
0
2
MIG-seq2論文つまみ読みしてます。over-1000-plexのユニークデュアルインデックスプライマー、96穴プレートで販売してほしい。色々なPCRベースの縮約法にも環境DNAにも(たぶん?)使えるとなれば、需要はそれなりにあるのでは…。でも自社キットとセットにしないと儲からないんですかねえ。
19 days ago
0
0
0
resubmitted!
add a skeleton here at some point
19 days ago
0
5
1
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
windowmoon@bluesky
19 days ago
MIG-seq2
doi.org/10.1111/1440...
論文が出ていました。over-1000-plex対応になっています。最適化したインデックスプライマーリストがサプリに含まれています。どこか出来合いのプライマーとしてできるだけ安価に販売してくれないもんでしょうか。
loading . . .
MIG‐seq2: Multiplexed Inter‐Simple Sequence Repeat Genotyping by Sequencing With Dual‐Unique Indices
We developed a new version of the Multiplexed ISSR Genotyping by Sequencing (MIG-seq) method, called MIG-seq2. This improved protocol incorporates dual unique indices to distinguish more than 1344 sa...
https://doi.org/10.1111/1440-1703.70092
0
5
4
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
Taiga YODO
19 days ago
費用対効果に生物多様性の損失分などは含まれていない,よな・・・(記事を読む限り)
add a skeleton here at some point
1
15
4
>RT 彼が4回生のときだけ同じ研究室だった後輩氏の論文が出た模様。修士で極地研に移ってからもちょっぴり交流があって,この研究のアイデアも聞かせてもらった。おもしろい研究!
20 days ago
0
3
0
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
日本の研究.com ニュース
21 days ago
【注目プレスリリース】採餌に失敗したペンギンは仲間の持つ情報を利用して餌場を探す / 総合研究大学院大学,国立極地研究所
https://research-er.jp/articles/view/156945
loading . . .
採餌に失敗したペンギンは仲間の持つ情報を利用して餌場を探す
2026.06.10 総合研究大学院大学,国立極地研究所 プレスリリース 群れをなすアデリーペンギン概要動物はしばしば同種の仲間同士で集まり、集団繁殖地(コロニー...
https://research-er.jp/articles/view/156945
0
15
9
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
Akira Terui
20 days ago
www.pnas.org/doi/10.1073/...
Really cool - "Stocks must therefore be orbiting the [shared] attractor asynchronously to produce the observed uncorrelated fluctuations." Inspiring statement.
loading . . .
Ecological stability through nonlinear fluctuations and the portfolio effect | PNAS
Much ecological theory has pursued understanding the mechanisms that stabilize communities, yet empirical analyses reveal deterministic nonlinear d...
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2535296123
1
2
2
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
日本の研究.com ニュース
20 days ago
【注目プレスリリース】海を越えるフクロウ類:アオバズクの渡り経路を解明 ―世界最長の海上移動と、その先に待つ大規模プランテーション― / 東北大学
https://research-er.jp/articles/view/156990
loading . . .
海を越えるフクロウ類:アオバズクの渡り経路を解明 ―世界最長の海上移動と、その先に待つ大規模プランテーション―
2026.06.11 東北大学 プレスリリース 【発表のポイント】宮城県に生息するフクロウ類のアオバズクをGPS記録計(注1)で追跡し、本種が秋にカリマンタン島まで移...
https://research-er.jp/articles/view/156990
0
9
5
submitted!
22 days ago
0
5
0
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
藤本真悟 Shingo Fujimoto
24 days ago
6月に四国でメダカの産卵調査して気付いたけど、米の裏作で麦を育てているから6月くらいまで畑として水田を使っているところがかなり多そうだった。 メダカの繁殖盛期にあたる4-6月には、水田も用水路もほとんど水がない状態なので、そらまあ絶滅するよねという感じ
0
13
7
思い出したので先輩が最近出した論文を置いてみる。 Kunimatsu (2026; Aquatic Animals)
doi.org/10.34394/aqu...
八丈島から標本に基づいて初めて記録されたクロヨシノボリがどの沿岸から黒潮で運ばれてきたかを後向き粒子追跡シミュレーションで推定しています。こんなこともできるんだなあと思いました。
loading . . .
Potential mainland source areas of the amphidromous goby Rhinogobius brunneus colonizing Hachijo-jima Island, Japan, inferred from backward particle t …
Rhinogobius brunneus is an amphidromous goby distributed in Japan and Korea, whose larvae drift to the sea after hatching and later return to freshwat …
https://doi.org/10.34394/aquaticanimals.2026.0_AA2026-33
25 days ago
1
4
3
>RT ぼくの野外調査も三谷の網に完全に依存しています。学部の研究室も大学院の研究室もそうでした。羽衣チョークみたいになったら困る…。
25 days ago
0
2
0
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
windowmoon@bluesky
25 days ago
海の魚の北上は明らかなんだが、川魚の北上に興味がある。両側回遊性魚類はどの程度北上してきている?だいぶ気になっている。
0
8
8
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
windowmoon@bluesky
25 days ago
っていうか、日本のガサガサ調査、三谷漁具の玉網がなくなったら大変なことになるんじゃないだろうか。
1
3
1
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
Yusuke MIYAZAKI
27 days ago
既に速報性は薄れているのですが、共著者が準備してくれたのでプレスリリースを配信いただきました。 解説になっています。
www.atpress.ne.jp/news/5256356
loading . . .
希少魚である「スミツキハナダイ」が性転換することを発見 魚類の繁殖様式や生態の理解をすすめる研究成果
学校法人近畿大学のプレスリリース:希少魚である「スミツキハナダイ」が性転換することを発見 魚類の繁殖様式や生態の理解をすすめる研究成果
https://www.atpress.ne.jp/news/5256356
0
6
6
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
日本の研究.com ニュース
27 days ago
【注目プレスリリース】希少魚である「スミツキハナダイ」が性転換することを発見 魚類の繁殖様式や生態の理解をすすめる研究成果 / 近畿大学
https://research-er.jp/articles/view/156747
loading . . .
希少魚である「スミツキハナダイ」が性転換することを発見 魚類の繁殖様式や生態の理解をすすめる研究成果
2026.06.04 近畿大学 プレスリリース 図1 スミツキハナダイの性転換(上段は外部形態、下段は生殖腺組織)近畿大学大学院農学研究科(奈良県奈良市)環境管理...
https://research-er.jp/articles/view/156747
0
2
2
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
日本の研究.com ニュース
27 days ago
【注目プレスリリース】夫婦呼称語「主人・家内」は字義から想定されるほど男女差別的ではないことを潜在イメージの計測によって検証 / 東京農工大学
https://research-er.jp/articles/view/156752
loading . . .
夫婦呼称語「主人・家内」は字義から想定されるほど男女差別的ではないことを潜在イメージの計測によって検証
2026.06.04 東京農工大学 プレスリリース 国立大学法人東京農工大学大学院工学研究院言語文化科学部門の任 利准教授と守 一雄名誉教授は、「男女差別的である...
https://research-er.jp/articles/view/156752
0
0
1
>RT 紙幣を生物デザインにするのめっちゃいいですね。コレクター気質がうずく人いそうだけど。
26 days ago
1
1
1
reposted by
大貫渓介 Keisuke Onuki
パンテオン
27 days ago
英紙幣デザイン 偉人から生物に変更へ 18候補から投票 保守系議員から批判も
news.tv-asahi.co.jp/news_interna...
loading . . .
英紙幣デザイン 偉人から生物に変更へ 18候補から投票 保守系議員から批判も
イギリスの中央銀行は歴史上の人物が描かれた紙幣のデザインを野生生物に変更します。保守系議員などからは批判の声も上がっています。 イギリスの中央銀行・イングランド銀行は、偽造防止などのために4種類すべ
https://news.tv-asahi.co.jp/news_international/articles/000509833.html
1
373
225
査読done。査読を引き受けたら別雑誌に投稿していた論文の査読が返ってきた。まったく因果関係はないけど、うれしい。
26 days ago
0
0
1
やること,ひとつ片付いたと思うとみっつほど降ってくる…。
27 days ago
0
2
0
Load more
feeds!
log in