New preprint out! 🧫💧 Together with colleagues @umweltbundesamt.bsky.social, we developed a **wet-lab → genomics workflow** to detect **carbapenemase-producing *Klebsiella pneumoniae*** in wastewater. www.biorxiv.org/content/10.6... Thanks everyone involved! #AMR #Wastewater

FSME-Risikogebiete breiten sich weiter aus! Die zwei neuen #FSME-Risikogebiete in Deutschland sind: 📍Landkreis Nordsachsen in Sachsen 📍Stadtkreis Halle (Saale) in Sachsen-Anhalt Aktualisierte Karte und weitere Informationen: 🔗 www.rki.de/DE/Aktuelles...

A new NAR Genomics and Bioinformatics resource introduces SquiDBase, a community repository of raw #nanopore #microbiome sequencing data, supporting open access and broader utility for bioinformatics and comparative analyses. #Genomics 📄 https://doi.org/10.1093/nargab/lqaf213 👤 EVBC: Daan Jansen

Great that this is out! Thanks for involving us and happy that we could contribute raw ONT amplicon data from Germany.

Noticed my h-index reached 30. 😯 Metrics aside, I'm deeply grateful to all collabs, students, and colleagues I’ve had the privilege to work with over years - none of this happens alone. Slowing down a bit in '26, but looking forward to diving back into science and ongoing projects later in the year.

🦠 Wie hat sich #SARS-CoV-2 in 🇩🇪 von 2020-2023 entwickelt? In einem großen Review von RKI-Forschenden werden virologische Grundlagen, Variantenentwicklung, klinische Aspekte und die Rolle der Genomüberwachung beleuchtet. Fazit: Auf die Interdisziplinarität kommt es an! 🤝 ➡️ doi.org/10.1038/s438...

RKI-Team entwickelt #KI-Test, der Antikörper aus einer #Mpox-Infektion zuverlässig von der einer Impfung unterscheiden kann. Die Unterscheidung zwischen beiden Antikörpertypen ist für die Überwachung & das Verständnis des Virus entscheidend, war bisher kaum möglich. ➡️ www.nature.com/articles/s41...

New paper + dataset out in Scientific Data! 🎉 We’re releasing a large multicenter Nanopore raw-signal resource for bacterial WGS genotyping & methylation analysis. 79 isolates | 6 species | ~1.4 TB raw data. Open for reanalysis now and future basecallers. www.nature.com/articles/s41...

I am hiring! - looking for a Staff Scientist to co-run my research group with me. Staff Scientist is a senior professional scientist role at EMBL. Please forward to people you might know who could be interested! embl.wd103.myworkdayjobs.com/en-US/EMBL/j...

Update zum EHEC-/HUS-Ausbruch mit Schwerpunkt in Mecklenburg-Vorpommern Bis 16.9. wurden 107 dem Ausbruch zugeordnete Fälle gemeldet, viele bei Kindern. Die Untersuchungen der zuständigen Landes- und Bundesbehörden zur Infektionsquelle laufen weiter. Mehr im #EpidBull 👉 www.rki.de/DE/Aktuelles...

Job offer! We have a fully funded open PhD student position at the @mdc-bimsb.bsky.social as part of @deep-dv-for5200.bsky.social, on RNA-based molecular mechanisms in herpes simplex virus 1-infected cells. Please spread the word, and DM me in case of questions. www.mdc-berlin.de/career/jobs/...

🦟🕷️ Helft mit, Mücken & Zecken in Deutschland zu überwachen! Beim Citizen-Science-Projekt #ZEMEKI zählt jede Beobachtung. Foto hochladen via App oder Website – in nur wenigen Sekunden. 👉 de.observation.org/species/ZEME... #ZKIPH #RKI #CitizenScience #Zecken #Mücken #Klimawandel #ObsIdentify

Seit Ende August 2025 wird über einen EHEC-/HUS-Ausbruch in Mecklenburg-Vorpommern berichtet. Das Nationale Referenzzentrum (NRZ) für Salmonellen und andere bakterielle Enteritis­erreger am RKI hat den Ausbruchsstamm nun identifiziert. Erregersteckbrief und Informationen zu #EHEC: 🔗 www.rki.de/ehec

🧬 Just released: a new update of our ONT methylation Nextflow pipeline! Developed by Valentina, PhD student at RKI’s Genome Competence Center. 🛠️ Changes: - Modkit envs updated - Thresholds now optional (auto 10th percentile) - Cleaner README 🔗 github.com/rki-mf1/ont-... #Nextflow #Nanopore

Just published! 🧬 My student Valentina & I contributed to an FLI-led study on assembling ONT from pathogenic bacteria. 6.5% of ONT errors were methylation-related and could be reduced with the use of the right models. Thanks for the great collaboration, Jena folk! 🔗 doi.org/10.1186/s128...

Virologische Surveillance akuter Atemwegserkrankungen (ARE) Das RKI analysiert die ARE-Saison 2024/25. Die Publikationen im #EpidBull bündeln Ergebnisse zu Influenzaviren, RSV, Rhinoviren und SARS-CoV-2. 🔗 www.rki.de/DE/Aktuelles...

Dank RSV-Prophylaxe sind die Fälle bei Säuglingen stark zurückgegangen: 👶 Im Winter 2024/25 lag die Inzidenz 54 % niedriger als im Vorjahr 🏥 Hospitalisierungen sanken um 55 % Mehr dazu in der Publikation im Ärzteblatt: 👉 www.aerzteblatt.de/search/resul...

🌍🧬 We’re hiring a Scientist (Bioinformatics) to work at the intersection of PH & genomics. The role bridges our Center for International Health Protection & Genome Competence Center in the “Health Security Partnership for Africa” project. 🔗 Apply 31 Aug www.interamt.de/koop/app/ste...

CoVerage detects and characterizes SARS CoV 2 variants of interest by real-time lineage tracking and antigenic alteration scoring.  #GenomicSurveillance #COVID19 #VariantPrediction 👤EVBC: Martin Hölzer, Alice McHardy 🔗

📢 New paper: Targeted decontamination of sequencing data with CLEAN We introduce CLEAN, a reproducible pipeline for removing spike-ins, host DNA, and rRNA from short & long sequences. 💡 Fast, reproducible, scalable. Read the paper: doi.org/10.1093/narg... Code & docs: github.com/rki-mf1/clean

Happy that the LaTeX template I created for DFG proposals is being used! 🎉 Just heard from someone in data engineering who got funded using it (🎯 content matters most, but hey, layout helps too 😄) See: github.com/hoelzer/dfg Also loving the community input via PRs & issues! 💙

Proud to share our latest paper on next-gen sequencing in Greek PAD patients. This project began when Achilleas joined my lab through Erasmus — now I'm honored to serve on his PhD committee! Continued Greek-German collaboration at its best 🇬🇷🇩🇪 www.mdpi.com/2673-5601/5/... #Genetics #Immunology

📢New job posting!📢 Are you excited by the idea of building global infrastructure to make pathogen sequencing more accessible, interpretable, and equitable? 🧑🏻‍💻🧬 My group at @swisstph.ch has an opening working with ARTIC2, @pathoplexus.org, & Loculus - read on! 1/5

🚨 New in Nature Communications! CoVerage (sarscoverage.org) enables early in silico detection of emerging SARS-CoV-2 variants. Led by Helmholtz Centre for Infection Research, driving innovation in genomic surveillance. 🔗 www.nature.com/articles/s41... #GenomicSurveillance

Recently I learnt that EMBL-EBI has a free online course about AlphaFold — how it works, strengths and limitations, how to use it — and it's very good! There are also little quizzes and interactives. www.ebi.ac.uk/training/onl...

Some great new features and updates from the awesome Pathoplexus project. This is a new open pathogen genome database that can provide access to your sequences under a use-restricted license but also feed directly in to INSDC (EBI, Genbank etc) when you are ready. pathoplexus.org/news/2025-07...

In den vergangenen Wochen wurden in Abwasserproben erneut #Polioviren nachgewiesen, die vom Schluckimpfstoff abgeleitet sind. ☑️ Wo Viren nachgewiesen wurden ☑️ Wer erkranken kann ☑️ Warum #Impfschutz wichtig ist ☑️ Was Ärztinnen, Ärzte und Eltern wissen sollten Details im #EpidBull 🔗 rki.de/epidbull

🚀 We've updated RNAflow – our pipeline for differential gene expression analysis – to include the latest SortMeRNA for improved rRNA removal! This also resolves recent bugs reported by users. 🔬 Looking for a reproducible & comprehensive transcriptome analysis pipeline? 👉 github.com/hoelzer-lab/...

🚨 Preprint! We've adapted SARS-CoV-2 wastewater surv to track the 2022 #mpox outbreak in Germany using a novel NGS panel 🧪 ✅ Up to 90% MPXV genome coverage 🧬 Lineage B.1 + APOBEC-type mutations 📍 Wastewater = stigma-free surveillance Led by ‪@tuda.bsky.social‬ - check it out: 🔗 shorturl.at/aMv97

🚨 New Perspective in Nature Water 🚰💻 "Augmenting wastewater epidemiology with machine learning" 🧠🌍 A huge interdisciplinary collab w/ amazing colleagues @rki.de & beyond! 🙌 Special thx to lead author PhD student Eva & shared last Christopher for this effort! 🔗 www.nature.com/articles/s44...

NIH funding supporting the HMMER and Infernal software projects has been terminated. NIH states that our work, as well as all other federally funded research at Harvard, is of no benefit to the US.

🚀 Excited to share our NatComm paper on varVAMP – a open-source tool for degenerate primer design in viral genome seq & qPCR! 🔬 Supports diverse viruses SC2, HEV, Polio ... 🤝 Built in collaboration with amazing virus experts 🔗 github.com/jonas-fuchs/varVAMP 🧬 nature.com/articles/s41467-025-60175-9

Oh come on GISAID. And that's why we need data portals that are free and open - especially when it comes to monitoring pathogens with genomic data. Such as Pathoplexus (Awesome initiative! www.nature.com/articles/d41...).

Another super cool bioinformatics tool (this one using pyani and sourmash) - genomeRxiv, for exploring multiscale taxonomic relationships between genomes. From @borisvinatzer.bsky.social group, by Reza Mazloom, and also with Lenny Heath - all at VT.

📉 Die #Grippewelle in Deutschland ist beendet. Sie dauerte insgesamt 16 Wochen, von Dezember 2024 bis Anfang April 2025. Das ARE-Geschehen wird zunehmend durch Erkältungsviren wie #Rhinoviren bestimmt. Auch #RSV zirkulieren noch. Daten und Fakten im Wochenbericht 🔗 edoc.rki.de/handle/17690...

💧 #RSV ist jetzt Teil der Abwassersurveillance Besonders Babys, Kleinkinder und ältere Menschen können schwer an RSV-bedingten Atemwegsinfektionen erkranken. Aktueller AMELAG-Wochenbericht 🔗 edoc.rki.de/handle/176904/11665 #AMELAG ist ein gemeinsames Projekt von RKI und @umweltbundesamt.bsky.social.

🌍 How can data shape the future of Public Health? Join the Robert Koch Colloquium: "Empowering Public Health: From Data to Global Health." Experts will discuss data's role in evidence-based decisions. 📅 May 19-20, 2025 📍 Berlin & online Registrations open in early March. 🔗 www.rki.de/rkc #RKC2025

🦇 Fledermäuse: Corona ohne Symptome? Ein internationales Team, unter Beteiligung des RKI, hat in @nature.com gezeigt: Fledermäuse haben einzigartige Immun-Anpassungen, die die Produktion von SARS-CoV-2 um bis zu 90 % reduzieren können. Mehr dazu: 🔗 www.nature.com/articles/s41...

Awesome that it's out! This work also represents the culmination of our tremendous efforts during the COVID19 pandemic in the field of bioinformatics and genomic surveillance of SARS-CoV-2. Many thanks to everyone involved in virology, bioinformatics, and mathematical modelling!

🎉 Das RKI hat eine neue Webseite! Sie wurde komplett überarbeitet, damit Sie Informationen noch schneller und einfacher finden. Was ist neu? ➡️ Modernes, übersichtliches Design ➡️ Intuitive Navigation ➡️ Leichter Zugang zu wissenschaftlichen Daten 📢 Entdecken Sie die neue Seite: www.rki.de

Heute gedenken wir der Opfer des Holocaust. Vor 80 Jahren wurde das Konzentrationslager in Auschwitz befreit. Lucie Adelsberger, einst RKI-Forscherin, war 1 von 12 jüdischen Mitarbeitenden, die 1933 das Institut verlassen mussten. Mehr zu ihrem Leben im Podcast erinnerungszeichen-rki.de #WeRemember

Are you heading for a PhD in a biomedical research field? Consider joining us at the @mdc-berlin.bsky.social in Berlin/Germany and apply for a fully funded position until February 20 – www.mdc-berlin.de/phd