Incroyable tableau en arrivant dans ma salle de cours ce matin @normalesup.bsky.social 🤩

Fermeture des petites maternités, destruction des PMI, etc. Dix départements français n'ont PAS de maternité. 75 % des maternités ont disparu en France en 50 ans. Et pas non plus d'augmentation conséquente de moyens dans les grandes maternités. Pas de mots. www.sciencesetavenir.fr/sante/maladi...

New blog post! metaMDBG (@gaetanbenoit.bsky.social) and Myloasm (@jimshaw.bsky.social) have had recent releases, so I updated the benchmarks from the Autocycler paper: rrwick.github.io/2025/09/23/a... Both tools improved considerably! Time to update your conda environments 😄

Today is a national day of action in France. In the world of research and academia, attacks on the autonomy of researchers and teachers are one of the reasons for this mobilisation. The material conditions necessary to work ethically are becoming less and less guaranteed. #ESR

Call for presentations for the Undone Computer Science 2026 conference www.undonecs.org/2026/cfp.html

« En substituant des termes flous à des notions bien définies, tout en esquivant les causes profondes des problèmes ainsi que les solutions possibles, cette tribune participe en réalité au brouillage des libertés qu’elle prétend défendre. »

Communiqué de presse : financement de la recherche publique : la communauté scientifique alerte sur un système à bout de souffle. #veilleESR, @info.gouv.fr @agencerecherche.bsky.social @cnrs.fr @franceuniversites.bsky.social @inserm.fr @inrae-france.bsky.social @enseignementsup-recherche.gouv.fr

Le 16 octobre, à 13 h, au tribunal de Bobigny, le CVUH, Natacha Coquery ( sa présidente du CVUH) et Michèle Riot-Sarcey seront jugé pour diffamation, attaquées par Jean-Marc Berlière et René Fiévet, co-auteurs d'un livre minimisant le rôle de Vichy dans la Shoah. cvuh.hypotheses.org/1851

L'industrie du tabac (et d'autres) auparavant élaboraient des listes de « scientifiques de renoms » qui puissent se rallier à leurs intérêts privés, en communiquant dans les médias et faire croire à une dispute scientifique quand bien même iels n'étaient pas des domaines en question.

From Italy, I support my French colleagues who are protesting against the destruction of the public education, research and university system, among many other legitimate social and environmental demands. We claim a humanistic responsibility.

👏 Congratulations to both of you @camillemrcht.bsky.social and @npmalfoy.bsky.social !

✨ L'association ALIA fait sa rentrée ! Rejoignez-nous ou continuez de nous soutenir, sinon de vous engager en adhérant pour cette nouvelle année universitaire 2025-2026 : ➡️ liberte-academique.fr/adherer

[ #VeilleESR #LRU ] Financement privé et éthique de la recherche et de l'enseignement supérieur Conférence-débat 30/09 Montpellier Si vous êtes dans le coin, n'hésitez pas à me faire signe :) framaforms.org/recherche-et...

🌎👩‍🔬 For 15+ years biology has accumulated petabytes (million gigabytes) of🧬DNA sequencing data🧬 from the far reaches of our planet.🦠🍄🌵 Logan now democratizes efficient access to the world’s most comprehensive genetics dataset. Free and open. doi.org/10.1101/2024...

Soutien à ses proches et aux collègues qui souhaitent exercer leur travail avec éthique et humanité. Nous ne devons lâcher rien : seul le soutien collectif aura raison de cette injustice.

[ #VeilleESR #Elections2027 ] « Un choc des savoirs pour l'enseignement supérieur et la formation » Renaissance (LREM) ouvre le bal des programmes #ESR pour 2027. Un programme clairement édu-sceptique et obscurantiste, prenant le parti de l'atrophie éducative. doc.parti.re/Conventions-...

Chucho Valdés était interviewé sur @fip.fr radio, en musique, toujours ! www.radiofrance.fr/fip/podcasts...

Academic freedom is both a right and a responsibility held by individual academics and academic communities. 🏛️ Read EUA's position paper on ‘How universities can protect and promote academic freedom’ buff.ly/hLG95CL #HigherEd #AcademicFreedom

Pascal Maillard sur les attaques de l’exécutif sur le Palais de la Découverte à Paris et la Loi Baptiste blogs.mediapart.fr/pascal-maill...

Comme d'autres collectifs et groupes institutionnels de chercheurs et chercheuses, ALIA s’inquiètent de la dérive de la labellisation ZRR (Zone à Régime Restrictif). c.f. * motion CNU maths : minifi.ca/vSadb * Pétition collectifs chercheurs de l'Inria comp.collectif-inria.fr

Le mal est fait : JM. Blanquer et F. Vidal avaient nourri la bête immonde. Tout le monde académique y passera si nous ne luttons pas frontalement contre les idées de l'extrême droite.

Wetransfer se donne l’autorisation d’entrainer des IA sur les contenus qu’elle héberge next.ink/brief_articl... "Des alternatives existent. Par exemple, Disroot ou Ethibox hébergent un service du même genre en utilisant le logiciel libre Lufi."

@cnrsecologie.bsky.social regrette profondément l'adoption de cette loi à la vision court-termiste & ses conséquences graves sur l’environnement, qui méprise santé & bien-être de la population & le rôle des espèces sauvages dans la prod. agricole. La communauté scientifique n'a pas été entendue.

Nouveau billet: deux brèves et deux analyses, sur le Palais de la Découverte (pétition à signer) et sur le projet de loi Baptiste (très destructeur, rendez-vous à la rentrée pour enrayer le processus de démolition de l’Université et de la recherche et rouvrir l’horizon.) rogueesr.fr/palais-de-la...

At @jobim2025.bsky.social next week? Check out Romane Libouban's poster (n°51) "Genome Annotation tooling in @galaxyproject.bsky.social : contributions of the #EuroScienceGateway project" 📆 Tuesday 5:30-6:30 PM Let's connect! Co-author : @abretaud.bsky.social

[ #VeilleESR #Réforme ] Projet de loi de modernisation et de régulation de l'enseignement supérieur du MESR « une transformation profonde du système d’enseignement supérieur public et privé, à travers une réforme substantielle de la régulation de ce secteur »

Plus de 40 sociétés savantes ont écrit au Ministre de l'Enseignement Supérieur et la Recherche pour demander la réouverture du Palais de la Découverte, lieu emblématique mêlant tradition scientifique et enjeux de la recherche actuelle et future. smf.emath.fr/actualites-s...

Les attaques de l’administration Trump contre la recherche climatique pourraient affecter les travaux des chercheurs français. Lire l'article ➡️ https://l.reporterre.net/BOQ

Rentrée 2020, première année de thèse, j'enseignais à distance dû au deuxième confinement en France. Mes acouphènes se sont déclarés à ce moment là, dans le silence royal de ma chambre étudiante. Des effets d'amplification par infection Covid-19 ont été observés.

Directeur de recherche à l'INRAe, récemment à la retraite, Jean-François Gibrat nous a quittés le 20 juin 2025. Une page internet en son hommage est déployée ici : maiage.inrae.fr/hommage-jean... Je recopie le mien ici : 1/8

Qques mots forts que j'ai prononcés avec émotion @franceinfo.fr C'est un mensonge de laisser croire que l'on s'adaptera sans casse irréversible dans une France à 4°C. On ne s'adapte pas a un effondrement de la biodiversité; on meurt avec! Les régressions actuelles sont irresponsables & suicidaires.

Aujourd'hui, en France, une campagne de harcèlement d'extrême droite menace un programme de recherche en histoire.

Now published! Note that since Vikram's original post (quoted here), he's made it easy to dynamically update a set of multi-MUMs (e.g. when more genomes are added to a pangenome) and to find multi-MUMs for huge collections like HPRCv2 genomebiology.biomedcentral.com/articles/10....

Dès sa première phrase, le rapport est clair : le financement à la performance, donc les #COMP, ne visent en aucun cas à améliorer les performances, mais seulement à obtenir « un effort budgétaire significatif ». Ça va mieux en le disant.

French Agora Sciences University Research (ASUR) meetings on 16 and 17 June for a reorganisation of the University and research (Translated PDF here : liberte-academique.fr/rencontres-a...)

A year of defending academic freedom The French Association for Academic Freedom (ALIA), with more than 400 members, will hold its general meeting on the morning of 16 June, followed by forward-looking workshops “Agora Sciences University Research (ASUR)” liberte-academique.fr/un-an-de-def...

Du poids indéniable de l'école dans la production des inégalités genrées face aux mathématiques "Rapid emergence of a maths gender gap in first grade" par P. Martinot et al. Une étude sur 3 million d'enfants en France (!!!) qui va faire du bruit #LaRAC @nature.com www.nature.com/articles/s41...

Le meurtre d'une collègue déchire l'âme. Les commentaires de la classe politique et des médias mainstream — à commencer par ceux qui vomissent sur l'Ecole à jet continu et appellent à la priver de moyens — lèvent le cœur. Qu'on nous laisse le deuil… www.lemonde.fr/societe/arti...

When the Trump administration froze this Nobel Prize–winning neuroscientist's research funding, he received an email from China offering to relocate his lab to any city and university of his choice, with guaranteed funding for 20 years. www.nytimes.com/2025/06/03/u...

[ #VeilleESR #LRU ] Budget : dix universités vont expérimenter les nouveaux #COMP par @sarah-nafti.bsky.social pour @educpros.bsky.social Les présidents d'université trouvent ça "très bien, mais...", avec un "mais" contraire au fondement même des COMP. Jeu dangereux.

If you're interested in #ScientificComputing and/or #RustLang, you should come to #SciCompInRust25 next week. It's taking place virtually and is free to attend. Timetable at scientificcomputing.rs/2025/timetable. Register at scientificcomputing.rs/2025/register.

L'émission scientifique #Scope sur la chaîne Twitch d' @artefr.bsky.social revient le 26.05 de 19h à 21h30 : "Trump vs les sciences du climat" avec @valmasdel.bsky.social @palomamoritz.bsky.social @emmanuelleperez.bsky.social @chavalarias.org @emilieaubry.bsky.social Le CP ➡ tinyurl.com/4s7epm98

« Cette décision du gouvernement est illégale. Nous nous engageons à maintenir la capacité de Harvard à accueillir nos étudiants et universitaires internationaux, qui viennent de plus de 140 pays et enrichissent l’université – et cette nation – de manière incommensurable » (porte-parole d'Harvard).

Interesting idea: instead of building the pangenome graph from scratch for new samples, dynamically update it by introducing new nodes/edges from long reads biorxiv.org/content/10.1101/2025.02.07.637057 PALSS-Pangenome Graph Augmentation from Long-reads Specific Strings github.com/ldenti/palss

Venez tester votre logique à travers quelques shots d'énigmes ! ➡️ youtu.be/0MtE3fX7nmc

« L’année prochaine, la totalité des laboratoires de l’Institut national de recherche en informatique et en automatique [Inria] vont être classés en ZRR. » www.mediapart.fr/journal/fran...

A new preprint on indexing pangenome graphs using an FM-index of the haplotypes and a tag array. Joint work with Parsa Eskandar and @benedictpaten.bsky.social.

📢 Nouveau site web SFBI : www.sfbi.fr, nouvelles fonctionnalités 🇬🇧 version anglaise en cours de traduction : www.sfbi.fr/en/ 📔👥 annuaire des équipes : www.sfbi.fr/equipes/annu... 📔😎 annuaire des membres : www.sfbi.fr/users/annuaire 🎫 nouvelle section événements Pour ttes remarques : [email protected]

Dans cette nouvelle vidéo vous allez pouvoir tester votre logique. Lorsqu'on se fait avoir par un fake, un argument moisi, une arnaque, un charlatan quelconque, c’est souvent à cause d’une erreur de raisonnement. Si la logique n'est pas ton team, beware ze kick tu seras victime. youtu.be/0MtE3fX7nmc