【プレスリリース】セイヨウミツバチの成長を促す遺伝子の発現を調節する仕組みを発見 ― 幼虫から蛹への変態で働く“DNA上のスイッチ”を特定 ― research-er.jp/articles/vie...

とりあえず無事帰国🇯🇵

【プレスリリース】種内ゲノム比較解析に向けた日本で飼育しているハダカデバネズミのゲノム解読 research-er.jp/articles/vie...

Transcriptome-based genome-wide analysis reveals hybridization dynamics and genetic structure of Japanese giant salamanders https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.26.727823v1

My poster presentation today! "AI-based Meta-Analysis of Omics Data from Public Databases" #70 at 90th Cold Spring Harbor Laboratory Symposium on Quantitative Biology AI in Biology #cshlsymp26

【プレスリリース】真菌の遺伝子機能注釈を向上させる新手法を開発 ― シイタケおよびダイズさび病菌を例に ― research-er.jp/articles/vie...

「研究者がビジネスを学ぶことは、研究から離れることではなく、研究の届け先を広げることでもある」 研究者にとって「起業」はどんな選択肢になるのか：TokyoTCPセミナーレポート（第１回） magazine.tayo.jp/2026/03/18/%...

アレルギー低減卵のインタビュー動画が公開されています。 youtu.be/heBp0stMuEY 卵アレルギーの人たちが食べられる 「アレルギー低減卵」の研究開発が ゲノム編集技術を利用して進められています。 その内容を分かりやすく紹介するため、 インタビュー形式の動画を制作しました。 開発の経緯、実用化への取り組み、 食品としての安全性の確保、国内外での反応、 今後の展望などについて、 研究者たちが語っています。 ぜひご覧ください。

Supporting Metadata Curation from Public Life Science Databases Using Open-Weight Large Language Models https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.02.16.706241v1

🌾 Now published in Bioinformatics Advances: "Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome".  Explore the full study: https://doi.org/10.1093/bioadv/vbag013 Authors include: @sorayone56.bsky.social

大学院生時代からやりたかった「配列類似性は低いが、構造類似性は高い」に基づく遺伝子機能予測手法の開発。 特定生物のゲノム(genome)解読による遺伝子コード領域予測とそこから得られるすべてのタンパク質配列情報(proteome)、さらにAlphafoldによるそれらすべてのタンパク質の立体構造情報(structurome)、そして高速なタンパク質立体構造比較が可能となったことで、それをついに実現することができました！

Following peer review, a research paper titled "Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome" was typeset and published! #bonohulab Bioinformatics Advances, Volume 6, Issue 1, 2026, vbag013, doi.org/10.1093/bioa...

Curses return upon the heads of those that curse.

Following peer review, a research paper titled "Functional Annotation Workflow for Fungal Transcriptomes" was published. doi.org/10.3390/jof1... #bonohulab

タームの終わりは昨日だったようだ。お疲れさまでした

【CHIBADAI Story】 Open Databases, More Freedom: From Failed Experiments to Data Science Tazro OHTA, Associate Professor Institute for Advanced Academic Research / Graduate School of Medicine, #ChibaUniversity www.cn.chiba-u.jp/en/story_e26... #AI #DataScience #Database #Genome #Research

割と変化の早い海外の学会感。かつてはコンピュータルームに何台かあったプリンターがなくなっててペーパーレスが加速してる

San Diegoこんなに寒かったっけ？

"QPX: Pathway analysis environment" has been published as preprint on BioHackrXiv as the DBCLS BioHackathon 2025 report. doi.org/10.37044/osf...

Genome editing of the flavanone 3-hydroxylase gene produces a green Perilla line with elevated luteolin accumulation https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2025.12.28.695628v1

Promoting 'Bio-DX' for a sustainable eco-society through genome editing: developing hypoallergenic eggs and super insects sj.jst.go.jp/stories/2025... #BioDX

実験医学増刊の2025年版DB本出ました！ #bonohulab の研究員の2人がWikiPathwaysとInterProのところを執筆協力しました www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...

時は金なり

共同研究講座研究員の今井さん、神田さん、統合生命科学研究科 生物資源科学プログラムの美野さんと小池教授、プラチナバイオ株式会社の奥原さん、と坊農による東広島市安芸津（三津湾）の牡蠣ゲノム解読の論文 (DOI: 10.1101/2025.11.20.688662) が bioRxiv に公開されました🦪🧬 東広島市の「次世代学園都市の実現に向けたバイオ分野の産学官連携強化」の方針によるオープンイノベーション加速事業とJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)「バイオDX産学共創拠点」による成果です #bonohulab

ようやく寒くなってきた模様

国勢調査、インターネット回答だん

Functional Annotation of Novel Heat Stress-responsive Genes in Rice Utilizing Public Transcriptomes and Structurome https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.09.29.679423v1

This is a good example of how people feel when you make an important announcement only in your language. heh. It also reminds us what a wonderful world with an advanced machine translation function we're living in. mp.weixin.qq.com/s/zlr6KLLHGI...

防災の日。102年前の関東大震災では、 「朝鮮人が井戸に毒を入れた・放火をした・暴動を起こした」 などのデマが飛び交い、信じた人々が関東各地で虐殺行為を行った。排外主義が幅を利かせる昨今。もし、いままた首都直下型地震が発生したとして、同様の事態に陥らないと言い切れるだろうか。 102年前の事件を知らない人ほど、同様の行為に走るのではないだろうか。我々は歴史から過ちを学ぶ必要がある。 #防災の日 #関東大震災 note.com/ulaken/n/n8b...

先日の万博出展の報告が出てました 「6日間で7万人を超える方が来場され、アレルギー低減卵の取組みに期待と応援の言葉をいただきました」 「アレルギー低減卵が製品化された未来への願いを卵型のカプセルに込める「FutureEgg」には、1,000件を超えるメッセージをいただきました。なかには研究者・開発者への応援メッセージもあり、関係者でひとつひとつ大切に拝見しました。」 これまでのイベントと比べてその来場者の多さに圧倒される、素晴らしいアウトリーチの機会となりました。 www.biodx.org/post/2025-08...

今日明日と大阪万博対応 www.mext.go.jp/a_menu/expo_... それにしても、千里川なつい

本日オープンキャンパス。その前に暑気払いの空からの放水。開始までには止んで欲しいところだが www.hiroshima-u.ac.jp/oc/online2025

黙祷直れ

令和7年度広島中央サイエンスパーク夏休みオープンラボ（施設公開） 夏休みオープンラボは、広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山）に立地している国や県、民間の研究機関が連携して開催する児童・生徒向け科学体験イベントです。パーク内の9つの建物で、工夫を凝らした体験・展示・施設見学等を行うほか、特別講演会も開催します。 開催日時：令和7年8月22日（金曜日）10時～16時 開催場所：広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山三丁目） www.pref.hiroshima.lg.jp/soshiki/247/...

おしごと。なかなか自然豊かなところにあった（表現力

2025年7月を振り返って / 学部講義を担当する第2タームの後半戦の7月。 基本週2回で、祝日の振替で3回授業がある週が出てきたり。しかもその週はオムニバス講義の担当もちょうどあって、0.5コマ分ではあったが週4回、しかも同じ学年に講義することに。さすがにその週末は疲れMAXで熱を出して寝込んでしまうぐらいになったが、一晩で回復。やはり、まるっきり初めての講義シリーズを一人でやるのは至難の業である。そんな状況だったので、さすがにこの7月は久しぶりに出張なしの月となった。が、院試関係の色々があったり、ブンセイの演題締切が月末ということで… bonohu.jp/blog/july202...

八朔の日にプレスリリース research-er.jp/articles/vie... 実は去年も同日にプレスリリースしていたり、はっさくとのただならぬ縁を感じる

minor revisionだった。通りそう

2025年6月を振り返って / 学部の学科長仕事もちらほらある中、学部講義を担当する第2タームが始まった6月。これまでの1,2回の担当でなく、15回でしかも週2回。それがほぼ半分終わったところであるが、初めての講義をこのペースはなかなかにキツい。 / 今月出版された査読済み原著論文は2本。また、プレプリントも1本uploaded。これで2025年の査読済み論文は8本で、さらにacceptedが2本。そして、submitted 5本という状況。 夏本番に向けてさらに頑張っていこう。 bonohu.jp/blog/june202...

「隗より始めよ」だと思うんだけどな、そういうことするよりは

打ち水して涼を得ようとするなど

久しぶりのマルゲリータ🍕葉っぱになってた

もう梅雨明けだと!? tenki.jp/forecaster/t...

Accepted!

Published as peer-reviewed article! academic.oup.com/gigascience/...

Happy to receive email that says collaboration paper has just been accepted!

阪大が the University of Osaka になったと知るなど

anatomy.med.gunma-u.ac.jp/2025/05/%E8%... デルジーンの書評が出てたらしい。しかし、私が東の人だとか、大外れだなあ

Accepted to peer-reviewed journal!

Genome assembly and annotation of the naked mole rat Heterocephalus glaber reared in Japan https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.20.654782v1