loading . . . FOCUS PLATEFORME : le Service dâAnalyse des MĂ©dicaments et MĂ©tabolites (SAMM) sâengage dans le partage des donnĂ©es et poursuit la dĂ©marche qualitĂ© entamĂ©e de lâunitĂ© de service IPSIT Le Service dâAnalyse des MĂ©dicaments et MĂ©tabolites, plateforme de spectromĂ©trie de masse de lâUMS IPSIT reprĂ©sentĂ©e par sa responsable Audrey Solgadi, a participĂ© Ă la table ronde « Les donnĂ©es de la recherche â bonnes pratiques et dĂ©fis », le 3 dĂ©cembre dernier, en marge des assises nationales des donnĂ©es de la recherche (ANDOR 2025 â 1-2 dĂ©cembre 2025) et organisĂ©e par la Direction de la Recherche et de la Valorisation. Cet Ă©vĂšnement a Ă©tĂ© lâoccasion de rappeler les difficultĂ©s rencontrĂ©es par les plateformes dans la gestion des donnĂ©es produites.
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Le Service dâAnalyse des MĂ©dicaments et MĂ©tabolites (ou SAMM) est une plateforme instrumentale de spectromĂ©trie de masse (MS) spĂ©cialisĂ©e dans lâanalyse structurale et la quantification des petites molĂ©cules ainsi quâau profilage lipidomique. Elle offre Ă la communautĂ© scientifique un accĂšs Ă des instruments couplĂ©s Ă des techniques sĂ©paratives sous forme liquide ou utilisant un fluide supercritique (LC-MS ou SFC-MS). Les donnĂ©es gĂ©nĂ©rĂ©es sont des fichiers complexes regroupant un nombre trĂšs important de mesures avec plusieurs niveaux dâinformation : mesures prĂ©cise de plusieurs milliers de rapports masse sur charge (m/z) des ions produits Ă lâentrĂ©e dans lâinstrument sur une large gamme de masse, avec une frĂ©quence dâacquisition pouvant aller jusquâĂ 100 Hz sur toute la durĂ©e dâun couplage LC-MS (5 Ă 60 min voire plus), mais aussi des spectres de fragmentation apportant des informations structurales prĂ©cieuses, reprĂ©sentant plusieurs milliers de spectres supplĂ©mentaires. Chaque analyse est contenue dans un fichier « brut » de taille importante pouvant aller jusquâĂ plusieurs centaines de Mo piĂšce. Quand on sait quâune sĂ©quence dâinjections varie de quelques unitĂ©s Ă plusieurs dizaines dâĂ©chantillons, le stockage de ces donnĂ©es, que ce soit sur le PC de pilotage ou sur des espaces de sauvegarde, est une des premiĂšres problĂ©matiques rencontrĂ©es. Le SAMM sâappuie sur des espaces de serveurs louĂ©s par lâunitĂ© auprĂšs de lâUniversitĂ© Paris-Saclay, avant de transmettre, in fine, les donnĂ©es brutes Ă leurs propriĂ©taires, les utilisateurs. Ces derniers deviennent alors responsables du stockage Ă long terme. Parmi les autres problĂ©matiques rencontrĂ©es : le verrouillage des donnĂ©es MS par le format propriĂ©taire du fabricant qui nĂ©cessite, pour ĂȘtre exploitĂ©es, lâutilisation de logiciels spĂ©cifiques, le plus souvent sous licence commerciale. Cela rend alors difficile le partage de ces donnĂ©es que ce soit lors de la soumission dâun article ou le dĂ©pĂŽt sur des plateformes dâOpen Data. La conversion en formats libres tels que mzML est alors nĂ©cessaire.
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Si le SAMM nâa pas encore de plan de gestion des donnĂ©es (PGD) formalisĂ©, une rĂ©flexion plus globale est entamĂ©e dans le cadre de la dĂ©marche qualitĂ© menĂ©e au sein de lâUMS IPSIT pour rĂ©diger un PGD entitĂ© en interaction DatASaclay, lâatelier de la donnĂ©e UPSaclay.
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-> Contact : Audrey Solgadi ([email protected])
Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI
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Aussi, en mars et dĂ©cembre 2021, la plateforme publiait ses premier FOCUS PLATEFORME ! Les relire ? FOCUS PLATEFORME : SM@BPC : une plateforme de spectromĂ©trie de masse sur Paris-Saclay Ă la hauteur des enjeux du pĂŽle Biologie â Pharmacie â Chimie (BPC) de l'UniversitĂ© Paris-Saclay ! FOCUS PLATEFORME : AAP SESAME 2021 : Un premier succĂšs pour la communautĂ© Paris-Saclay et le consortium SMaCS « SpectromĂ©trie de Masse pour la Chimie et la SantĂ© » ! Â
IPSIT / Service d'Analyse des MĂ©dicaments et MĂ©tabolites (SAMM). Le Service d'Analyse des MĂ©dicaments et MĂ©tabolites (SAMM) est une PF instrumentale de spectromĂ©trie de masse spĂ©cialisĂ©e dans l'analyse structurale et la quantification des petites molĂ©cules ainsi qu'au profilage lipidomique. Il est lâune des plateformes technologiques de lâunitĂ© mixte de service « IngĂ©nierie et Plateformes au Service de l'Innovation ThĂ©rapeutique » (UMS-IPSIT). Le SAMM met Ă la disposition des chercheurs des spectromĂštres de masse couplĂ©s Ă des techniques sĂ©paratives (HPLC, SFC) dans le cadre de libre utilisation ou de prestations de service. Il fournit Ă©galement savoir-faire nĂ©cessaire Ă l'utilisation de ces instruments et Ă l'interprĂ©tation de leurs rĂ©sultats. ActivitĂ©s de la plateforme : i) Quantification de mĂ©dicaments ou de mĂ©tabolites dans des milieux biologiques complexes ; ii) CaractĂ©risation structurale de molĂ©cules de synthĂšse, de produits de dĂ©gradation de mĂ©dicaments ; iii) Profilage lipidomique non ciblĂ© (phospholipides, lipides totaux) : sĂ©paration des lipides par classes, dĂ©tection des espĂšces par HRMS et caractĂ©risation grĂące aux informations obtenues par fragmentation. https://sco.lt/6ecPL6