Follow me for dates and not to miss the series. #Bioinformática #SingleCell #10xGenomics #CloudComputing #InteligenciaArtificial

¿Sabías que en scRNA-seq 1 barcode ≠ 1 célula? En datos droplet-based muchos barcodes pueden ser droplets vacíos o RNA ambiental. Nuevo blog sobre cell calling y EmptyDrops 👇 cyntsc.github.io/single_cell_... En comentarios: Insta: @elarkhe Visita nuestro taller #scRNAseq #10xGenomics #elarkhe

En scRNA-seq, detectar una célula no siempre es tan simple como contar UMIs. Cell Ranger v3+ incorporó un enfoque inspirado en EmptyDrops para distinguir droplets vacíos de células reales, incluso con bajo RNA. El jueves compartiré un breve blog sobre *cell calling*. #scRNAseq #CellRanger #ElArkhe

¿𝗘𝘀𝘁𝗮𝘀 𝗲𝗺𝗽𝗲𝘇𝗮𝗻𝗱𝗼 𝗲𝗻 𝗮𝗻á𝗹𝗶𝘀𝗶𝘀 𝗱𝗲 𝗱𝗮𝘁𝗼𝘀 𝘀𝗶𝗻𝗴𝗹𝗲-𝗰𝗲𝗹𝗹 𝗥𝗡𝗔-𝘀𝗲𝗾 𝘆 𝗻𝗼 𝘁𝗲 𝗾𝘂𝗲𝗱𝗮 𝗰𝗹𝗮𝗿𝗮 𝗹𝗮 𝗱𝗶𝗳𝗲𝗿𝗲𝗻𝗰𝗶𝗮 𝗲𝗻𝘁𝗿𝗲 𝗮𝗿𝗰𝗵𝗶𝘃𝗼𝘀 .𝗵𝟱 𝘆 .𝗺𝘁𝘅? Aplicar funciones “como recetas” sin entender qué estamos haciendo es muy común. Comprender los datos ayuda muchísimo a interpretar mejor. Blog: cyntsc.github.io/single_cell_...

𝗪𝗼𝗿𝗸𝗶𝗻𝗴 𝘄𝗶𝘁𝗵 𝘀𝗰𝗥𝗡𝗔-𝘀𝗲𝗾 𝗱𝗮𝘁𝗮? One of the decisions when selecting a dataset is understanding which Chromium chemistry was used. Understand 10X Genomics 𝗰𝗵𝗲𝗺𝗶𝘀𝘁𝗿𝗶𝗲𝘀: v3.1 vs GEM-X v4 and how they impact dataset selection. A reference is on the first comment. #scRNAseq #10XGenomics #ElArkhe

¿Con qué frecuencia ponemos a prueba la robustez de nuestros pipelines de análisis single-cell? Una estrategia práctica para ello es el submuestreo (subsampling), el cuál permite simular datasets más pequeños para evaluar decisiones analíticas. Para quienes tengan interés: github.com/el-arkhe/scr...

Hola 👋 En LATAM el cómputo es un cuello de botella para analizar datos single-cell. El computo en la nube es una alternativa estrategica. Comparto 3 mini-videos e introducción a 10X Genomics on the Cloud. Mas links en comentarios. 📹 youtube.com/playlist?lis... #SingleCell #CloudComputing #LATAM

Hola 👋 Preparando materiales de scRNA-seq, armé un notebook sobre Seurat v4 versus Seurat v5 Resumo los principales cambios conceptuales y estructurales que impactan scRNA-seq. Si usas Seurat o piensas migrar a v5, puede serte útil. 🔗 cyntsc.github.io/single_cell_... #scRNAseq #Seurat #SingleCell

Aqui reactivando mi abandonada cuenta 😅 y compartiendo esta noticia: Para interesados en agricultura, se ha presentado FX-Cell, un método que ayudan a superar la dificultad para obtener células individuales viables para scRNA-seq. www.nature.com/articles/s41... #plantbiology #singlecell #CICY

🔬 Diving into ATAC-seq workflows? You've likely heard about Seurat, Signac, MACS2, Cicero, and chromVAR—core components in many workflows. Here’s a quick overview I put together that showcases different approaches used across recent studies. youtu.be/R5P8mGMXuIg?... #SingleCell #Epigenomics #LIBD

¡Hola! 👋 Avances en nuestra investigación sobre la habenula humana, clave en motivación y estrés. Usamos single-cell, epigenomics y spatial data para estudiarla. Presentado en el 2025 Epigenomics Sciences Symposium (JHU). 🧠✨ #SingleCell #Epigenomics #LIBD

👉 Sharing a talk of the molecular neuroanatomical map of the human prefrontal cortex. This study integrates Visium Spatial data with snRNA-seq to map cell types and interactions across spatial domains. Le Watch here: youtu.be/EhP5-mhw29w Slides on video Explore: research.libd.org/spatialDLPFC/

🚀 Interested in multimodal analysis with WNN in Seurat? Check out my recent RStatClub presentation, where we dive into Jaccard, canonical gene expression, and Silhouette for clustering evaluation! 📺 Watch here: speakerdeck.com/cyntsc/clust... 📑 Slides: www.youtube.com/watch?v=mE77... #RStats

🚀 Sharing insights on ArchR, a powerful tool for single-cell chromatin accessibility analysis! 🎯 ArchR excels in large datasets and integrates scATACseq with scRNAseq for cutting-edge multi-modal studies. 🎥 Dive deeper with the video: youtu.be/XNZx5Dlp6jY?...
 #Bioinformatics #10xGenomics #LIBD

📊 Extraído de la presentación de @mbarse.bsky.social en nuestro Journal Club, abajo se resumen métricas compartidas y diferentes de Space Ranger para datos Visium 10x standard y Visium 10x Cytassist. Interesados en el análisis espacial y plataformas Visium? 🔗 Más: speakerdeck.com/manishabarse...

✨ Comparto desde nuestro `Journal Club` esta presentacion donde exploro `Feature selection and dimension reduction for single-cell RNAseq`. Si te interesa cómo aplicar modelos multinomiales en scRNAseq, ¡dale un vistazo! 🎥 🔗 Video: [GLM-PCA en acción](www.youtube.com/watch?v=8cyf...) #LIBD #RNASeq

Hi ! I am new here and I like to present my interests with this video from our Journal Club! This is an overview of the multiome analysis for scATACseq and scRNAseq using several #CellRanger pipelines. This is inspired by our work at #LIBD and resources from 10x Genomics. youtu.be/fHVLi9-sftM?...