Tem sido muito legal trabalhar nas primeiras fases desse projeto O projeto Hermes é uma iniciativa para agilizar e melhorar a qualidade dos atendimentos de ligações de emergência no Brasil inteiro. Queremos utilizar agentes de IA e um projeto renovado de UI/UX para que os operadores possam

Lately I've been feeling like my PHD project is making me more and more socially isolated I wonder if other people have trouble staying connected to friends and family while working on their thesis

finally! after so much time I was finally able to convert all my old TensorFlow code to Pytorch Not only it looks better now, but also uses a little less memory and runs faster than before

Deu certo, agora é a minha terceira semana como especialista em ciência de dados no MGI O projeto no qual estou trabalhando ainda não foi divulgado, mas posso dizer que é algo incrível que um dia pode ajudar a salvar muitas vidas. Até recuperei o animo sobre trabalhar como cientista rsrsrsrs

Fica a dica: Caso algum dia vocês decidam participar de um concurso que vai cobrar Lei Geral de Proteção de Dados, façam esse mini-curso: www.escolavirtual.gov.br/curso/290

You can have the most intricate RAG pipeline and use the largest models available And most of the times, the result is still going to be garbage To me, it feels like the technology industry is going crazy Current LLMs are just not enough Why is everyone pretending they are perfect?

Reading about coding with Cursor+Tab and I feel like Anakin being tempted by the darkside

Status: dando F5 no meu processo de contratação no site do governo a cada 30min

Um bando de estadunidense idiota que não sabe o que é cinema

My favourite figure from this paper: unlike coding variants, rare non-coding variants are almost equally likely to increase or decrease circulating protein levels. Thanks to @ukbiobank.bsky.social for genomic and proteomic data!

Since this database was completed, I've been working on benchmarking the most used Protein Language Models on the task of predicting molecular functions. These are the some of first results In the first figure, the models were optimized for F1 Score and in the second for ROC AUC Score

Can someone please explain why Meta is incapable of finding good designers while having billions of dollars for their projects This is so UGLY

I'm sampling HUGE datasets in a 8GB laptop with no problems, Polaris+parquet is really wonderful Goodbye pandas 👋🏻

A despedida mais triste do mundo: eu tenho home office na segunda, mas ela tem que ir cedo pro escritório 😭

Se puderem, parem um pouquinho para pesquisar sobre o mal que essa agencia faz e sempre fez a economias subdesenvolvidas Até o relógio quebrado acerta a hora duas vezes no dia

Precisamos voltar a conversar seriamente sobre o poder disruptivo do open source para acabar com monopólios

This collection of PLM datasets is finally complete! After several weeks of processing, we now have Uniprot/SwissProt embeddings made with the second largest ESM model, the ESM2_T36 3 Billion parameters model The files are very large, but the parquet format enables loading just a portion of the them

That's an amazing development! Good RNA LMs have a huge potential to finally uncover the biological roles of ncRNAs

I've been using gzip-compressed numpy up until now (despite not being memory-efficient) because dataset sizes are very small... I expected polars/parquet to be a little larger, but I'm seeing a 1~3% reduction in file size. So it's less memory AND storage usage.

Updates on the Protein Dimension DB! First, the database now has ankh-large and ankh-base embeddings. They probably are the most comprehensive ankh datasets currently available Secondly, following recommendations by the community, I will be saving models in a more efficient format (probabily polars)

I was considering including ESM Cambrian (ESMC) in my projects... but, differently from ESM2 (which was released under MIT license), ESMC has a lot of limitations. I dont understand the fine details, but it seems only the weaker model can be used for any purpose

I decided to make the datasets I'm generating for my phd project public. For each protein in Swiss-Prot, I'm making available PLM embeddings (ProtTrans, Ankh, ESM2), GO annotations and taxonomy representations. All files follow the same order, one line per protein. github.com/pentalpha/pr...

Os devs de um certo projeto de PLM no github, respondendo alguém que perguntou pq eles ñ disponibilizaram os resutlados do modelo: "As our models are highly optimized, users could use them quickly to extract the embedding for their own use cases." Eu numa maquina de 40 threads:68h para terminar isso

100% correto. E chega desse papinho demagogo e mequetrefe. Não, a "tia da limpeza" não tem que entender sua tese de doutorado numa área totalmente específica (embora eu ache que a maioria das teses de doutorado deviam melhorar a vida das tias da limpeza de alguma forma)

"...social media is no longer social. And that’s the result of deliberate actions by the owners. Their ideal user is a scroll-and-swipe zombie cut off from all living communities." Boa reflexão. Sobre o texto: será que no Brasil, viciado nessas redes e em shoppings, teremos tais declínios?

Mal criei esse perfil e já tem vários bots de loiras genéricas com nomes aleatórios me seguindo É a twitterização do bluesky

Fico muito preocupado com os caminhos que a ciência da computação está tomando Parece ser cada vez menos sobre ciência e mais sobre moda, sobre seguir o que é o hype atual Cada vez menos sobre pensar criticamente sobre tecnologia e mais sobre acreditar nas IAs atuais com um fervor quase religioso

Se você for ler os estudos do GWAS, tem até mesmo uns que tentam determinar sua chance de ser feminista usando seus genes. Sim. Eles já chegaram no nível de querer prever personalidade e preferencias politicas.

O conhecimento científico que já existe sobre variantes relacionadas ao câncer (como as do BRCA1) tem tanto potencial para salvar vidas... Mas tudo isso continua inacessível, mesmo em países desenvolvidos. De que adianta tantos avanços, se o mercado não permite o acesso das pessoas a esses exames?

Finalmente botei 20GB de RAM nesse PC... Será que agora o Baldurs Gate 3 volta a rodar? Kkkkkkkkkkk

Sempre pesquisem periodicamente os temas da sua pesquisa.... Eu estava prestes a criar uma tabela como essa, mas hj encontrei esse artigo de review (de julho desse ano) incrível que já tinha feito todo o trabalho de classificar as ferramentas atuais para prever funções de proteínas 😆