ラボセミナー。卒論前のB4が手持ちのデータを紹介。新しいデータがそれぞれ出始めていてうれしい。卒論が楽しみ。

1/5 はラボのみんなで近くの神社にあるいて初詣。みんなが無事卒業できるよう神頼み。また、B4増田さんが引いてくれたおみくじは「大吉」。研究室始まって以来の快挙です。この勢いでよい一年にしましょう。

あけましておめでとうございます。今年も頑張って代謝を調べます。どうぞよろしくお願いします。

D3森さんのD論公聴会。審査員からのコメントにしっかりと対応できたおかげで無事終了。おめでとう！

雑誌会はM1の北村君。Jens Nielsenのグループが出した論文。 出芽酵母の増殖速度が閾値を超えるとエタノールを作り出す現象を、連続培養＋メタボローム、リン酸化プロテオミクスで解析。ATP/ADP比によるPFKの制御が鍵とのこと Yeast increases glycolytic flux to support higher growth rates accompanied by decreased metabolite regulation and lower protein phosphorylation www.pnas.org/doi/10.1073/...

中間報告はM2の橋本君と、福家君。マクロファージに酵母とそれぞれ計測対象は異なるものの、細胞が再生した過剰のATPがどこで使われているの？という細胞ATP会計研究における根源的な疑問に答えるいいデータが出てきてるので、修論までの追加データに期待。

実験医学増刊「オミクスデータを探す！使いこなす！公共データベース厳選53」が出版されました！松田がシンマスバンクチームと寄稿したMassBankの紹介記事も載ってます！ www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...

雑誌会2つめはM2上野君。Y. lipolyticaにメタノール資化経路を導入したというもの。MDH+RuMPの細胞質発現でメタノールをグルコースと共資化できることを実証。すごい。 www.sciencedirect.com/science/arti...

本日の中間報告はM2の田村さん、データの解析が進んでます。 雑誌会の一つ目はM2石川君。250種類のベルギービールからオミクスデータを取得し、官能試験値の予測モデルを作成したというもの。やはり決定木ベースの手法が強いらしい。 www.nature.com/articles/s41...

月曜日の朝の研究室セミナー。進捗報告はM1の北村君と、矢鍋君。酵母から質量分析装置を使ってとったデータから仮説を作って、検証する。というサイクルが回り始めててえらい。雑誌会はM1井上君。代謝経路をミトコンドリアと細胞質で分割すると物質生産がうまくいった。というもの。Huimin ZhaoとRabinowitzとの共同研究。 www.nature.com/articles/s41...

今日のラボセミナーは、B4増田、中澤、矢橋の中間報告。いいデータが出始めてきて、面白くなってきました。

昨年卒業した望月君の研究が論文になりました。おめでとう！13C-metabolic flux analysis of K562 cells before and after differentiation into erythroid reveals a metabolic shift toward oxidative metabolism linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii...

研究室セミナー。進捗報告はD2佐藤君。投稿論文のFig形式を念頭に報告。出口を見据えて研究を構成するのがとにかく大事。論文紹介は増田さん www.sciencedirect.com/science/arti...

M2のプレ卒論を実施。修論に向けて着々とデータがたまっていることが確認できたので、オチがつくように最後まで頑張りましょう。

第19回メタボロームシンポジウムでPD谷口のポスター発表（PESIによる培地分析）がベストプレゼンテーション賞を受賞。おめでとう！

第19回メタボロームシンポジウムで岡橋（PESIの分析計構築）、谷口（PESIによる培地分析）がポスター発表、松田が口頭（シンマスバンク）発表。

資生堂や複数の大学の皆さんとの共同研究が論文になりました。 NMRチューブ内で動物細胞を培養し、培地中の成分変化をリアルタイム観測するLive-Cell Metabolic NMR with Illuminationという驚異の技術です。 pubs.acs.org/doi/full/10....

今日の進捗報告はM1の井上、上野、北村の3名。競うようにデータがどんどん出始めてきて面白くなってきました。

研究室セミナー　D２佐藤が進捗報告。研究はオチから逆算するのも大事。M2橋本が文献紹介。マクロファージの代謝状態の解析。 www.cell.com/cell-metabol...

第77回日本生物工学会＠広島工業大に参加。学生は井上、北村、佐藤、谷口、森、矢鍋が口頭発表。頑張りました！

清酒酵母がおいしいお酒を造れるヒミツを探索した研究が論文になりました！ 日本酒醸造用の協会7号酵母株と菊正宗酒造のKm67という酵母株を比較し、高発酵性を示すメカニズムは同じだが、原因変異が異なるというLocus heterogeneity（座位異質性）が起きていることを示しました。酵母スゴイ。 www.sciencedirect.com/science/arti...

ラボセミナー。夏休み明けのB4、小田、辻本、中澤が発表。これから卒論に向けてデータだそう。

8/18に後期キックオフ。D3森、D2佐藤が研究進捗報告。よい素材をわかりやすく並べて説明するのは大事だが難しい。午後はメンバー総出でラボの安全点検。ご苦労様でした。

大阪大学の林先生、加藤先生らとの共同研究がAngewandte Chemieに掲載されました！5-アミノレブリン酸生産大腸菌の開発に代謝解析で貢献しました。 onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/...

金沢大学の高橋先生、河野先生との共同研究がCell Death & Disease誌に掲載されました。がん研究に代謝解析技術で貢献しました。 www.nature.com/articles/s41...

酵母やがん細胞は、酸素があっても電子伝達鎖を用いた呼吸に加え、発酵でATPをゲットする好気的解糖という代謝状態をとります。これは非常に効率が悪く、なぜあえて不合理なことをするのかうまく説明できないことが課題となっていました。今回、我々は好気的解糖の新たな役割を提案しました。呼吸が不安的な時、発酵で生成したATPをミトコンドリアに送り込み、H+/ATPaseを逆回転させ、ミトコンドリア膜電位を維持し、アポトーシス誘導を抑制する、というものです。 www.mdpi.com/2218-1989/15...

本日の研究セミナーはB4の中澤、増田、矢橋の3名。4月に始めた卒業研究が着々と進んでいることを報告。

6/22-25 アジアオセアニア質量分析学会AOMSC@石垣に松田　岡橋　M1北村　井上　上野が参加。ポスター発表

ツアーの時間にお城に行きました。

6/15-19 Metabolic Engineering 16@コペンハーゲンに松田　谷口　佐藤が参加。ポスター発表

6/2-5はASMS@ボルチモアに松田が参加。シンマスバンクプロジェクトの進捗をポスター発表しました。

6/9の中間報告はM2の石川君、福家君でした。研究の再スタート頑張りましょう。雑誌会はB4増田さん、矢橋君。

6/2の中間報告はM2の北村君、矢鍋君でした。ふたりとも面白いデータが出初めていますね。雑誌会はB4の辻本君、中澤君。

雑誌会２人目はB4の小田君初登板。HILIXC-AEXというメタボロ業界注目の分離法についてわかりやすく解説してくれました。 pubs.acs.org/doi/10.1021/...

今週の中間報告会はM1の井上君と上野君。どちらも新しいテーマで酵母の培養条件の探索をバリバリ進め、先が見えてきました。すごいです。雑誌会一人目はM1矢鍋君。トリアシルグリセロールの流動性がミトコンドリアストレス耐性に寄与しているという話でした。 www.nature.com/articles/s41...

中間報告会はD３森、D2佐藤。うちのラボでKLaの話がでてきて感激。論文紹介は北村君。出芽酵母のヘキソキナーゼ遺伝子の発現調節で、クラブツリーネガティブになるという驚きの必殺技でした。 www.sciencedirect.com/science/arti...

GteX研究交流会＠淡路夢舞台に岡橋、佐藤、谷口が参加。松田は遅刻。

春の遠足。松田は懇親会から参加。唐揚げを食べすぎました。

今日の報告会はB4の中澤、増田、矢橋の初登板。きっちり発表できました。これからデータを積んで、次の発表で議論しましょう。論文紹介はM1上野、Ｃ１資化酵母に新しいメタノール資化経路がある。というもの。13C標識を駆使した研究でした。 www.nature.com/articles/s41...

We did it! We finally reached the end of the textbook “Metabolic engineering” in our study group!

雑誌会の２人目はM1の井上君の”Transcriptome analysis of Kluyveromyces marxianus under succinic acid stress and development of robust strains”。適切な実験デザイン＝＞エンリッチメント解析＝＞転写因子特定＝＞過剰発現で検証というトランスクリプトーム解析のお手本のような論文でした。 link.springer.com/article/10.1...

本日の中間報告会は新B4の小田君と辻本君のデビュー戦でした。着実に実験にとりくんでます。雑誌会は2件、D2の岩倉君は酢酸からデンプンを生産するYarrowia lipolytica株の構築の論文を紹介してくれました。工業的にCO2を固定して生産したC1（メタノール）やC2（酢酸など）といった炭素源を、糖やタンパク質など食品材料に微生物に変換する研究が最近活発化しています。70年代に石油由来のメタノールから「石油タンパク」を微生物生産する研究が活発だったそうなんですが、そのアレンジを変えたリバイバルみたいですね。 www.nature.com/articles/s41...

社会人D2の森さんの論文がJBBにアクセプトされました！ 日本酒造りに使う出芽酵母は、日本酒醸造時に高い発酵能力を示します。その代謝レベルのメカニズムをメタボローム解析技術を使って解明しました！ www.sciencedirect.com/science/arti...

研究室セミナー。中間報告はM1の北村君と矢鍋君。北村君、矢鍋君とちらもいろんなストレスで出芽酵母をいぢめてます。北村君は嫌気ストレス条件下の出芽酵母の代謝から面白い現象をいろいろ見つけた模様。雑誌会はD2の佐藤君。酵母の細胞サイズがグルコースの取り込み速度が、種をまたいで比例するという話でした。グルコースの取り込み速度＝＞細胞サイズ（厳密には表面積／体積比）の関係らしい。その意味は何？ www.cell.com/current-biol...

当研究室を1年前に修士卒した原君の仕事が、JBBにアクセプトされました。島津製作所のQ-TOFの高い性能とデータ非依存取得 (DIA)という方法を駆使して、出芽酵母の脂質の網羅的分析の解像度を上げる方法を構築しました。その方法を用いて出芽酵母の脂質を調べ、お酒造りなどの低温条件への耐性に脂質が寄与することを示しました！ www.sciencedirect.com/science/arti...

本日の中間報告は新M1の井上君と上野君でした。どちらも新テーマの実験に早速取り組み、取り立てほやほやのデータを報告してくれました。雑誌会はD3の森さんでした。非出芽酵母でアミノ酸由来の酢酸イソアミルなどのいいにおいがするメカニズムの種間比較解析論文。培地中のアミノ酸消費をマニアックに定量、比較しているのにグッときました。 www.sciencedirect.com/science/arti...